| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | Exported | 1,471,058 | C→A | 5.2% | G222C (GGT→TGT) | yfaL ← | adhesin |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | Exported | 1,471,058 | 0 | C | A | 5.2% | 547.0 / 7.8 | 153 | G222C (GGT→TGT) | yfaL | adhesin |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (86/59); new base A (4/4); total (90/63) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.18e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.01e-01 | |||||||||||
Only 100 of 154 total aligned reads displayed.
TATATCGCCCCGCCATAACCTTCGGCAGTGTTATTTGTAAAGGCAGTGTTATTTACTATCGTATAACCTGAAGGATGCTTGCTGTCGCTATTATTATCGGTAACATCGATTGCCCCGCCATCGCCATCACTGTAACTT > Exported/1470991‑1471128 | tatatCGCCCCGCCATAACCTTCGGCAGTGTTATTTGTAAAGGCAGTGTTATTTACTATCGTATAACCTg < 1:2591398/70‑1 (MQ=255) atatCGCCCCGCCATAACCTTCGGCAGTGTTATTTGTAAAGGCAGTGTTATTTACTATCGTATAACCTg > 1:4109983/1‑69 (MQ=255) atatCGCCCCGCCATAACCTTCGGCAGTGTTATTTGTAAAGGCAGTGTTATTTACTATCGTATAACCTg > 1:2832029/1‑69 (MQ=255) atatCGCCCCGCCATAACCTTCGGCAGTGTTATTTGTAAAGGCAGTGTTATTTACTATCGTATAACCTg > 1:1367571/1‑69 (MQ=255) tatCGCCCCGCCATAACCTTCGGCAGTGTTATTTGTAAAGTCAGTGTTATTTACTATCGTATAACCTGAAg > 1:480191/1‑71 (MQ=255) tatCGCCCCGCCATAACCTTCGGCAGTGTTATTTGTAAAGGCAGTGTTATTTACTATCGTATAACCTGaa < 1:1956516/70‑1 (MQ=255) tatCGCCCCGCCATAACCTTCGGCAGTGTTATTTGTAAAGGCAGTGTTATTTACTATCGTATAACCTGa < 1:642052/69‑1 (MQ=255) tatCGCCCCGCCATAACCTTCGGCAGTGTTATTTGTAAAGGCAGTGTTATTTACTATCGTATAACCTGAAg > 1:1052654/1‑71 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |