| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | Exported | 149,587 | T→C | 13.9% | Y40H (TAT→CAT) | mrcB → | fused glycosyl transferase and transpeptidase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | Exported | 149,587 | 0 | T | C | 13.9% | 212.3 / 22.8 | 79 | Y40H (TAT→CAT) | mrcB | fused glycosyl transferase and transpeptidase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (36/32); new base C (4/7); total (40/39) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.48e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GCGTCCGGTCAAACAAAAGGTAAGCCGTCGTCGTTACGAAGATGACGATGATTACGACGATTATGATGACTATGAGGATGAAGAACCGATGCCGCGCAAAGGTAAGGGCAAAGGCAAAGGGCGTAAGCCTCGTGGCA > Exported/149517‑149653 | gcgTCCGGTCAAACAAAAGGTAAGCCGTCGTCGTTACGAAGATGACGATGATTACGACGATTATGATGACt < 1:1436457/71‑1 (MQ=255)gcgTCCGGTCAAACAAAAGGTAAGCCGTCGTCGTTACGAAGATGACGATGATTACGACGATTATGATGACt < 1:204859/71‑1 (MQ=255) ccGGTCAAACAAAAGGTAAGCCGTCGTCGTTACGAAGATGACGATGATTACGACGATTATGATGACTAt > 1:1193816/1‑69 (MQ=255) ccGGTCAAACAAAAGGTAAGCCGTCGTCGTTACGAAGATGACGATGATTACGACGATTATGATGACTAt > 1:1694291/1‑69 (MQ=255) cGGTCAAACAAAAGGTAAGCCGTCGTCGTTACGAAGATGACGATGATTACGACGATTATGATGACTATGAg > 1:4114616/1‑71 (MQ=255) cGGTCAAACAAAAGGTAAGCCGTCGTCGTTACGAAGATGACGATGATTACGACGATTATGATGACTATGAg > 1:159897/1‑71 (MQ=255) tCAAACAAAAGGTAAGCCGTCGTCGTTACGAAGATGACGATGATTACGACGATTATGATGACTATGAGGAt < 1:4390133/71‑1 (MQ=255) tCAAACAAAAGGTAAGCCGTCGTCGTTACGAAGATGACGATGATTACGACGATTATGATGACTATGAGGAt < 1:3196757/71‑1 (MQ=255) tCAAACAAAAGGTAAGCCGTCGTCGTTACGAAGATGACGATGATTACGACGATTATGATGACTATGAGGAt < 1:1997298/71‑1 (MQ=255) aaacaaaAGGTAAGCCGTCGTCGTTACGAAGATGACGATGATTACGACGATTATGATGACTATGAGGATga < 1:971405/71‑1 (MQ=255) aaacaaaAGGTAAGCCGTCGTCGTTACGAAGATGACGATGATTACGACGATTATGATGACTATGAGGATga < 1:3905354/71‑1 (MQ=255) aaacaaaAGGTAAGCCGTCGTCGTTACGAAGATGACGATGATTACGACGATTATGATGACTATGAGGATga < 1:16530/71‑1 (MQ=255) aaacaaaAGGTAAGCCGTCGTCGTTACGAAGATGACGATGATTACGACGATTATGATGACTATGAGGATg > 1:1203871/1‑70 (MQ=255) aaacaaaAGGTAAGCCGTCGTCGTTACGAAGATGACGATGATTACGACGATTATGATGACTATGAGGATg > 1:3554899/1‑70 (MQ=255) aaacaaaAGGTAAGCCGTCGTCGTTACGAAGATGACGATGATTACGACGATTATGATGACTATGAGGATg > 1:156977/1‑70 (MQ=255) aaaGGTAAGCCGTCGTCGTTACGAAGATGACGATGATTACGACGATTATGATGACTATGAGGATGAAGAAc > 1:1478675/1‑71 (MQ=255) aGGTAAGCCGTCGTCGTTACGAAGATGACGATGATTACGACGATTATGATGACTATGAGGATGAAGAAcc > 1:1526593/1‑70 (MQ=255) aGGTAAGCCGTCGTCGTTACGAAGATGACGATGATTACGACGATTATGATGACTATGAGGATGAAGAAcc > 1:3122936/1‑70 (MQ=255) tcgtcgtTACGAAGATGACGATGATTACGACGATTATGATGACTAt < 1:1852683/46‑1 (MQ=255) tcgtcgtTACGAAGATGACGATGATTACGACGATTATGATGACTAt < 1:3323389/46‑1 (MQ=255) tcgtcgtTACGAAGATGACGATGATTACGACGATTATGATGACTAt < 1:2488941/46‑1 (MQ=255) cgtcgtTACGAAGATGACGATGATTACGACGATTATGATGACTAt < 1:3565628/45‑1 (MQ=255) gtcgtTACGAAGATGAGGATGATTACGACGATTATGATGACCATGAGGATGAAGAACCGATGCCGCGCaa < 1:2498549/70‑1 (MQ=255) gtcgtTACGAAGATGACGATGATTACGACGATTATGATGACTATGAGGATGAAGAACCGATGCCGCGCa > 1:3921323/1‑69 (MQ=255) gtcgtTACGAAGATGACGATGATTACGACGATTATGATGACTATGAGGATGAAGAACCGATGCCGCGCa > 1:358509/1‑69 (MQ=255) gtcgtTACGAAGATGACGATGATTACGACGATTATGATGACTATGAGGATGAAGAACCGATGCCGCGCa > 1:1950504/1‑69 (MQ=255) gtcgtTACGAAGATGACGATGATTACGACGATTATGATGACTATGAGGATGAAGAACCGATGCCGCGCa > 1:3078469/1‑69 (MQ=255) gtcgtTACGAAGATGACGATGATTACGACGATTATGATGACTATGAGGATGAAGAACCGATGCCGCGCa > 1:3283611/1‑69 (MQ=255) gtcgtTACGAAGATGACGATGATTACGACGATTATGATGACTATGAGGATGAAGAACCGATGCCGCGCa > 1:3299490/1‑69 (MQ=255) gtcgtTACGAAGATGACGATGATTACGACGATTATGATGACCATGAGGATGAAGAACCGATGCCGCGCaa < 1:3428750/70‑1 (MQ=255) tcgtTACGAAGATGACGATGATTACGACGATTATGATGACTATGAGGATGAAGAACCGATGCCGCGCaa < 1:4154418/69‑1 (MQ=255) tcgtTACGAAGATGACGATGATTACGACGATTATGATGACCATGAGGATGAAGAACCGATGCCGCGCaa < 1:3746236/69‑1 (MQ=255) ttACGAAGATGACGATGATTACGACGATTATGATGACTATGAGGATGAAGAACCGATGCCGCGCAAAGGt > 1:907491/1‑70 (MQ=255) aCGAAGATGACGATGATTACGACGATTATGATGACTATGAGGATGAAGAACCGATGCCGCGCAAAGGTAAg > 1:3398448/1‑71 (MQ=255) aCGAAGATGACGATGATTACGACGATTATGATGACTATGAGGATGAAGAACCGATGCCGCGCAAAGGTAAg > 1:3362163/1‑71 (MQ=255) cGAAGATGACGATGATTACGACGATTATGATGACTATGAGGATGAAGAACCGATGCCGCGCAAAGGTAAgg > 1:1284006/1‑71 (MQ=255) aGATGACGATGATTACGACGATTATGATGACTATGAGGATGAAGAACCTATGCCGCGCAAAGGTAAGggca < 1:2379326/71‑1 (MQ=255) aGATGACGATGATTACGACGATTATGATGACTATGAGGATGAAGAACCGATGCCGCGCAAAGGTAAGggca < 1:3513068/71‑1 (MQ=255) aGATGACGATGATTACGACGATTATGATGACTATGAGGATGAAGAACCGATGCCGCGCAAAGGTAAGggca < 1:2157675/71‑1 (MQ=255) gATGACGATGATTACGACGATTATGATGACTATGAGGATGAAGAACCGATGCCGCGCAAAGGTAAGggc < 1:4101989/69‑1 (MQ=255) aTGACGATGATTACTACGATTATGATGACCATGAGGATga < 1:3531876/40‑1 (MQ=255) aTGACGATGATTACGACGATTATGATGACTATGAGGATGAAGAACCGATGCCGCGCAAAGGt < 1:2016976/62‑1 (MQ=255) aTGACGATGATTACGACGATTATGATGACTATGAGGATGAAGAACCGATGCCGCGCAAAGGt < 1:686160/62‑1 (MQ=255) aTGACGATGATTACGACGATTATGATGACTATGAGGATGAAGAACCGATGCCGCGCAAAGGt < 1:4635832/62‑1 (MQ=255) aTGACGATGATTACGACGATTATGATGACTATGAGGATGAAGAACCGATGCCGCGCAAAGGt < 1:673248/62‑1 (MQ=255) aTGACGATGATTACGACGATTATGATGACTATGAGGATGAAGAACCGATGCCGCGCAAAGGTAAGggca > 1:2171436/1‑69 (MQ=255) aTGACGATGATTACGACGATTATGATGACCATGAGGATga < 1:2510134/40‑1 (MQ=255) aTGACGATGATTACGACGATTATGATGACCATGAGGATga < 1:4028541/40‑1 (MQ=255) tGACGATGATTACGACGATTATGATGACCATGAGGATga < 1:2691141/39‑1 (MQ=255) gACGATGATTACGACGATTATGATGACCATGAGGATgaag > 1:4677433/1‑40 (MQ=255) gACGATGATTACGACGATTATGATGACCATGAGGATgaag > 1:3754398/1‑40 (MQ=255) gACGATGATTACGACGATTATGATGACCATGAGGATgaag > 1:2020941/1‑40 (MQ=255) gatgatTACGACGATTATGATGACTATGAGGATGAAGAACCGATGCCGCGCAAAGGTAAGggcaaaggcaa < 1:3580232/71‑1 (MQ=255) atgatTACGACGATTATGATGACTATGAGGATGAAGAACCGATGCCGCGCAAAGGt < 1:645224/56‑1 (MQ=255) atgatTACGACGATTATGATGACTATGAGGATGAAGAACCGATGCCGCGCAAAGGt < 1:37029/56‑1 (MQ=255) atgatTACGACGATTATGATGACTATGAGGATGAAGAACCGATGCCGCGCAAAGGt < 1:4106941/56‑1 (MQ=255) atgatTACGACGATTATGATGACTATGAGGATGAAGAACCGATGCCGCGCAAAGGt < 1:2984461/56‑1 (MQ=255) gatTACGACGATTATGATGACTATGAGGATGAAGAACCGATGCCGCGCAAAGGTAAGGGcaaaggcaaagg > 1:201399/1‑71 (MQ=255) gatTACGACGATTATGATGACCATGAGGATGAAGAACCGATGCCGCGCAAAGGTAAGGGcaaaggcaaagg > 1:2617957/1‑71 (MQ=255) acgacgATTATGATGACTATGAGGATGAAGAACCGATGCCGCGCAAAGGTAAGggcaaaggcaaa > 1:2693471/1‑65 (MQ=255) acgacgATTATGATGACTATGAGGATGAAGAACCGATGCCGCGCAAAGGTAAGggcaaaggcaaa > 1:4266551/1‑65 (MQ=255) acgacgATTATGATGACTATGAGGATGAAGAACCGATGCCGCGCAAAGGTAAGGGCAAAGGCAAAGGGCg > 1:4418627/1‑70 (MQ=255) cgacgaTTATGATGACTATGAGGATGAAGAACCGATGcc > 1:3786514/1‑39 (MQ=255) gacgaTTATGATGACTATGAGGATGAAGAACCGATGCCGCGCAAAGGTAAGGGCAAAGGCAAAGGGCGt > 1:1220809/1‑69 (MQ=255) gacgaTTATGATGACTATGAGGATGAAGAACCGATGCCGCGCAAAGGTAAGGGCAAAGGCAAAGGGCGt > 1:1475981/1‑69 (MQ=255) acgaTTATGATGACTATGAGGATGAAGAACCGATGCCGCGCAAAGGTAAGGGCAAAGGCAAAGGGCGTAAg > 1:1277058/1‑71 (MQ=255) gaTTATGATGACTATGAGGATGAAGAACCGATGCCGCGCAAAGGTAAGggcaaaggcaaa < 1:4688358/60‑1 (MQ=255) gaTTATGATGACTATGAGGATGAAGAACCGATGCCGCGCAAAGGTAAGGGcaaaggcaaagg < 1:4603665/62‑1 (MQ=255) gaTTATGATGACTATGAGGATGAAGAACCGATGCCGCGCAAAGGTAAGGGCAAAGGCAAAGGGCGTAAGcc > 1:4125952/1‑71 (MQ=255) gaTTATGATGACTATGAGGATGAAGAACCGATGCCGCGCAAAGGTAAGGGCAAAGGCAAAGGGCGTAAGcc > 1:535413/1‑71 (MQ=255) aTTATGATGACTATGAGGATGAAGAACCGATGCCGCGCaa < 1:866128/40‑1 (MQ=255) aTTATGATGACTATGAGGATGAAGAACCGATGCCGCGCaa < 1:3553635/40‑1 (MQ=255) aTTATGATGACTATGAGGATGAAGAACCGATGCCGCGCAAAGGTAAGGGCAAAGGCAAAGGGCGTAAGCCt < 1:3930673/71‑1 (MQ=255) aTTATGATGACTATGAGGATGAAGAACCGATGCCGCGCAAAGGTAAGGGCAAAGGCAAAGGGCGTAAGCCt < 1:1395234/71‑1 (MQ=255) ttATGATGACTATGAGGATGAAGAACCGATGCCGCGCAAAGGTAAGGGcaaaggcaaagg > 1:3973902/1‑60 (MQ=255) ttATGATGACTATGAGGATGAAGAACCGATGCCGCGCAAAGGTAAGGGcaaaggcaaagg > 1:4661218/1‑60 (MQ=255) tATGATGACTATGAGGATGAAGAACCGATGCCGCGCAAAGGTAAGggcaaaggcaaa > 1:3800436/1‑57 (MQ=255) tgatgaCTATGAGGATGAAGAACCGATGCCGCGCAAAg > 1:3736758/1‑38 (MQ=255) tgatgaCTATGAGGATGAAGAACCGATGCCGCGCAAAg > 1:3419895/1‑38 (MQ=255) tgaCTATGAGGATGAAGAACCGATGCCGCGCAAAGGTAAGGGCAAAGGCAAAGTGCGTAAGCCTCGTGGCa < 1:330608/71‑1 (MQ=255) tgaCTATGAGGATGAAGAACCGATGCCGCGCAAAGGTAAGGGCAAAGGCAAAGGGCGTAAGCCTCGTGGCa < 1:1378799/71‑1 (MQ=255) | GCGTCCGGTCAAACAAAAGGTAAGCCGTCGTCGTTACGAAGATGACGATGATTACGACGATTATGATGACTATGAGGATGAAGAACCGATGCCGCGCAAAGGTAAGGGCAAAGGCAAAGGGCGTAAGCCTCGTGGCA > Exported/149517‑149653 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |