| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | Exported | 2542293 = | 41 (0.700) | 8 (0.160) | 6/86 | NT | 18.9% | coding (131/1074 nt) | rfaK | lipopolysaccharide core biosynthesis |
| ? | Exported | 2542315 = | 34 (0.680) | coding (153/1074 nt) | rfaK | lipopolysaccharide core biosynthesis | |||||
AATAAATAATCAAATTACAGATCCAGCACAAGTTAAATCATGCCTTATTATTCATGA‑T‑AATAATAAACTTGGTGATCTAATTGTATTAAGTTCGATTTATCGTGAACTTTATAGTAAAGGGGTTAAAATAACTCT > Exported/2542249‑2542383 | aataaataATCAAATTACAGATCCAGCACAAGTTAAATCATGCCTTATTATTCATGA‑T‑AATAATAAACTTg < 1:284664/71‑1 (MQ=255) taaagttcacgataaatcgaacttaatacaattagatcaccaagtttattattcatgataataataaAc < 1:336542‑M2/2‑1 (MQ=255) aagttcacgataaatcgaacttaatacaattagatcaccaagtttattattcatgataataataaa > 1:1839495‑M2/66‑66 (MQ=255) aataatCAAATTACAGATCCAGCACAAGTTAAATCATGCCTTATTATTCATGA‑T‑AATAATAAACTTGGTg < 1:403628/70‑1 (MQ=255) aataatCAAATTACAGATCCAGCACAAGTTAAATCATGCCTTATTATTCATGA‑T‑AATAATAAACTTGGTg < 1:2730295/70‑1 (MQ=255) aataatCAAATTACAGATCCAGCACAAGTTAAATCATGCCTTATTATTCATGA‑T‑AATAATAAACTTGGTg < 1:2522346/70‑1 (MQ=255) tCAAATTACAGATCCAGCACAAGTTAAATCATGCCTTATTATTCATGA‑T‑AATAATAAACTTGGTg < 1:3151837/65‑1 (MQ=255) tCAAATTACAGATCCAGCACAAGTTAAATCATGCCTTATTATTCATGA‑T‑AATAATAAACTTGGTg < 1:1505139/65‑1 (MQ=255) tCAAATTACAGATCCAGCACAAGTTAAATCATGCCTTATTATTCATGA‑T‑AATAATAAACTTGGTg < 1:2378685/65‑1 (MQ=255) tCAAATTACAGATCCAGCACAAGTTAAATCATGCCTTATTATTCATGA‑T‑AATAATAAACTTGGTGATCTaa < 1:3078432/71‑1 (MQ=255) aaaTTACAGATCCAGCACAAGTTAAATCATGCCTTATTATTCATGA‑T‑AATAATAAACtt > 1:3487001/1‑59 (MQ=255) aaaTTACAGATCCAGCACAAGTTAAATCATGCCTTATTATTCATGA‑T‑AATAATAAACTTg > 1:3523575/1‑60 (MQ=255) aTTACAGATCCAGCACAAGTTAAATCATGCCTTATTATTCATGA‑T‑AATAATAAACt < 1:1054790/56‑1 (MQ=255) aCAGATCCAGCACAAGTTAAATCATGCCTTATTATTCATGA‑T‑AATAATAAACTTGGTGATCTAATTGTAt < 1:1230428/70‑1 (MQ=255) aCAGATCCAGCACAAGTTAAATCATGCCTTATTATTCATGA‑T‑AATAATAAACTTGGTGATCTAATTGTAt < 1:717853/70‑1 (MQ=255) aTCCAGCACAAGTTAAATCATGCCTTATTATTCATGA‑T‑AATAATAAACTTGGTGATCTAATTGTATTAAGt < 1:1576927/71‑1 (MQ=255) tCCAGCACAAGTTAAATCATGCCTTATTATTCATGA‑T‑AATAATAAACTTGGTGATCTAATTGTATTAAGt < 1:1581174/70‑1 (MQ=255) ccAGCACAAGTTAAATCATGCCTTATTATTCATGA‑T‑AATAATAAACTTGGTGATCTAAtt > 1:2314950/1‑60 (MQ=255) ccAGCACAAGTTAAATCATGCCTTATTATTCATGA‑T‑AATAATAAACTTGGTGATCTAAtt > 1:1678719/1‑60 (MQ=255) ccAGCACAAGTTAAATCATGCCTTATTATTCATGA‑T‑AATAATAAACTTGGTGATCTAAtt > 1:2669776/1‑60 (MQ=255) ccAGCACAAGTTAAATCATGCCTTATTATTCATGA‑T‑AATAATAAACTTGGTGATCTAATTGTATTAAGt < 1:575866/69‑1 (MQ=255) acaAGTTAAATCATGCCTTATTATTCATGA‑T‑AATAATAAACTTGGTGATCTa < 1:1600264/52‑1 (MQ=255) acaAGTTAAATCATGCCTTATTATTCATGA‑T‑AATAATAAACTTGGTGATCTa < 1:868719/52‑1 (MQ=255) acaAGTTAAATCATGCCTTATTATTCATGA‑T‑AATAATAAACTTGGTGATCTAATTGTATTAAGTTCGa > 1:1779190/1‑68 (MQ=255) caAGTTAAATCATGCCTTATTATTCATGA‑T‑AATAATAAACTTGGTGATCTa < 1:521525/51‑1 (MQ=255) gTTAAATCATGCCTTATTATTCATGA‑T‑AATAATAAACTTGGt > 1:1782991/1‑42 (MQ=255) gTTAAATCATGCCTTATTATTCATGA‑T‑AATAATAAACTTGGt > 1:1787258/1‑42 (MQ=255) gTTAAATCATGCCTTATTATTCATGA‑T‑AATAATAAACTTGGt > 1:1808844/1‑42 (MQ=255) ttAAATCATGCCTTATTATTCATGA‑T‑AATAATAAACTTGGTGATCTAATTGTATTAAGTTCg < 1:1814143/62‑1 (MQ=255) ttAAATCATGCCTTATTATTCATGA‑T‑AATAATAAACTTGGTGATCTAATTGTATTAAGTTCg < 1:2257808/62‑1 (MQ=255) ttAAATCATGCCTTATTATTCATGA‑T‑AATAATAAACTTGGTGATCTAATTGTATTAAGTTCGATTTATCGt < 1:3487132/71‑1 (MQ=255) tAAATCATGCCTTATTATTCATGA‑T‑AATAATAAACtt > 1:3238378/1‑37 (MQ=255) tAAATCATGCCTTATTATTCATGA‑T‑AATAATAAACTTGGTGATCTAATTGTATTAAGTTCGATTTATCGt > 1:3389755/1‑70 (MQ=255) aaaTCATGCCTTATTATTCATGA‑T‑AATAATAAACTTGGTGATCTAATTGTATTAAGTTCGAt > 1:3095768/1‑62 (MQ=255) aaaTCATGCCTTATTATTCATGA‑T‑AATAATAAACTTGGTGATCTAATTGTATTAAGTTCGATTTATCGTg > 1:789148/1‑70 (MQ=255) tCATGCCTTATTATTCATGA‑T‑AATAATAAACTTGGTGATCTAATTGTATTAAGTTCGATTTATCGTGAACt > 1:3271660/1‑71 (MQ=255) aTGCCTTATTATTCATGA‑T‑AATAATAAACTTGGTGATCTAATTGTATTAAGTTCGATTTATCGTGAACttt < 1:810202/71‑1 (MQ=255) aTGCCTTATTATTCATGA‑T‑AATAATAAACTTGGTGATCTAATTGTATTAAGTTCGATTTATCGTGAACtt < 1:2198264/70‑1 (MQ=255) tGCCTTATTATTCATGA‑T‑AATAATAAACTTGGTGATCTAATTGTATTAAGTTCGATTTATCGTTAACTTta > 1:3483461/1‑71 (MQ=255) gtTTATTATT‑ATCA‑TGAATAATAAACTTGGTGATCTAATTGTATTAAGTTCGATTTATCGTGAACTTta < 1:336542‑M1/67‑1 (MQ=255) tTTATTATT‑ATCA‑TGAATAATAAACTTGGTGATCTAATTGTATTAAGTTCGATTTATCGTGAACtt > 1:1839495‑M1/2‑66 (MQ=255) gtgtattattatcatgaataataaACTTGGTGATCTAATTGTATTAAGTTCGATTTATCGTGAACTTta > 1:1596930‑M2/25‑69 (MQ=255) ATTATTCATGA‑T‑AATAATAAACTTGGTGATCTAATTGTATTAAGTTCGATTTATCGTGAACTTta > 1:3736632‑M1/1‑65 (MQ=255) ATTATTCATGA‑T‑AATAATAAACTTGGTGATCTAATTGTATTAAGTTCGATTTATCGTGAACTTTATAGTa > 1:976261‑M1/1‑70 (MQ=255) ATTATTCATGA‑T‑AATAATAAACTTGGTGATCTAATTGTATTAAGTTCGATTTATCGTGAACTTTATAGTa < 1:2289803‑M1/70‑1 (MQ=255) ATTATTCATGA‑T‑AATAATAAACTTGGTGATCTAATTGTATTAAGTTCGATTTATCGTGAACTTTATAGTa < 1:202911‑M1/70‑1 (MQ=255) tattattatcatgaataataaACTTGGTGATCTAATTgtt < 1:2792735‑M2/19‑2 (MQ=255) tattattatcatgaataataaACTTGGTGATCTAATTGTa < 1:2207059‑M2/19‑1 (MQ=255) tattattatcatgaataataaACTTGGTGATCTAATTGTa < 1:3377231‑M2/19‑1 (MQ=255) tattattatcatgaataataaACTTGGTGATCTAATTGTa < 1:2759419‑M2/19‑1 (MQ=255) tattattatcatgaataataaACTTGGTGATCTAATTGTATTAAGTTCGATTTATCGTGAACTTta > 1:158030‑M2/22‑66 (MQ=255) ttTTCATGA‑T‑AATAATAAACTTGGTGATCTAATTGTATTAAGTTCGATTTATCGTGAACt < 1:3051870‑M1/58‑1 (MQ=255) TATTCATGA‑T‑AATAATAAACTTGGTGATCTAATTGTATTAAGTTCGATTTATCGTGaa < 1:1146217‑M1/58‑1 (MQ=255) TATTCATGA‑T‑AATAATAAACTTGGTGATCTAATTGTATTAAGTTCGATTTATCGTGAACt < 1:3101294‑M1/60‑1 (MQ=255) TATTCATGA‑T‑AATAATAAACTTGGTGATCTAATTGTATTAAGTTCGATTTATCGTGAACt < 1:2111516‑M1/60‑1 (MQ=255) ttattatcatgaataataaACTTGGTGATCTAATTGTAtt > 1:740851‑M2/20‑40 (MQ=255) taTCATGAAT‑AATAATAAACTTGGTGATCTAATTGTATTaa < 1:1949472‑M1/39‑1 (MQ=255) taTCATGAAT‑AATAATAAACTTGGTGATCTAATTGTATTaa < 1:2393543‑M1/39‑1 (MQ=255) taTCATGAAT‑AATAATAAAATTGGTGATCTAATTGTATTaa < 1:2091702‑M1/39‑1 (MQ=255) ATTCATGA‑T‑AATAATAAACTTGGTGATCTAATTGTATTAAGTTCGATTTATCGTGAACTTTATAGTAAAg > 1:757170‑M1/1‑70 (MQ=255) TTCATGA‑T‑AATAATAAACTTGGTGATCTAATTGTATTAAGTTCGATTTATCGTGAACTTTATAGTaaa < 1:2145559‑M1/68‑1 (MQ=255) TTCATGA‑T‑AATAATAAACTTGGTGATCTAATTGTATTAAGTTCGATTTATCGTGAACTTTATAGTaaa < 1:1719156‑M1/68‑1 (MQ=255) cATGA‑T‑AATAATAAACTTGGTGATCTAATTGTATTAAGTTCGATTTATCGTGAACTTTATAGTAAAgg < 1:2966506/68‑1 (MQ=255) cATGA‑T‑AATAATAAACTTGGTGATCTAATTGTATTAAGTTCGATTTATCGTGAACTTTATAGTAAAgg < 1:2747509/68‑1 (MQ=255) aTGA‑T‑AATAATAAACTTGGTGATCTAATTGTATTAAGTTCGAt > 1:199891/1‑43 (MQ=255) aTGA‑T‑AATAATAAACTTGGTGATCTAATTGTATTAAGTTCGAt > 1:1345136/1‑43 (MQ=255) aTGA‑T‑AATAATAAACTTGGTGATCTAATTGTATTAAGTTCGAt > 1:2789920/1‑43 (MQ=255) atcatgaataataaACTTGGTGATCTAATTGTATTAAGTTCGATTTAt > 1:3634532‑M2/15‑48 (MQ=255) gA‑T‑AATAATAAACTTGGTGATCTAATTGTATTAAGTTCGATTTATCGTGAACTTTATAGTAAAGGGGTTa > 1:1385999/1‑70 (MQ=255) gA‑T‑AATAATAAACTTGGTGATCTAATTGTATTAAGTTCGATTTATCGTGAACTTTATAGTAAAGGGGTTa > 1:2731136/1‑70 (MQ=255) a‑t‑aataataAACTTGGTGATCTAATTGTATTAAGTTCGATTTATCGTGAACTTTATAGTAAAGGGGTTaa > 1:2323083/1‑70 (MQ=255) a‑t‑aataataAACTTGGTGATCTAATTGTATTAAGTTCGATTTATCGTGAACTTTATAGTAAAGGGGTTaa > 1:2517650/1‑70 (MQ=255) a‑t‑aataataAACTTGGTGATCTAATTGTATTAAGTTCGATTTATCGTGAACTTTATAGTAAAGGGGTTaa > 1:338001/1‑70 (MQ=255) a‑t‑aataataAACTTGGTGATCTAATTGTATTAAGTTCGATTTATCGTGAACTTTATAGTAAAGGGGTTaa > 1:2258677/1‑70 (MQ=255) ataataaACTTGGTGATCTAATTGTATTAAGTTCGATTTATCGTGAACTTTATAGTAAAGGGGTTAAAAt > 1:205548‑M2/8‑70 (MQ=255) ataataaACTTGGTGATCTAATTGTATTAAGTTCGATTTATCGTGAACTTTATAGTAAAGGGGTTAAAAt > 1:1929240‑M2/8‑70 (MQ=255) taataaACTTGGTGATCTAATTGTATTAAGTTCGATTTATCGTGAACTTTATAGTAAAGGGGTTAAAATaa > 1:2120694‑M2/7‑71 (MQ=255) taataaACTTGGTGATCTAATTGTATTAAGTTCGATTTATCGTGAACTTTATAGTAAAGGGGTTAAAATaa > 1:2626246‑M2/7‑71 (MQ=255) taataaACTTAGTGATCTAATTGTATTAAGTTCGATTTATCGTGAACTTTATAGTAAAGGGGTTAAAATaa > 1:1412267‑M2/7‑71 (MQ=255) aataaACTTGGTGATCTAATTGTATTAAGTTCTAttt < 1:1027451‑M2/32‑1 (MQ=255) aataaACTTGGTGATCTAATTGTATTAAGTTCGATTTATCGTGAACTTTATAGTAAAGGGGTTAAAATAAc > 1:38097‑M2/6‑71 (MQ=255) aataaACTTGGTGATCTAATTGTATTAAGTTCGATTTATCGTGAACTTTATAGTAAAGGGGTTAAAATAAc > 1:3208263‑M2/6‑71 (MQ=255) ataaACTTGGTGATCTAATTGTATTAAGTTCGATTTATCGTGAACTTta < 1:1934269‑M2/45‑1 (MQ=255) taaACTTGGTGATCTAATTGTATTAAGTTCGATTTATCGTGAACTTTATAGTAAAGGGGTTAAAATAActc > 1:2098493‑M2/4‑71 (MQ=255) taaACTTGGTGATCTAATTGTATTAAGTTCGATTTATCGTGAACTTTATAGTAAAGGGGTTAAAATAActc < 1:2018464‑M2/68‑1 (MQ=255) taaACTTGGTGATCTAATTGTATTAAGTTCGATTTATCGTGAACTTTATAGTAAAGGGGTTAAAATAActc > 1:1243554‑M2/4‑71 (MQ=255) taaACTTGGTGATCTAATTGTATTAAGTTCGATTTATCGTGAACTTTATAGTAAAGGGGTTAAAATAActc > 1:1239069‑M2/4‑71 (MQ=255) aaACTTGGTGATCTAATTGTATTAAGTTCGATTTATCGTGAACTTTATAGTAAAGGGGTTAAAATAActct > 1:112631‑M2/3‑71 (MQ=255) | AATAAATAATCAAATTACAGATCCAGCACAAGTTAAATCATGCCTTATTATTCATGA‑T‑AATAATAAACTTGGTGATCTAATTGTATTAAGTTCGATTTATCGTGAACTTTATAGTAAAGGGGTTAAAATAACTCT > Exported/2542249‑2542383 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |