| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | Exported | 865,062 | C→T | 22.7% | P455S (CCT→TCT) | yciQ → | predicted inner membrane protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | Exported | 865,062 | 0 | C | T | 22.7% | 128.2 / 35.9 | 66 | P455S (CCT→TCT) | yciQ | predicted inner membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (17/34); new base T (9/6); total (26/40) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.77e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.00e-01 | |||||||||||
ATCTGCTGGATTATTCCTTTTTTATTTTGTTCCCTTGAGCTTTTGTTTGCCCGCGATGATGACAAGCCTTGCGTTAATCGTGTAATCATCACTTTGTTTTTACCACTGATTTGTTCAGGCGTGGCCTTCTATT > Exported/864996‑865128 | aTCTGCTGGATTATTCCTTTTTTATTTTGTTCCCTTGAGCTTTTGTTTGCCCGCGATGATGACAAGCCtt < 1:3445717/70‑1 (MQ=255) ctgGATTATTCCTTTTTTATTTTGTTCCCTTGAGCTTTTGTTTGCCCGCGATGATGACAAGCCTTg < 1:2400730/66‑1 (MQ=255) ctgGATTATTCCTTTTTTATTTTGTTCCCTTGAGCTTTTGTTTGCCCGCGATGATGACAAGCCTTg < 1:531655/66‑1 (MQ=255) ctgGATTATTCCTTTTTTATTTTGTTCCCTTGAGCTTTTGTTTGCCCGCGATGATGACAAGCCTTGc < 1:614986/67‑1 (MQ=255) ctgGATTATTCCTTTTTTATTTTGTTCCCTTGAGCTTTTGTTTGCCCGCGATGATGACAAGCCTTGCGTTa < 1:516027/71‑1 (MQ=255) ctgGATTATTCCTTTTTTATTTTGTTCCCTTGAGCTTTTGTTTGCCCGCGATGATGACAAGCCTTGCGTTa < 1:420915/71‑1 (MQ=255) tgGATTATTCCTTTTTTATTTTGTTCCCTTGAGCTTTTGTTTGCCCGCGATGATGACAAGCCTTGCGTTa > 1:698484/1‑70 (MQ=255) gATTATTCCTTTTTTATTTTGTTCCCTTGAGCTTTTGTTTGCCCGCGTTGATGACAAGCCTTGCGTTAATc > 1:3307185/1‑71 (MQ=255) gATTATTCCTTTTTTATTTTGTTCCCTTGAGCTTTTGTTTGCCCGCGATGATGACAAGCCTTGCGTTaa < 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |