| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | Exported | 868,858 | T→G | 6.5% | V191V (GTT→GTG) | sohB → | predicted inner membrane peptidase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | Exported | 868,858 | 0 | T | G | 6.5% | 160.9 / 6.0 | 62 | V191V (GTT→GTG) | sohB | predicted inner membrane peptidase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (25/33); new base G (2/2); total (27/35) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.65e-01 | |||||||||||
AACTGTTACGGTAGACAAAGTCGCTGCCAGCGGCGGTTACATGATGGCCTGTGTGGCGGACAAAATTGTTTCCGCACCGTTTGCTATTGTGGGTTCCATTGGCGTGGTGGCGCAAATGCCCAACTTTAACCGCTTCCT > Exported/868789‑868926 | aaCTGTTACGGTAGCCAAAGTCGCTGCCAGCGGCGGTTACATGATGGCCTGTGTGGCGGACAAAATTGttt > 1:1549437/1‑71 (MQ=255) cTGTTACGGTAGACAAAGTCGCTGCCAGCGGCGGTTACATGATGGCCTGTGTGGCGGACAAAATTGTTTcc < 1:1261991/71‑1 (MQ=255) ttACGGTAGACAAAGTCGCTGCCAGCGGCGGTTACATGATGGCCTGTGTGGCGGACAAAATTGTTTCCg < 1:1173116/69‑1 (MQ=255) cGGTAGACAAAGTCGCTGCCAGCGGCGGTTATATGATGGCCTGTGTGGCGGACAAAATTGTTTCCGCACCg > 1:1018428/1‑71 (MQ=255) cGGTAGACAAAGTCGCTGCCAGCGGCGGTTACATGATGGCCTGTGTGGCGGACAAAATTGTTTCCGCACCg > 1:149972/1‑71 (MQ=255) gTAGACAAAGTCGCTGCCAGCGGCGGTTACATGATGGCCTGTGTGGCGGACAAAATTGTTTCCGCACCGtt < 1:3323325/71‑1 (MQ=255) tAGACAAAGTCGCTGCCAGCGGCGGTTACATGATGGCCTGTGTGGCGGACAAAATTGTTTCCGCACCGttt > 1:2281860/1‑71 (MQ=255) tAGACAAAGTCGCTGCCAGCGGCGGTTACATGATGGCCTGTGTGGCGGACAAAATTGTTTCCGCACCGttt < 1:2924684/71‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |