| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | Exported | 916,161 | T→A | 6.2% | R237R (CGT→CGA) | ycjF → | conserved inner membrane protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | Exported | 916,161 | 0 | T | A | 6.2% | 231.8 / 6.2 | 80 | R237R (CGT→CGA) | ycjF | conserved inner membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (39/36); new base A (2/3); total (41/39) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.71e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.21e-01 | |||||||||||
ACGTTGATGATTGCGGTCAGCCCGCTGGCGTTGGTCGATATGGCGTTTATCGCCTGGCGCAATCTGCGTTTAATTAATCGCATCGCCACGCTGTATGGCATTGAACTGGGGTATTACAGCCGTTTGCGTCTGTTTAAGC > Exported/916093‑916231 | aCGTTGATGATTGCGGTCAGCCCGCTGGCGTTGGTCGATATGGCGTTTATCGCCTGGCGCAATCTGCGttt < 1:3651951/71‑1 (MQ=255) cGTTGATGATTGCGGTCAGCCCGCTGGCGTTGGTCGATATGGCGTTTATCGCCTGGCGCAATCTGCGttt > 1:3138997/1‑70 (MQ=255) cGTTGATGATTGCGGTCAGCCCGCTGGCGTTGGTCGATATGGCGTTTATCGCCTGGCGCAATCTGCGttt > 1:1241727/1‑70 (MQ=255) gatgatTGCGGTCAGCCCGCTGGCGTTGGTCGATATGGCGTTTATCGCCTGGCGCAATCTGCGTttaatt < 1:562526/70‑1 (MQ=255) gatgatTGCGGTCAGCCCGCTGGCGTTGGTCGATATGGCGTTTATCGCCTGGCGCAATCTGCGTttaatt > 1:1306051/1‑70 (MQ=255) tgatTGCGGTCAGCCCGCTGGCGTTGGTCGATATGGCGTTTATCGCCTGGCGCAATCTGCGt > 1:3287945/1‑62 (MQ=255) tgatTGCGGTCAGCCCGCTGGCGTTGGTCGATATGGCGTTTATCGCCTGGCGCAATCTGCGt > 1:2983271/1‑62 (MQ=255) tgatTGCGGTCAGCCCGCTGGCGTTGGTCGATATGGCGTTTATCGCCTGGCGCAATCTGCGt > 1:2742200/1‑62 (MQ=255) tgatTGCGGTCAGCCCGCTGGCGTTGGTCGATATGGCGTTTATCGCCTGGCGCAATCTGCGTTtaattaat > 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |