| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | Exported | 1,015,010 | C→G | 5.5% | A353A (GCG→GCC) | fumA ← | aerobic Class I fumarate hydratase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | Exported | 1,015,010 | 0 | C | G | 5.5% | 236.1 / 2.9 | 73 | A353A (GCG→GCC) | fumA | aerobic Class I fumarate hydratase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (44/25); new base G (2/2); total (46/27) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.23e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.53e-01 | |||||||||||
CGACAACTGTGCGAGGATCTCTTTCATCGGACGGTTAAGGTCAACGCGCACCGCTTCGCCTTCTCCCGCTTTGCGCAGCTCTTCCGGGATATATTTGCCTGGATTATGTTCCAGTTTTTCGATCCAGATCCCCTGAC > Exported/1014944‑1015080 | cGACAACTGTGCGAGGATCTCTTTCATCGGACGGTTAAGGTCAACGCGCACCGCTTCGCCTTCTCCCGCtt > 1:2769861/1‑71 (MQ=255)cGACAACTGTGCGAGGATCTCTTTCATCGGACGGTTAAGGTCAACGCGCACCGCTTCGCCTTCTCCCGCtt > 1:1511815/1‑71 (MQ=255) aCTGTGCGAGGATCTCTTTCATCGGACGGTTAAGGTCAACGCGCACCGCTTCGCCTTCTCCCGCTTTgcgc < 1:1130963/71‑1 (MQ=255) aCTGTGCGAGGATCTCTTTCATCGGACGGTTAAGGTCAACGCGCACCGCTTCGCCTTCTCCCGCTTTgcgc < 1:2601979/71‑1 (MQ=255) aCTGTGCGAGGATCTCTTTCATCGGACGGTTAAGGTCAACGCGCACCGCTTCGCCTTCTCCCGCTTTgcgc < 1:2328628/71‑1 (MQ=255) cTGTGCGAGGATCTCTTTCATCGGACGGTTAAGGTCAACGCGCACCGCTTCGCCTTCTCCCGCTTTgcg > 1:2016792/1‑69 (MQ=255) cTGTGCGAGGATCTCTTTCATCGGACGGTTAAGGTCAACGCGCACCGCTTCGCCTTCTCCCGCTTTGCGCa < 1:3349773/71‑1 (MQ=255) tgCGAGGATCTCTTTCATCGGACGGTTAAGGTCAACGCGCACCGCTTCGCCTTCTCCCGc > 1:473063/1‑60 (MQ=255) tgCGAGGATCTCTTTCATCGGACGGTTAAGGTCAACGCGCACCGCTTCGCCTTCTCCCGCt > 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |