| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | Exported | 1,015,015 | T→G | 5.7% | K352Q (AAA→CAA) ‡ | fumA ← | aerobic Class I fumarate hydratase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | Exported | 1,015,015 | 0 | T | G | 5.7% | 192.8 / 5.4 | 70 | K352Q (AAA→CAA) ‡ | fumA | aerobic Class I fumarate hydratase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (40/26); new base G (2/2); total (42/28) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
ACTGTGCGAGGATCTCTTTCATCGGACGGTTAAGGTCAACGCGCACCGCTTCGCCTTCTCCCGCTTTGCGCAGCTCTTCCGGGATATATTTGCCTGGATTATGTTCCAGTTTTTCGATCCAGATCCCCTGACGG > Exported/1014949‑1015082 | aCTGTGCGAGGATCTCTTTCATCGGACGGTTAAGGTCAACGCGCACCGCTTCGCCTTCTCCCGCTTTgcgc < 1:2328628/71‑1 (MQ=255)aCTGTGCGAGGATCTCTTTCATCGGACGGTTAAGGTCAACGCGCACCGCTTCGCCTTCTCCCGCTTTgcgc < 1:2601979/71‑1 (MQ=255)aCTGTGCGAGGATCTCTTTCATCGGACGGTTAAGGTCAACGCGCACCGCTTCGCCTTCTCCCGCTTTgcgc < 1:1130963/71‑1 (MQ=255) cTGTGCGAGGATCTCTTTCATCGGACGGTTAAGGTCAACGCGCACCGCTTCGCCTTCTCCCGCTTTgcg > 1:2016792/1‑69 (MQ=255) cTGTGCGAGGATCTCTTTCATCGGACGGTTAAGGTCAACGCGCACCGCTTCGCCTTCTCCCGCTTTGCGCa < 1:3349773/71‑1 (MQ=255) ggCGAGGATCTCTTTCATCGGGCGGTTAAGGTCAACTTTCACCGCTTCGCCTTCACCGGCCTGGCGCAg < 1:1030279/68‑1 (MQ=255) ggCGAGGATCTCTTTCATCGGGCGGTTAAGGTCAACTTTCACCGCTTCGCCTTCACCGGCCTGGCGCAg < 1:1343560/68‑1 (MQ=255) gCGAGGATCTCTTTCATCGGACGGTTAAGGTCAACGCGCACCGCTTCGCCTTCTCCCGCTTTGCGCAg > 1:748520/1‑68 (MQ=255) 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ACTGTGCGAGGATCTCTTTCATCGGACGGTTAAGGTCAACGCGCACCGCTTCGCCTTCTCCCGCTTTGCGCAGCTCTTCCGGGATATATTTGCCTGGATTATGTTCCAGTTTTTCGATCCAGATCCCCTGACGG > Exported/1014949‑1015082 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |