| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | Exported | 1,136,280 | C→A | 5.4% | A265E (GCA→GAA) | yniA → | predicted phosphotransferase/kinase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | Exported | 1,136,280 | 0 | C | A | 5.4% | 310.4 / 2.7 | 91 | A265E (GCA→GAA) | yniA | predicted phosphotransferase/kinase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (43/43); new base A (2/3); total (45/46) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.50e-01 | |||||||||||
CCCGCTACCTGCCGATTTCCTTGAACGTCAACCGGTTTACCAACTCTACACGCTGTTAAATCGTGCAAGGTTATTTGGCGGTCAGCATTTGGTTATTGCTCAGCAGTCATTGGATAGATTATTAGCAGCATGA > Exported/1136215‑1136347 | cccGCTACCTGCCGATTTCCTTGAACGTCAACCGGTTTACCAACTCTACACGCTGTTAAATCGTGCAAGGt > 1:311654/1‑71 (MQ=255)cccGCTACCTGCCGATTTCCTTGAACGTCAACCGGTTTACCAACTCTACACGCTGTTAAATCGTGCAAGGt > 1:3682528/1‑71 (MQ=255)cccGCTACCTGCCGATTTCCTTGAACGTCAACCGGTTTACCAACTCAACACGCTGTTAAATCGTGCAAGGt > 1:408264/1‑71 (MQ=255) cGCTACCTGCCGATTTCCTTGAACGTCAACCGGTTTACCAACTCTACACGCTGTTAAATCGTGCAAGGTTa < 1:1984102/71‑1 (MQ=255) gCTACCTGCCGATTTCCTTGAACGTCAACCGGTTTACCAACTCTACACGCTGTTAAATCGTGCAAGGTTa < 1:1124724/70‑1 (MQ=255) ccTGCCGATTTCCTTGAACGTCAACCGGTTTACCAACTCTACACGCTGTTAAATCGTGCAAGGTTATTTgg < 1:1664283/71‑1 (MQ=255) tGCCGATTTCCTTGAACGTCAACCGGTTTACCAACTCTACACGCTGTTAAATCGTGCAAGGTTATTTGGCg > 1:1570633/1‑71 (MQ=255) tGCCGATTTCCTTGAACGTCAACCGGTTTACCAACTCTACACGCTGTTAAATCGTGCAAGGTTATTTGGCg > 1:332452/1‑71 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |