| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | Exported | 1,321,783 | G→A | 12.3% | intergenic (‑237/+257) | gnd ← / ← galF | gluconate‑6‑phosphate dehydrogenase, decarboxylating/predicted subunit with GalU |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | Exported | 1,321,783 | 0 | G | A | 12.3% | 178.0 / 14.7 | 65 | intergenic (‑237/+257) | gnd/galF | gluconate‑6‑phosphate dehydrogenase, decarboxylating/predicted subunit with GalU |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (28/29); new base A (2/6); total (30/35) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.70e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.02e-01 | |||||||||||
CTCAGTTTGATTAATAGAGGTATTAATGCACGCTACCGCCCCTGGCTTTACAGCTACCAGAGCACTGCGTGCATGCCTATGATGTGACGAGCGTTACCCACTCGCGCTAAACCCGAAAAATTCAAACGCTAATTGTC > Exported/1321715‑1321851 | ctcAGTTTGATTAATAGAGGTATTAATGCACGCTACCGCCCCTGGCTTTACAGCTACCAGAGCACTGCGTg > 1:1259626/1‑71 (MQ=255)ctcAATTTGATTAATAGAGGTATTAATGCACGCTACCGCCCCTGGCTTTACAGCTACCAGAGCACTGCGt > 1:1686174/1‑70 (MQ=255) tcAGTTTGATTAATAGAGGTATTAATGCACGCTACCGCCCCTGGCTTTACAGCTACCAGAGCACTGCGt < 1:2156508/69‑1 (MQ=255) tcAGTTTGATTAATAGAGGTATTAATGCACGCTACCGCCCCTGGCTTTACAGCTACCAGAGCACTGCGTg > 1:703305/1‑70 (MQ=255) aGTTTGATTAATAGAGGTATTAATGCACGCTACCGCCCCTGGCTTTACAGCTACCAGAGCACTGCGTGCa < 1:1975190/70‑1 (MQ=255) tttGATTAATAGAGGTATTAATGCACGCTACCGCCCCTGGCTTTACAGCTACCAGAGCACTGCGTGCATGc > 1:1824001/1‑71 (MQ=255) gATTAATAGAGGTATTAATGCACGCTACCGCCCCTGGCTTTACAGCTACCAGAGCACTGCGTGCATGCCTa > 1:3581105/1‑71 (MQ=255) aTTAATAGAGGTATTAATGCACGCTACCGCCCCTGGCTTTACAGCTACCAGAGCACTGCGTGCATGCCTat < 1:3208997/71‑1 (MQ=255) 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1:552992/70‑1 (MQ=255) cGTGCATGCCTATGATGTGACGAGCGTTACCCACTCGCGCTAAACCCGAAAAATTCAAACGCTAATTGTc < 1:1190884/70‑1 (MQ=255) | CTCAGTTTGATTAATAGAGGTATTAATGCACGCTACCGCCCCTGGCTTTACAGCTACCAGAGCACTGCGTGCATGCCTATGATGTGACGAGCGTTACCCACTCGCGCTAAACCCGAAAAATTCAAACGCTAATTGTC > Exported/1321715‑1321851 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |