| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | Exported | 1,427,154 | C→T | 66.3% | R220H (CGC→CAC) | napG ← | ferredoxin‑type protein essential for electron transfer from ubiquinol to periplasmic nitrate reductase (NapAB) |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | Exported | 1,427,154 | 0 | C | T | 66.3% | 95.0 / 79.8 | 86 | R220H (CGC→CAC) | napG | ferredoxin‑type protein essential for electron transfer from ubiquinol to periplasmic nitrate reductase (NapAB) |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (15/14); new base T (26/31); total (41/45) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.52e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.87e-01 | |||||||||||
TCTCCAGCGCCTCGCGCCCGGCGTCACGTTTACGATTTGCCATTGTTCCCCTCCAGCCAGCCGAAGCGGTAATGGTGACCTAACTCCCCTTTCGCCAGTGACAGCGGTAACACCTTGATTGCCGGTTGTTCCAGCAC > Exported/1427088‑1427224 | tctcCAGCGCCTCGCGCCCGGCGTCACGTTTACGATTTGCCATTGTTCCCCTCCAGCCAGCCGAAGTGGt > 1:2462286/1‑70 (MQ=255) ctcCAGCGCCTCGCGCCCGGCGTCACGTTTACGATTTGCCATTGTTCCCCTCCAGCCAGCCGAAGTGGTa < 1:2048650/70‑1 (MQ=255) ctcCAGCGCCTCGCGCCCGGCGTCACGTTTACGATTTGCCATTGTTCCCCTCCAGCCAGCCGAAGTGGTa < 1:141978/70‑1 (MQ=255) aGCGCCTCGCGCCCGGCGTCACGTTTACGATTTGCCATTGTTCCCCTCCAGCCAGCCGAAGTGGt > 1:2512233/1‑65 (MQ=255) aGCGCCTCGCGCCCGGCGTCACGTTTACGATTTGCCATTGTTCCCCTCCAGCCAGCCGAAGCGGTAATGGt < 1:228623/71‑1 (MQ=255) cgcCTCGCGCCCTGCGTCACGTTTACGATTTGCCATTGTTCCCCTCCAGCCAGCCGAAGTGGTAATGGTg < 1:1935618/70‑1 (MQ=255) cTCGCGCCCGGCGTCACGTTTACGATTTGCCATTGTTCCCCTCCAGCCAGCCGAAGTGGTAATGGTGACCt < 1:1303035/71‑1 (MQ=255) cgcgCCCGGCGTCACGTTTACGATTTGCCATTGTTCCCCTCCAGCCAGCCGAAGTGGTAATGGt > 1:975479/1‑64 (MQ=255) gcgcCCGGCGTCACGTTTACGATTTGCCATTGTTCCCCTCCAGCCAGCCGAAGTGGTAATGGTGACCTa 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |