Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | Exported | 1,559,532 | T→A | 8.3% | V53D (GTC→GAC) | evgA → | DNA‑binding response regulator in two‑component regulatory system with EvgS |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | Exported | 1,559,532 | 0 | T | A | 8.3% | 244.3 / 11.7 | 84 | V53D (GTC→GAC) | evgA | DNA‑binding response regulator in two‑component regulatory system with EvgS |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (41/36); new base A (2/5); total (43/41) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.59e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.70e-01 |
AGTTGACTGAAGGCGGAAGTGCCGTTCAGCGGGTGGAAACACTTAAGCCTGATATCGTCATCATTGATGTCGATATCCCCGGAGTTAACGGTATCCAGGTGTTAGAAACGCTGAGGAAGCGCCAATATAGCGG > Exported/1559463‑1559595 | agTTGACTGAAGGCGGAAGTGCCGTTCAGCGGGTGGAAACACTTAAGCCTGATATCGTCATCATTGATGTc < 1:1512434/71‑1 (MQ=255) gTTGACTGAAGGCGGAAGTGCCGTTCAGCGGGTGGAAACACTTAAGCCTGATATCGTCATCATTGATGTc < 1:1330525/70‑1 (MQ=255) cTGAAGGCGGAAGTGCCGTTCAGCGGGTGGAAACACTTAAGCCTGATATCGTCATCATTGATGTCGATATc > 1:1277043/1‑71 (MQ=255) aaGGCGGAAGTGCCGTTCAGCGGGTGGAAACACTTAAGCCTGATATCGTCATCATTGATGt > 1:1710515/1‑61 (MQ=255) aaGGCGGAAGTGCCGTTCAGCGGGTGGAAACACTTAAGCCTGATATCGTCATCATTGATGt > 1:2824008/1‑61 (MQ=255) aaGGCGGAAGTGCCGTTCAGCGGGTGGAAACACTTAAGCCTGATATCGTCATCATTGATGTCGATATcccc > 1:680331/1‑71 (MQ=255) aaGGCGGAAGTGCCGTTCAGCGGGTGGAAACACTTAAGCCTGATATCGTCATCATTGATGTCGATATcccc > 1:1950004/1‑71 (MQ=255) aaGTGCCGTTCAGCGGGTGGAAACACTTAAGCCTGATATCGTCATCATTGATGTCGATATCCCCGGAg > 1:1729418/1‑68 (MQ=255) aaGTGCCGTTCAGCGGGTGGAAACACTTAAGCCTGATATCGTCATCATTGATGTCGATATCCCCGGAGtt > 1:3042092/1‑70 (MQ=255) aaGTGCCGTTCAGCGGGTGGAAACACTTAAGCCTGATATCGTCATCATTGATGTCGATATCCCCGGAGtt > 1:881850/1‑70 (MQ=255) aaGTGCCGTTCAGCGGGTGGAAACACTTAAGCCTGATATCGTCATCATTGATGTCGATATCCCCGGAGTTa < 1:2347087/71‑1 (MQ=255) aGTGCCGTTCAGCGGGTGGAAACACTTAAGCCTGATATCGTCATCATTGATGTCGATATCCCCGGAGTTaa < 1:3591593/71‑1 (MQ=255) gTGCCGTTCAGCGGGTGGAAACACTTAAGCCTGATATCGTCATCATTGATGTCGATATCCCCGGAg > 1:702097/1‑66 (MQ=255) gTGCCGTTCAGCGGGTGGAAACACTTAAGCCTGATATCGTCATCATTGATGTCGATATCCCCGGAg > 1:163325/1‑66 (MQ=255) gCCGTTCAGCGGGTGGAAACACTTAAGCCTGATATCGACATCAATGATGACg < 1:708619/52‑1 (MQ=25) gCCGTTCAGCGGGTGGAAACACTTAAGCCTGATATCGACATCAATGATGACg < 1:170705/52‑1 (MQ=25) ccGTTCAGCGGGTGGAAACACTTAAGCCTGATATCGTCATCATTGATGTCGATATCCCCGGAGTTAACgg > 1:1041459/1‑70 (MQ=255) ccGTTCAGCGGGTGGAAACACTTAAGCCTGATATCGTCATCATTGATGTCGATATCCCCGGAGTTAACgg > 1:371937/1‑70 (MQ=255) gTTCAGCGGGTGGAAACACTTAAGCCTGATATCGTCATCATTGATGTCGATATCCCCGGAg > 1:3715945/1‑61 (MQ=255) gTTCAGCGGGTGGAAACACTTAAGCCTGATATCGTCATCATTGATGTCGATATCCCCGGAg > 1:2235097/1‑61 (MQ=255) gTTCAGCGGGTGGAAACACTTAAGCCTGATATCGTCATCATTGATGTCGATATCCCCGGAg > 1:1252556/1‑61 (MQ=255) gTTCAGCGGGTGGAAACACTTAAGCCTGATATCGTCATCATTGATGTCGATATCCCCGGAGTTAACGGTAt > 1:1606494/1‑71 (MQ=255) gTTCAGCGGGTGGAAACACTTAAGCCTGATATCGTCATCATTGATGTCGATATCCCCGGAGTTAACGGTAt > 1:2564365/1‑71 (MQ=255) gTTCAGCGGGTGGAAACACTTAAGCCTGATATCGTCATCATTGATGTCGATATCCCCGGAGTTAACGGTAt > 1:961732/1‑71 (MQ=255) gTTCAGCGGGTGGAAACACTTAAGCCTGATATCGTCATCATTGATGTCGATATCCCCGGAGTTAACGGTAt > 1:2979531/1‑71 (MQ=255) ttCAGCGGGTGGAAACACTTAAGCCTGATATCGTCATCATTGATGTCGATATCCCCGGAGTTAACGGTATc > 1:2892192/1‑71 (MQ=255) tCAGCGGGTGGAAACACTTAAGCCTGATATCGTCATCATTGATGTCGATATCCCCGGAGTTAACGGTATc > 1:844206/1‑70 (MQ=255) cAGCGGGTGGAAACACTTAAGCCTGATATCGTCATCATTGATGTCGATATCCCCGGAGTTAACGGTATcc < 1:1704301/70‑1 (MQ=255) cAGCGGGTGGAAACACTTAAGCCTGATATCGTCATCATTGATGTCGATATCCCCGGAGTTAACGGTATc > 1:1320312/1‑69 (MQ=255) aGCGGGTGGAAACACTTAAGCCTGATATCGTCATCATTGATGTCGATATCCCCGGAGTTAACGGTATCCa < 1:1554278/70‑1 (MQ=255) gggTGGAAACACTTAAGCCTGATATCGTCATCATTGATGTCGATATCCCCGGAGTTAACGGTATCCAGgtg > 1:667712/1‑71 (MQ=255) ggTGGAAACACTTAAGCCTGATATCGTCATCATTGATGTCGATATCCCCGGAGTTAACGGTATCCAGgtgt < 1:162293/71‑1 (MQ=255) gAAACACTTAAGCCTGATATCTTCATCATTGATGTCGATATCCCCGGAGTTATCGGTATCCAg < 1:3552389/63‑1 (MQ=255) gAAACACTTAAGCCTGATATCGTCATCATTGATGTCg < 1:2392396/37‑1 (MQ=255) gAAACACTTAAGCCTGATATCGTCATCATTGATGTCg < 1:2214908/37‑1 (MQ=255) gAAACACTTAAGCCTGATATCGTCATCATTGATGTCg < 1:3700327/37‑1 (MQ=255) gAAACACTTAAGCCTGATATCGTCATCATTGATGTCg < 1:1514140/37‑1 (MQ=255) gAAACACTTAAGCCTGATATCGTCATCATTGATGTCGATATCCCCGGAGTTAACGGTATCCAGGTGTTAg > 1:1080782/1‑70 (MQ=255) gAAACACTTAAGCCTGATATCGTCATCATTGATGTCGATATCCCCGGAGTTAACGGTATCCAGGTGTTAGa < 1:127256/71‑1 (MQ=255) aaaCACTTAAGCCTGATATCGTCATCATTGATGTCGATATCCCCGGAGTTAACGGTATCCAGGTGTTAGa > 1:3616007/1‑70 (MQ=255) aaaCACTTAAGCCTGATATCGACATCAATGATGACGa < 1:1977136/37‑1 (MQ=17) aaaCACTTAAGCCTGATATCGACATCAATGATGACGa < 1:1840004/37‑1 (MQ=17) aaaCACTTAAGCCTGATATCGACATCAATGATGACGa < 1:2282818/37‑1 (MQ=17) aaCACTTAAGCCTGATATCGTCATCATTGATGTCGATATCCCCGGAGTTAAc > 1:100926/1‑52 (MQ=255) aaCACTTAAGCCTGATATCGTCATCATTGATGTCGATATCCCCGGAGTTAACGGTATCCAGgt > 1:1427289/1‑63 (MQ=255) aaCACTTAAGCCTGATATCGTCATCATTGATGTCGATATCCCCGGAGTTAACGGTATCCAGgt > 1:2654504/1‑63 (MQ=255) aaCACTTAAGCCTGATATCGTCATCATTGATGTCGATATCCCCGGAGTTAACGGTATCCAGGTGTTAGaaa < 1:3086605/71‑1 (MQ=255) acacTTAAGCCTGATATCGTCATCATTGATGTCGATATCCCCGGAGTTAACGGTATCCAGGTGTTAGaaa > 1:1518301/1‑70 (MQ=255) acacTTAAGCCTGATATCGTCATCATTGATGTCGATATCCCCGGAGTTAACGGTATCCAGGTGTTAGAAAc > 1:164638/1‑71 (MQ=255) acacTTAAGCCTGATATCGTCATCATTGATGTCGATATCCCCGGAGTTAACGGTATCCAGGTGTTAGAAAc > 1:3008599/1‑71 (MQ=255) acacTTAAGCCTGATATCGTCATCATTGATGTCGATATCCCCGGAGTTAACGGTATCCAGGTGTTAGAAAc > 1:3026372/1‑71 (MQ=255) acacTTAAGCCTGATATCGTCATCATTGATGTCGATATCCCCGGAGTTAACGGTATCCAGGTGTTAGAAAc > 1:3031913/1‑71 (MQ=255) acacTTAAGCCTGATATCGTCATCATTGATGTCGATATCCCCGGAGTTAACGGTATACAGGTGTTAGaaa > 1:664502/1‑70 (MQ=255) acTTAAGCCTGATATCGTCATCATTGATGTCGATATCCCCGGAGTTAACGGTATCCAGGTGTTAGAAACGc > 1:2565320/1‑71 (MQ=255) cTTAAGCCTGATATCGTCATCATTGATGTCGATATCCCCGGAGTTAACGGTATCCAGGTGTTAGAAACGCt < 1:3559450/71‑1 (MQ=255) cTTAAGCCTGATATCGTCATCATTGATGTCGATATCCCCGGAGTTAACGGTATCCAGGTGTTAGAAACGCt < 1:2272034/71‑1 (MQ=255) ttAAGCCTGATATCGTCATCATTGATGTCGATATCCCCGGAGTTAACGGTATCCAGGTGTTAg < 1:2967667/63‑1 (MQ=255) tAAGCCTGATATCGTCATCATTGATGTCGATATCCCCg > 1:2840873/1‑38 (MQ=255) tAAGCCTGATATCGTCATCATTGATGTCGATATCCCCg > 1:2836595/1‑38 (MQ=255) aaGCCTGATATCGTCATCATTGATGTCGATATCCCCGGAGTTAAc < 1:679824/45‑1 (MQ=255) aaGCCTGATATCGTCATCATTGATGTCGATATCCCCGGAGTTAAc < 1:3309463/45‑1 (MQ=255) aaGCCTGATATCGTCATCATTGATGTCGATATCCCCGGAGTTAAc < 1:3359962/45‑1 (MQ=255) aGCCTGATATCGTCATCATTGATGTCGATATCCCCGGAGTTAACGGTATCCAGGTGTTAGAAACGCTGAgg < 1:985052/71‑1 (MQ=255) aGCCTGATATCGTCATCATTGATGTCGATATCCCCGGAGTTAACGGTATCCAGGTGTTAGAAACGCTGAg > 1:764164/1‑70 (MQ=255) tGATATCGTCATCATTGATGTCGATATCCCCGGAGTTAACGGTATCCAGGTGTTAGAAACGCTGAGGaa < 1:811720/69‑1 (MQ=255) tGATATCGTCATCATTGATGTCGATATCCCCGGAGTTAACGGTATCCAGGTGTTAGAAACGCTGAGGAAgc > 1:2047059/1‑71 (MQ=255) tGATATCGTCATCATTGATGTCGATATCCCCGGAGTTAACGGTATCCAGGTGTTAGAAACGCTGAGGAAgc > 1:725405/1‑71 (MQ=255) tGATATCGTCATCATTGATGTCGATATCCCCGGAGTTAACGGTATCCAGGTGTTAGAAACGCTGAGGAAgc > 1:2402595/1‑71 (MQ=255) tGATATCGTCATCATTGATGTCGATATCCCCGGAGTTAACGGTATCCAGGTGTTAGAAACGCTGAGGAAg > 1:2574669/1‑70 (MQ=255) gATATCGTCATCATTGATGTCGATATCCCCGGAGTTAACGGTATCCAGGTGTTAGAAACGCt < 1:2223734/62‑1 (MQ=255) tCGTCATCATTGATGTCGATATCCCCGGAGTTAACGGTATCCAGGTGTTAGAAACGCTGAGGAAGCGCCaa < 1:2690771/71‑1 (MQ=255) cgacatcaaTGATGACGATATCCCCGGAGTTAACGGTATCCAGGTGTTAGAAACGCTGAGGAAGCGCCaa > 1:3282596/4‑70 (MQ=38) gacatcaaTGATGACGATATCCCCGGAGTTAACGGTATCCAGgt > 1:2778436/3‑44 (MQ=25) gTCATCATTGATGTCGATATCCCCGGAGTTAACGGTATCCAGGTGTTAGAAACGCTGAGGAAGCGCCAat > 1:2251080/1‑70 (MQ=255) tcatcaTTGATGTCGATATCCCCGGAGTTAACGGTATCCAGgtgt < 1:3573938/45‑1 (MQ=255) tcatcaTTGATGTCGATATCCCCGGAGTTAACGGTATCCAGgtgt < 1:2947640/45‑1 (MQ=255) tcatcaTTGATGTCGATATCCCCGGAGTTAACGGTATCCAGGTGTTAGAAACGCTGAGGAAgcg < 1:2521156/64‑1 (MQ=255) tcatcaTTGATGTCGATATCCCCGGAGTTAACGGTATCCAGGTGTTAGAAACGCTGAGGAAgcg < 1:3662683/64‑1 (MQ=255) tcatcaTTGATGTCGATATCCCCGGAGTTAACGGTATCCAGGTGTTAGAAACGCTGAGGAAgcg < 1:1396283/64‑1 (MQ=255) tcatcaTTGATGTCGATATCCCCGGAGTTAACGGTATCCAGGTGTTAGAAACGCTGAGGAAGCGCCAatat < 1:2924574/71‑1 (MQ=255) atcatTGATGTCGATATCCCCGGAGTTAACGGTATCCAGGTGTTAGAAACGCTGAGGAAGCGCCAAtata < 1:1364619/70‑1 (MQ=255) tcatTGATGTCGATATCCCCGGAGTTAACGGTATc < 1:419422/35‑1 (MQ=255) tcatTGATGTCGATATCCCCGGAGTTAACGGTATc < 1:714158/35‑1 (MQ=255) atTGATGTCGATATCCCCGGAGTTAACGGTATCCAGGTGTTAGAAACGCTGAGGAAGCGCCAATATAGCgg < 1:3391971/71‑1 (MQ=255) atTGATGTCGATATCCCCGGAGTTAACGGTATCCAGGTGTTAGAAACGCTGAGGAAGCGCCAATATAGCg < 1:2633890/70‑1 (MQ=255) tGTCGATATCCCCGGAGTTAACGGTATCCAGGTGTTAGAAACGCTGAGGAAGCGCCAata < 1:3003953/60‑1 (MQ=255) | AGTTGACTGAAGGCGGAAGTGCCGTTCAGCGGGTGGAAACACTTAAGCCTGATATCGTCATCATTGATGTCGATATCCCCGGAGTTAACGGTATCCAGGTGTTAGAAACGCTGAGGAAGCGCCAATATAGCGG > Exported/1559463‑1559595 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |