| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | Exported | 1,570,272 | C→T | 5.8% | S204S (AGC→AGT) | nupC → | nucleoside (except guanosine) transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | Exported | 1,570,272 | 0 | C | T | 5.8% | 513.6 / 13.6 | 156 | S204S (AGC→AGT) | nupC | nucleoside (except guanosine) transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (83/63); new base T (7/2); total (91/65) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.05e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.27e-01 | |||||||||||
Only 100 of 160 total aligned reads displayed.
TCGTTGGTGCATACATGACCATGCTGGAACCGAAATACGTCGTTGCTGCGCTGGTACTGAACATGTTCAGCACCTTTATCGTGCTGTCGCTGATCAATCCTTACCGTGTTGATGCCAGTGAAGAAAACATCCAGATGTCCA > Exported/1570202‑1570342 | tGGTGCATACATGACCATGCTGGAACCGAAATACGTCGTTGCTGCGCTGGTACTGAACATGTTCAGCACCt > 1:595352/1‑71 (MQ=255) tGGTGCATACATGACCATGCTGGAACCGAAATACGTCGTTGCTGCGCTGGTACTGAACATGTTCAGAACCt > 1:349978/1‑71 (MQ=255) gTGCATACATGACCATGCTGGAACCGAAATACGTCGTTGCTGCGCTGGTACTGAACATGTTCAGCACCttt < 1:978735/71‑1 (MQ=255) gTGCATACATGACCATGCTGGAACCGAAATACGTCGTTGCTGCGCTGGTACTGAACATGTTCAGCACCttt < 1:1742542/71‑1 (MQ=255) gCATACATGACCATGCTGGAACCGAAATACGTCGTTGCTGCGCTGGTACTGAACATGTTCAGCACCTTTAt > 1:1462451/1‑71 (MQ=255) cATACATGACCATGCTGGAACCGAAATACGTCGTTGCTGCGCTGGTACTGAACATGTTCAGCa > 1:3364604/1‑63 (MQ=255) cATACATGACCATGCTGGAACCGAAATACGTCGTTGCTGCGCTGGTACTGAACATGTTCAGCACCTTTAt < 1:1966556/70‑1 (MQ=255) cATACATGACCATGCTGGAACCGAAATACGTCGTTGCTGCGCTGGTACTGAACATGTTCAGCACCTTTAt < 1:2152145/70‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |