| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | Exported | 1,585,154 | T→A | 10.0% | F212I (TTT→ATT) | cysZ → | predicted inner membrane protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | Exported | 1,585,154 | 0 | T | A | 10.0% | 280.1 / 19.8 | 100 | F212I (TTT→ATT) | cysZ | predicted inner membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (42/48); new base A (6/4); total (48/52) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.14e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.67e-01 | |||||||||||
Only 100 of 108 total aligned reads displayed.
CGATAACCACAAAGTGCCGTTTAAAGAGATGCGCACCGCCCTGCGCACACGCAAAATCACCAATATGCAGTTTGGTGCTTTAACCAGCCTGTTTACGATGATCCCGCTGCTTAATCTGTTCATCATGCCCGTTGCCGTTTG > Exported/1585084‑1585224 | cGATAACCACAAAGTGCCGTTTAAAGAGATGCGCACCGCCCTGCGCACACGCAAAATCACCAATATGCAGt > 1:2585901/1‑71 (MQ=255) aTAACCACAAAGTGCCGTTTAAAGAGATGCGCACCGCCCTGCGCACACGCAAAATCACCAATATGCAGttt > 1:922554/1‑71 (MQ=255) aTAACCACAAAGTGCCGTTTAAAGAGATGCGCACCGCCCTGCGCACACGCAAAATCACCAATATGCAGttt > 1:468052/1‑71 (MQ=255) tAACCACAAAGTGCCGTTTAAAGAGATGCGCACCGCCCTGCGCACACGCAAAATCACCAATATGCAGTTTg < 1:1361168/71‑1 (MQ=255) tAACCACAAAGTGCCGTTTAAAGAGATGCGCACCGCCCTGCGCACACGCAAAATCACCAATATGCAGTTTg < 1:1690965/71‑1 (MQ=255) aaCCACAAAGTGCCTTTTAAAGAGATGCGCACCGCCCTGCGCACACGCAAAATCACCAATATGCAGTTTgg > 1:3075738/1‑71 (MQ=255) aaCCACAAAGTGCCGTTTAAAGAGATGCGCACCGCCCTGCGCACACGCAAAATCACCAATATGCAGTTTgg > 1:3015250/1‑71 (MQ=255) aaCCACAAAGTGCCGTTTAAAGAGATGCGCACCGCCCTGCGCACACGCAAAATCACCAATATGCAGTTTgg > 1:2128323/1‑71 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |