| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | Exported | 1,598,761 | C→T | 5.1% | intergenic (‑94/‑70) | yfeT ← / → yfeU | predicted DNA‑binding transcriptional regulator/predicted PTS component |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | Exported | 1,598,761 | 0 | C | T | 5.1% | 326.0 / 4.9 | 98 | intergenic (‑94/‑70) | yfeT/yfeU | predicted DNA‑binding transcriptional regulator/predicted PTS component |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (36/57); new base T (3/2); total (39/59) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.84e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.96e-01 | |||||||||||
AAATTCCGCTTAAGTTCTTATGACGCTCTTCACACTCTGCGAGTGTAGACTCAATGATTCCTTTAAGCCTGTCAATTCGGGATATATGATTCCATACATCTGCAATTATTTGATCGTAAATAGTAAGGTCACCAC > Exported/1598694‑1598828 | aaaTTCCGCTTAAGTTCTTATGACGCTCTTCACACTCTGCGAGTGTAGACTCAATGATTCCTTTAAGCCt > 1:3512891/1‑70 (MQ=255)aaaTTCCGCTTAAGTTCTTATGACGCTCTTCACACTCTGCGAGTGTAGACTCAATGATTCCTTTAAGCCTg > 1:612133/1‑71 (MQ=255) gatcTTAAGTTCTTATGACGCTCTTCACACTCTGCGAGTGTAGACTCAATGATTCCTTTAAGCCTGTCaa < 1:2686479/67‑1 (MQ=255) ccGCTTAAGTTCTTATGACGCTCTTCACACTCTGCGAGTGTAGACTCAATGATTCCTTTAAGCCTGTCaa < 1:1105153/70‑1 (MQ=255) cGCTTAAGTTCTTATGACGCTCTTCACACTCTGCGAGTGTAGACTCAATGATTCCTTTAAGCCTGTCAAtt > 1:2029579/1‑71 (MQ=255) cGCTTAAGTTCTTATGACGCTCTTCACACTCTGCGAGTGTAGACTCAATGATTCCTTTAAGCCTGTCAAtt < 1:1956939/71‑1 (MQ=255) cGCTTAAGTTCTTATGACGCTCTTCACACTCTGCGAGTGTAGACTCAATGATTCCTTTAAGCCTGTCAAtt < 1:3432202/71‑1 (MQ=255) gCTTAAGTTCTTATGACGCTCTTCACACTCTGCGAGTGTAGACTCAATGATTCCTTTAAGCCTGTCAATTc < 1:1148494/71‑1 (MQ=255) cTTAAGTTCTTATGACGCTCTTCACACTCTGCGAGTGTAGACTCAATGATTCCTTTAAGCCTGTCAATTCg > 1:2215469/1‑71 (MQ=255) aaGTTCTTATGACGCTCTTCACACTCTGCGAGTGTAGACTCAATGATTCCTTTAAGCCTGTCAATTCGGGa > 1:1615151/1‑71 (MQ=255) gTTCTTATGACGCTCTTCACACTCTGCGAGTGTAGACTCAATGATTCCTTTAAGCCTGTCAATTCGGGata > 1:896130/1‑71 (MQ=255) ttCTTATGACGCTCTTCACACTCTGCGAGTGTAGACTCAATGATTCCTTTAAGCCTGTCAATTCGGGatat < 1:787092/71‑1 (MQ=255) tCTTATGCCGCTCTTCACACTCTGCGAGTGTAGACTCAATGATTCCTTTAAGCCTGTCAATTCGGGatata > 1:1430588/1‑71 (MQ=255) tCTTATGACGCTCTTCACACTCTGCGAGTGTAGACTCAATGATTCCTTTAAGCCTGTCAATTCGGGatata > 1:2279773/1‑71 (MQ=255) cTTATGACGCTCTTCACACTCTGCGAGTGTAGACTCAATGATTCCTTTAAGCCTGTCAATTCGGGatatat > 1:375766/1‑71 (MQ=255) aTGACGCTCTTCACACTCTGCGAGTGTAGACTCAATGATTCCTTTAAGCCTGTCAATTCGGGATATATGa < 1:560873/70‑1 (MQ=255) aTGACGCTCTTCACACTCTGCGAGTGTAGACTCAATGATTCCTTTAAGCCTGTCAATTCGGGATATATGa < 1:758408/70‑1 (MQ=255) aTGACGCTCTTCACACTCTGCGAGTGTAGACTCAATGATTCCTTTAAGCCTGTCAATTCGGGATATATGa < 1:3622274/70‑1 (MQ=255) aTGACGCTCTTCACACTCTGCGAGTGTAGACTCAATGATTCCTTTAAGCCTGTCAATTCGGGATATATGa < 1:2370814/70‑1 (MQ=255) tGACGCTCTTCACACTCTGCGAGTGTAGACTCAATGATTCCTTTAAGCCTGTCAATTCGGGATATATGAtt < 1:2287657/71‑1 (MQ=255) tGACGCTCTTCACACTCTGCGAGTGTAGACTCAATGATTCCTTTAAGCCTGTCAATTCGGGATATATGAtt > 1:2625373/1‑71 (MQ=255) gACGCTCTTCACACTCTGCGAGTGTAGACTCAATGATTCCTTTAAGCCTGTCAATTCGGGATATATGATTc > 1:3143570/1‑71 (MQ=255) cGCTCTTCACACTCTGCGAGTGTAGACTCAATGATTCCTTTAAGCCTGTCAATTCGGGATATATGATTCCa > 1:2866115/1‑71 (MQ=255) gCTCTTCACACTCTGCGAGTGTAGACTCAATGATTCCTTTAAGCCTGTCAATTCGGGATATATGATTcta > 1:2521307/1‑68 (MQ=255) gCTCTTCACACTCTGCGAGTGTAGACTCAATGATTCCTTTAAGCCTGTCAATTCGGGATATATGATTCCa < 1:491124/70‑1 (MQ=255) ctctTCACACTCTGCGAGTGTAGACTCAATGATTCCTTTAAGCCTGTCAATTCGGGATATATGATTCCATa > 1:3409677/1‑71 (MQ=255) tctTCACACTCTGCGAGTGTAGACTCAATGATTCCTTTAAGCCTGTCAATTCGGGATATATGAtt > 1:1523598/1‑65 (MQ=255) tctTCACACTCTGCGAGTGTAGACTCAATGATTCCTTTAAGCCTGTCAATTCGGGATATATGAtt > 1:3142581/1‑65 (MQ=255) tCACACTCTGCGAGTGTAGACTCAATGATTCCTTTAAGCCTGTCAATTCg < 1:3159207/50‑1 (MQ=255) cacaCTCTGCGAGTGTAGACTCAATGATTCCTTTAAGCCTGTCAATTCg < 1:2130880/49‑1 (MQ=255) cacaCTCTGCGAGTGTAGACTCAATGATTCCTTTAAGCCTGTCAATTCGGGATATATGATTCCATACAt < 1:1506257/69‑1 (MQ=255) cacaCTCTGCGAGTGTAGACTCAATGATTCCTTTAAGCCTGTCAATTCGGGATATATGATTCCATACATCt > 1:887805/1‑71 (MQ=255) acacTCTGCGAGTGTAGACTCAATGATTCCTTTAAGCCTGTCAATTCGGGatat < 1:3520504/54‑1 (MQ=255) acacTCTGCGAGTGTAGACTCAATGATTCCTTTAAGCCTGTCAATTCGGGatat < 1:2215960/54‑1 (MQ=255) acacTCTGCGAGTGTAGACTCAATGATTCCTTTAAGCCTGTCAATTCGGGatat < 1:302387/54‑1 (MQ=255) acacTCTGCGAGTGTAGACTCAATGATTCCTTTAAGCCTGTCAATTCGGGATATATGATTCCATACATCt < 1:2758530/70‑1 (MQ=255) cacTCTGCGAGTGTAGACTCAATGATTCCTTTAAGCCTGTCAATTCGGGATATATGATTCCATACATCTGc < 1:543584/71‑1 (MQ=255) cacTCTGCGAGTGTAGACTCAATGATTCCTTTAAGCCTGTCAATTCGGGATATATGATTCCATACATCTGc < 1:2509188/71‑1 (MQ=255) tctGCGAGTGTAGACTCAATGATTCCTTTAAGCCTGTCAATTCGGGATATATGATTCCAt < 1:2917848/60‑1 (MQ=255) tctGCGAGTGTAGACTCAATGATTCCTTTAAGCCTGTCAATTCGGGATATATGATTCCAt < 1:2360785/60‑1 (MQ=255) ctGCGAGTGTAGACTCAATGATTCCTTTAAGCCTGTCAATTCGGGa < 1:3210818/46‑1 (MQ=255) ctGCGAGTGTAGACTCAATGATTCCTTTAAGCCTGTCAATTCGGGa < 1:631303/46‑1 (MQ=255) ctGCGAGTGTAGACTCAATGATTCCTTTAAGCCTGTCAATTCGGGa < 1:1804258/46‑1 (MQ=255) tGCGAGTGTAGACTCAATGATTCCTTTAAGCCTGTCAATTCGGGATATATGATTCCATACATc < 1:40390/63‑1 (MQ=255) tGCGAGTGTAGACTCAATGATTCCTTTAAGCCTGTCAATTCGGGATATATGATTCCATACATCTGCAatta > 1:257169/1‑71 (MQ=255) gCGAGTGTAGACTCAATGATTCCTTTAAGTCTGTCAATTCGGGATATATGATTCCATACATCTGCaa < 1:1906733/67‑1 (MQ=255) gCGAGTGTAGACTCAATGATTCCTTTAAGCCTGTCAATTCGGGata > 1:2130230/1‑46 (MQ=255) gCGAGTGTAGACTCAATGATTCCTTTAAGCCTGTCAATTCGGGata > 1:978055/1‑46 (MQ=255) cGAGTGTAGACTCAATGATTCCTTTAAGCCTGTCAATTCGGGATATATGATTCCATACATCTGCAattat < 1:3255704/70‑1 (MQ=255) cGAGTGTAGACTCAATGATTCCTTTAAGCCTGTCAATTCGGGATATATGATTCCATACATCTGCAatta < 1:528194/69‑1 (MQ=255) cGAGTGTAGACTCAATGATTCCTTTAAGCCTGTCAATTCGGGATATATGATTCCATACATCTGCAatt < 1:2005514/68‑1 (MQ=255) gAGTGTAGACTCAATGATTGCTTTAAGCCTGTCAATTCg > 1:2001343/1‑39 (MQ=255) gAGTGTAGACTCAATGATTCCTTTAAGCCTGTCAATTCGGGATATATGATTCCATACAt > 1:1143017/1‑59 (MQ=255) gAGTGTAGACTCAATGATTCCTTTAAGCCTGTCAATTCGGGATATATGATTCCATACATCTGCAATTAttt < 1:1847610/71‑1 (MQ=255) gAGTGTAGACTCAATGATTCCTTTAAGCCTGTCAATTCGGGATATATGATTCCATACATCTGCAATTAttt < 1:1415018/71‑1 (MQ=255) aGTGTAGACTCAATGATTCCTTTAAGCCTGTCAATTCGGGATATATGATTCCATACATCTGCAATTATTTg < 1:575636/71‑1 (MQ=255) aGTGTAGACTCAATGATTCCTTTAAGCCTGTCAATTCGGGATATATGATTCCATACATCTGCAATTATTTg < 1:2194651/71‑1 (MQ=255) gtgtAGACTCAATGATTCCTTTAAGCCTGTCAATTCGGGATATATGATTCCATACATCTGc > 1:515174/1‑61 (MQ=255) gtgtAGACTCAATGATTCCTTTAAGCCTGTCAATTCGGGATATATGATTCCATACATCTGc > 1:1478238/1‑61 (MQ=255) tAGACTCAATGATTCCTTTAAGCCTGTCAATTCGGGATATATGATTCCATACATCTGCAATTATTTGATc < 1:568240/70‑1 (MQ=255) tAGACTCAATGATTCCTTTAAGCCTGTCAATTCGGGATATATGATTCCATACATCTGCAATTATTTGATc < 1:1017876/70‑1 (MQ=255) aCTCAATGATTCCTTTAAGCCTGTCAATTCGGGATATATGATTCCATACATCTGCAATTATTTGATCGt < 1:573982/69‑1 (MQ=255) aCTCAATGATTCCTTTAAGCCTGTCAATTCGGGATATATGATTCCATACATCTGCAATTATTTGATCGt < 1:2034397/69‑1 (MQ=255) tCAGTGATTCCTTTAAGCCTGTCAATTCGGGATATATGATTCCATACATCTGCAATTATTTGATCGTaaa > 1:3482083/1‑70 (MQ=255) tCAATGATTCCTTTAAGCCTGTCAATTCGGGATATATGATTCCa < 1:1992117/44‑1 (MQ=255) tCAATGATTCCTTTAAGCCTGTCAATTCGGGATATATGATTCCATACATCTGCAATTATTTg > 1:1134432/1‑62 (MQ=255) tCAATGATTCCTTTAAGCCTGTCAATTCGGGATATATGATTCCATACATCTGCAATTATTTGATCGTaa > 1:2669654/1‑69 (MQ=255) cAATGATTCCTTTAAGCCTGTCAATTCGGGATATATGATTCCa < 1:3110189/43‑1 (MQ=255) aaTGATTCCTTTAAGCCTGTCAATTCGGGATATATGATTCCATACATCTGCAATTATTTGATCg > 1:3271001/1‑64 (MQ=255) aaTGATTCCTTTAAGCCTGTCAATTCGGGATATATGATTCCATACATCTGCAATTATTTGATCGTAAAt < 1:2770993/69‑1 (MQ=255) aTGATTCCTTTAAGCCTGTCAATTCGGGATATATGATTCCATAc > 1:2405245/1‑44 (MQ=255) aTGATTCCTTTAAGCCTGTCAATTCGGGATATATGATTCCATAc > 1:1000543/1‑44 (MQ=255) aTGATTCCTTTAAGCCTGTCAATTCGGGATATATGATTCCATACATCTGCAATTATTTGATCGTAAATAGt < 1:1073721/71‑1 (MQ=255) tGATTCCTTTAAGCCTGTCAATTCGGGATATATGATTCCATACATc < 1:3570575/46‑1 (MQ=255) tGATTCCTTTAAGCCTGTCAATTCGGGATATATGATTCCATACATc < 1:1478489/46‑1 (MQ=255) tGATTCCTTTAAGCCTGTCAATTCGGGATATATGATTCCATACATc < 1:1679708/46‑1 (MQ=255) gATTCCTTTAAGCCTGTCAATTCGGGATATATGATTCCATACATCTGCAATTATTTGATCGTAAATAGt > 1:2449622/1‑69 (MQ=255) gATTCCTTTAAGCCTGTCAATTCGGGATATATGATTCCATACATCTGCAATTATTTGATCGTAAATAGt > 1:697190/1‑69 (MQ=255) aTTCCTTTAAGCCTGTCAATTCGGGATATATGATTCCATACATCTGCAATTATTTGATCGTAAATAGTaa < 1:3623464/70‑1 (MQ=255) aTTCCTTTAAGCCTGTCAATTCGGGATATATGATTCCATACATCTGCAATTATTTGATCGTAAATAGTaa < 1:2944920/70‑1 (MQ=255) aTTCCTTTAAGCCTGTCAATTCGGGATATATGATTCCATACATCTGCAATTATTTGATCGTAAATAGTAAg < 1:8375/71‑1 (MQ=255) ccTTTAAGTCTGTCAATTCGGGATATATGATTCCATACATCTGCAattat < 1:2210723/50‑1 (MQ=255) ccTTTAAGCCTGTCAATTCGGGATATATGATTCCATACATCTGCAATTATTTGATCGTAAATAGTAAGGt < 1:3412852/70‑1 (MQ=255) ccTTTAAGCCTGTCAATTCGGGATATATGATTCCATACATCTGCAATTATTTGATCGTAAATAGTAAGGt > 1:3282735/1‑70 (MQ=255) cTTTAAGCCTGTCAATTCGGGATATATGATTCCATACATCTGCAATTATTTGATCGTAAATAGTAAGGTc < 1:2748478/70‑1 (MQ=255) cTTTAAGCCTGTCAATTCGGGATATATGATTCCATACATCTGCAATTATTTGATCGTAAATAGTAAGGTc < 1:77937/70‑1 (MQ=255) cTTTAAGCCTGTCAATTCGGGATATATGATTCCATACATCTGCAATTATTTGATCGTAAATAGTAAGGTc < 1:444511/70‑1 (MQ=255) cTTTAAGCCTGTCAATTCGGGATATATGATTCCATACATCTGCAATTATTTGATCGTAAATAGTAAGGTc < 1:401299/70‑1 (MQ=255) tttAAGTCTGTCAATTCGGGATATATGATTCCATACATCTGCAATTAttt > 1:1508292/1‑50 (MQ=255) tttAAGTCTGTCAATTCGGGATATATGATTCCATACATCTGCAATTAttt > 1:2749399/1‑50 (MQ=255) tttAAGTCTGTCAATTCGGGATATATGATTCCATACATCTGCAATTAttt > 1:997827/1‑50 (MQ=255) ttAAGCCTGTCAATTCGGGATATATGATTCCATACATCTGCAATTATTTGATCGTAAATAGTAAGGTca > 1:136097/1‑69 (MQ=255) tAAGCCTGTCAATTCGGGATATATGATTCCATACATCTGCAATTATTTGATCGTAAATAGTa < 1:350030/62‑1 (MQ=255) tAAGCCTGTCAATTCGGGATATATGATTCCATACATCTGCAATTATTTGATCGTAAATAGTAAGGTcacca > 1:1534541/1‑71 (MQ=255) tAAGCCTGTCAATTCGGGATATATGATTCCATACATCTGCAATTATTTGATCGTAAATAGTAAGGTcacca > 1:1458903/1‑71 (MQ=255) tAAGCCTGTCAATTCGGGATATATGATTCCATACATCTGCAATTATTTGATCGTAAATAGTAAGGTcacc < 1:2892696/70‑1 (MQ=255) tAAGCCTGTCAATTCGGGATATATGATTCCATACATCTGCAATTATTTGATCGTAAATAGTAAGGTcacc < 1:3734884/70‑1 (MQ=255) aGCCTGTCAATTCGGGATATATGATTCCATACATCTGCAATTATTTGATCGTAAATAGTAAGGTcaccac < 1:1363210/70‑1 (MQ=255) | AAATTCCGCTTAAGTTCTTATGACGCTCTTCACACTCTGCGAGTGTAGACTCAATGATTCCTTTAAGCCTGTCAATTCGGGATATATGATTCCATACATCTGCAATTATTTGATCGTAAATAGTAAGGTCACCAC > Exported/1598694‑1598828 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |