| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | Exported | 1,635,547 | T→C | 6.8% | F562S (TTC→TCC) | acrD → | aminoglycoside/multidrug efflux system |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | Exported | 1,635,547 | 0 | T | C | 6.8% | 208.1 / 5.9 | 73 | F562S (TTC→TCC) | acrD | aminoglycoside/multidrug efflux system |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (28/40); new base C (2/3); total (30/43) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.30e-01 | |||||||||||
CGCTGGATTGTGATTTATGTCCTGCTGCTTGGCGGCATGGTGTTCCTGTTCCTGCGTTTGCCGACGTCGTTCTTACCGCTGGAAGACCGTGGCATGTTTACTACCTCGGTACAGTTGCCCAGCGGTTCAACGCAACAACA > Exported/1635477‑1635616 | cgcTGGATTGTGATTTATGTCCTGATGCTTGGCGGCATGGTGTTCCTGTTCCTGCGTTTGCCGACGTCGtt > 1:3239769/1‑71 (MQ=255) cTGGATTGTGATTTATGTCCTGCTGCTTGGCGGCATGGTGTTCCTGTTCCTGCGTTTGCCGACGTCGTTCt < 1:2101764/71‑1 (MQ=255) cTGGATTGTGATTTATGTCCTGCTGCTTGGCGGCATGGTGTTCCTGTTCCTGCGTTTGCCGACGTCGTTCt < 1:2322136/71‑1 (MQ=255) ggATTGTGATTTATGTCCTGCTGCTTGGCGGCATGGTGTTCCTGTTCCTGCGTTTGCCGACGTCGTTCTTa > 1:2514400/1‑71 (MQ=255) gATTGTGATTTATGTCCTGCTGCTTGGCGGCATGGTGTTCCTGTTCCTGCGTTTGCCGACGTCGTTCtt < 1:2842051/69‑1 (MQ=255) gATTGTGATTTATGTCCTGCTGCTTGGCGGCATGGTGTTCCTGTTCCTGCGTTTGCCGACGTCGTTCTTAc > 1:2212615/1‑71 (MQ=255) ttGTGATTTATGTCCTGCTGCTTGGCGGCATGGTGTTCCTGTTCCTGCGTTTGCCGACGTCGTTCTTACCg > 1:389044/1‑71 (MQ=255) tgtgATTTATGTCCTGCTGCTTGGCGGCATGGTGTTCCTGTTCCTGCGTTTGCCGACGTCGTTCTTACCGc > 1:794624/1‑71 (MQ=255) tgATTTATGTCCTGCTGCTTGGCGGCATGGTGTTCCTGTTCCTGCGTTTGCCGACGTCGTTCTTACCGCt < 1:3618919/70‑1 (MQ=255) tgATTTATGTCCTGCTGCTTGGCGGCATGGTGTTCCTGTTCCTGCGTTTGCCGACGTCGTTCTTACCGCt < 1:1256389/70‑1 (MQ=255) aTTTATGTCCTGCTGCTTGGCGGCATGGTGTTCCTGTTCCTGCGTTTGCCGACGTCGTTCTTACCGCTgg > 1:2101191/1‑70 (MQ=255) aTTTATGTCCTGCTGCTTGGCGGCATGGTGTTCCTGTTCCTGCGTTTGCCGACGTCGTTCTTACCGCTgg < 1:2305190/70‑1 (MQ=255) aTTTATGTCCTGCTGCTTGGCGGCATGGTGTTCCTGTTCCTGCGTTTGCCGACGTCGTCCTTACCGCTgg < 1:495607/70‑1 (MQ=255) aTTTATGTCCTGCTGCTTGGCGGCATGGTGTTCCTGTTCCTGCGTTTGCCGACGTCGTCCTTACCGCTgg > 1:145581/1‑70 (MQ=255) ttATGTCCTGCTGCTTGGCGGCATGGTGTTCCTGTTCCTGCGTTTGCCGACGTCGTTCTTACCGCTgg > 1:1060525/1‑68 (MQ=255) tATGTCCTGCTGCTTGGCGGCATGGTGTTCCTGTTCCTGCGTTTGCCGACGTCGTTCTTACCGCTGGAAg < 1:2088845/70‑1 (MQ=255) tATGTCCTGCTGCTTGGCGGCATGGTGTTCCTGTTCCTGCGTTTGCCGACGTCGTTCTTACCGCTGGAAg < 1:3045598/70‑1 (MQ=255) tGTCCTGCTGCTTGGCGGCATGGTGTTCCTGTTCCTGCGTTTGCCGACGTCGTTCTTACCGCTGGAAGAcc < 1:2304648/71‑1 (MQ=255) ccTGCTGCTTGGCGGCATGGTTTTCCTGTTCCTGCGTTTGCCGACGTCGTTca < 1:2815572/53‑2 (MQ=255) ccTGCTGCTTGGCGGCATGGTGTTCCTGTTCCTGCGTTTGCCGACGTCGTTCTTACCGCTGGAAGACCGTg > 1:921298/1‑71 (MQ=255) ctgctgCTTGGCGGCATGGTGTTCCTGTTCCTGCGTTTGCCGACGTCGTTCt < 1:3203881/52‑1 (MQ=255) ctgctgCTTGGCGGCATGGTGTTCCTGTTCCTGCGTTTGCCGACGTCGTTCt < 1:1237009/52‑1 (MQ=255) ctgctgCTTGGCGGCATGGTGTTCCTGTTCCTGCGTTTGCCGACGTCGTTCTTACCGCTGGAAGACCGTg < 1:1424105/70‑1 (MQ=255) gctgctTGGCGGCATGGTGTTCCTGTTCCTGCGTTTGCCGACGTCGTTCTTACCGCTGGAAGACCGTGGCa > 1:897199/1‑71 (MQ=255) gctgctTGGCGGCATGGTGTTCCTGTTCCTGCGTTTGCCGACGTCGTTCTTACCGCTGGAAGACCGTGGCa > 1:486347/1‑71 (MQ=255) gctgctTGGCGGCATGGTGTTCCTGTTCCTGCGTTTGCCGACGTCGTTCTTACCGCTGGAAGACCGTGGCa > 1:1481770/1‑71 (MQ=255) ctgctTGGCGGCATGGTGTTCCTGTTCCTGCGTTTGCCGACGTCGTTCTTACCGCTGGAAGACCGTGGCa > 1:71200/1‑70 (MQ=255) ctTGGCGGCATGGTGTTCCTGTTCCTGCGTTTGCCGACGTCGTTCTTACCGCTGGAAGACCGTGGCATGt > 1:1001307/1‑70 (MQ=255) ctTGGCGGCATGGTGTTCCTGTTCCTGCGTTTGCCGACGTCGTTCTTACCGCTGGAAGACCGTGGCATGt < 1:2271869/70‑1 (MQ=255) tGGCGGCATGGTGTTCCTGTTCCTGCGTTTGCCGACGTCGTTCTTACCGCTGGAAGACCGTGGCATGt > 1:758452/1‑68 (MQ=255) tGGCGGCATGGTGTTCCTGTTCCTGCGTTTGCCGACGTCGTTCTTACCGCTGGAAGACCGTGGCATGt > 1:3234597/1‑68 (MQ=255) tGGCGGCATGGTGTTCCTGTTCCTGCGTTTGCCGACGTCGTTCTTACCGCTGGAAGACCGTGGCATGt > 1:223865/1‑68 (MQ=255) tGGCGGCATGGTGTTCCTGTTCCTGCGTTTGCCGACGTCGTTCTTACCGCTGGAAGACCGTGGCATGt > 1:1427913/1‑68 (MQ=255) tGGCGGCATGGTGTTCCTGTTCCTGCGTTTGCCGACGTCGTTCTTACCGCTGGAAGACCGTGGCATGTTta > 1:2461331/1‑71 (MQ=255) ggcggcATGGTGTTCCTGTTCCTGCGTTTGCCGACGTCGTCCTTACCGCTGGAAGACCGTTGCATGTTta < 1:1775719/70‑1 (MQ=255) gcATGGTGTTCCTGTTCCTGCGTTTGCCGACGTCGTTCTTACCGCTGGaa > 1:1104380/1‑50 (MQ=255) tGGTGTTCCTGTTCCTGCGTTTGCCGACGTCGTTCTTACCGCTGGAAGACCGTGGCATGTTTACTACCTCg > 1:1513063/1‑71 (MQ=255) ggTGTTCCTGTTCCTGCGTTTGCCGACGTCGTTCTTACCGCTGGAAGACCGTGGCa < 1:2722807/56‑1 (MQ=255) ggTGTTCCTGTTCCTGCGTTTGCCGACGTCGTTCTTACCGCTGGAAGACCGTGGAATg < 1:1341595/58‑1 (MQ=255) 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< 1:1581787/69‑1 (MQ=255) cGTTTGCCGACGTCGTTCTTACCGCTGGAAGACCGTGGCATGTTTACTACCTCGGTACAGTTGCCCAGCgg < 1:2373970/71‑1 (MQ=255) cGTTTGCCGACGTCGTTCTTACCGCTGGAAGACCGTGGCATGTTTACTACCTCGGTACAGTTGCCCAGCg < 1:1787880/70‑1 (MQ=255) tttGCCGACGTCGTTCTTACCGCTGGAAGACCGTGGCATGTTTACTACCTCGGTACAGTTGCCCAGCGGtt < 1:2431557/71‑1 (MQ=255) tGCCGACGTCGTTCTTACCGCTGGAAGACCGTGGCATGTTTACTACCTCGGTACAGTTGCCCAGCGGTTc > 1:3698473/1‑70 (MQ=255) gCCGACGTCGTTCTTACCGCTGGAAGACCGTGGCATGTTTACTACCTCGGTACAGTTGCCCAGCGGTTCa < 1:1816286/70‑1 (MQ=255) gCCGACGTCGTTCTTACCGCTGGAAGACCGTGGCATGTTTACTACCTCGGTACAGTTGCCCAGCGGTTCa < 1:2751570/70‑1 (MQ=255) gCCGACGTCGTTCTTACCGCTGGAAGACCGTGGCATGTTTACTACCTCGGTACAGTTGCCCAGCGGTTCa < 1:1307859/70‑1 (MQ=255) gCCGACGTCGTTCTTACCGCTGGAAGACCGTGGCATGTTTACTACCTCGGTACAGTTGCCCAGCGGTTCa < 1:3341099/70‑1 (MQ=255) gCCGACGTCGTTCTTACCGCTGGAAGACCGTGGCATGTTTACTACCTCGGTACAGTTGCCCAGCGGTTCa < 1:1757428/70‑1 (MQ=255) gCCGACGTCGATCTTACCGCTGGAAGACCGTGGCATGTTTACTACCTCGGTACAGTTGCCCAGCGGTTCa < 1:2621894/70‑1 (MQ=255) ccGACGTCGTTCTTACCGCTGGAAGACCGTGGCATGTTTACTACCTCGGTACAGTTGCCCAGCGGTTCAAc < 1:1977627/71‑1 (MQ=255) gACGTCGTCCTTACCGCTGGAAGACCGTGGCATGTTTACTACCTCGGTACAGTTGCCCAGCGGTTCAACGc < 1:2238379/71‑1 (MQ=255) aCGTCGTTCTTACCGCTGGAAGACCGTGGCATGTTTACTACCTCGGTACAg < 1:2545690/51‑1 (MQ=255) aCGTCGTTCTTACCGCTGGAAGACCGTGGCATGTTTACTACCTCGGTACAGTTGCCCAGCGGTTCAACg > 1:163082/1‑69 (MQ=255) aCGTCGTTCTTACCGCTGGAAGACCGTGGCATGTTTACTACCTCGGTACAGTTGCCCAGCGGTTCAACGca < 1:1384491/71‑1 (MQ=255) aCGTCGTTCTTACCGCTGGAAGACCGTGGCATGTTTACTACCTCGGTACAGTTGCCCAGCGGTTCAACGca < 1:2442908/71‑1 (MQ=255) aCGTCGTTCTTACCGCTGGAAGACCGTGGCATGTTTACTACCTCGGTACAGTTGCCCAGCGGTTCAACGca < 1:2684413/71‑1 (MQ=255) aCGTCGTTCTTACCGCTGGAAGACCGTGGCATGTTTACTACCTCGGTACAGTTGCCCAGCGGTTCAACGca < 1:1333458/71‑1 (MQ=255) aCGTCGTTCTTACCGCTGGAAGACCGTGGCATGTTTACTACCTCGGTACAGTTGCCCAGCGGTTCAACGc > 1:860816/1‑70 (MQ=255) aCGTCGTTCTTACCGCTGGAAGACCGTGGCATGTTTACTACCTCGGTACAGTTGCCCAGCGGTTCAACGc > 1:1150027/1‑70 (MQ=255) aCGTCGTTCTTACCGCTGGAAGACCGTGGCATGTTTACTACCTCGGTACAGTTGCCCAGCGGTTCAACGc > 1:2765316/1‑70 (MQ=255) gtcgtTCTTACCGCTGGAAGACCGTGGCATGTTTACTACCTCGGTACAGTTg > 1:277997/1‑52 (MQ=255) gtcgtTCTTACCGCTGGAAGACCGTGGCATGTTTACTACCTCGGTACAGTTGCCCAGCGGTTc > 1:3199329/1‑63 (MQ=255) gtcgtTCTTACCGCTGGAAGACCGTGGCATGTTTACTACCTCGGTACAGTTGCCCAGCGGTTCAACGcaac < 1:3313826/71‑1 (MQ=255) ttCTTACCGCTGGAAGACCGTGGCATGTTTACTACCTCGGTACAGTTGCCCAGCGGTTCAACGCAacaaca < 1:726621/71‑1 (MQ=255) tCTTACCGCTGGAAGACCGTGGCATGTTTACTACCTCGGTACAGTTGCCCAGCGGTTCAACg > 1:2286377/1‑62 (MQ=255) tCTTACCGCTGGAAGACCGTGGCATGTTTACTACCTCGGTACAGTTGCCCAGCGGTTCAACTCAacaaca > 1:3382900/1‑70 (MQ=255) tCTTACCGCTGGAAGACCGTGGCATGTTTACTACCTCGGTACAGTTGCCCAGCGGTTCAACGcaacaa > 1:3692980/1‑68 (MQ=255) tCTTACCGCTGGAAGACCGTGGCATGTTTACTACCTCGGTACAGTTGCCCAGCGGTTCAACGcaacaa > 1:3688790/1‑68 (MQ=255) | CGCTGGATTGTGATTTATGTCCTGCTGCTTGGCGGCATGGTGTTCCTGTTCCTGCGTTTGCCGACGTCGTTCTTACCGCTGGAAGACCGTGGCATGTTTACTACCTCGGTACAGTTGCCCAGCGGTTCAACGCAACAACA > Exported/1635477‑1635616 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |