| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | Exported | 218,106 | G→T | 16.7% | E31D (GAG→GAT) | yafF → | conserved hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | Exported | 218,106 | 0 | G | T | 16.7% | 241.2 / 23.1 | 83 | E31D (GAG→GAT) | yafF | conserved hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (42/27); new base T (8/6); total (50/33) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TAAGAAGAGGAAACGCAGCAGAATTATTTTCAGGGATACGGCACATTGCTATTAATATTTTGACGAATGAGAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTAAGATGCGAAAAGCAGCCATGGACAGAAACTACCTGGCGTCA > Exported/218036‑218175 | tAAGAAGAGGAAACGCAGCAGAATTATTTTCAGGGATACGGCACATTGCTATTAATATTTTGACGAATgag < 1:3443837/71‑1 (MQ=255) aagaGGAAACGCAGCAGAATTATTTTCAGGGATACGGCACATTGCTATTAATATTTTGACGAATGAGAAgg < 1:277144/71‑1 (MQ=255) agagGAAACGCAGCAGAATTATTTTCAGGGATACGTCACATTGCTATTAATATTTTGACGAATGAGAAgg < 1:3413778/70‑1 (MQ=255) ggAAACGCAGCAGAATTATTTTCAGGGATACGGCACATTGCTATTAATATTTTGACGAATGAGAAGGTAtt > 1:2187636/1‑71 (MQ=255) ggAAACGCAGCAGAATTATTTTCAGGGATACGGCACATTGCTATTAATATTTTGACGAATGAGAAGGTAt > 1:2769298/1‑70 (MQ=255) gAAACGCAGCAGAATTATTTTCAGGGATACGGCACATTGCTATTAATATTTTGACGAATGAGAAGGTAtt > 1:1591808/1‑70 (MQ=255) aaaCGCAGCAGAATTATTTTCAGGGATACGGCACATTGCTATTAATATTTTGACGAATGAGAAGGTAt < 1:688660/68‑1 (MQ=255) aaaCGCAGCAGAATTATTTTCAGGGATACGGCACATTGCTATTAATATTTTGACGAATGAGAAGGTATTCa < 1:803445/71‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |