| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | Exported | 1,992,526 | C→G | 6.0% | intergenic (+20/‑182) | mltC → / → nupG | membrane‑bound lytic murein transglycosylase C/nucleoside transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | Exported | 1,992,526 | 0 | C | G | 6.0% | 215.8 / 3.1 | 67 | intergenic (+20/‑182) | mltC/nupG | membrane‑bound lytic murein transglycosylase C/nucleoside transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (36/27); new base G (2/2); total (38/29) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.34e-01 | |||||||||||
CGTTATCTTTATAAAGTGAATACCGCGCAAAAATCCTACCGCCGCCGATAATTCCATTAACCGCCCCTGACGATGCTCAGGGGCAAAAATGTTATCCACATCACAATTTCGTTTTGCAAATTGGGAATGTTTGCAATTATT > Exported/1992456‑1992596 | cGTTATCTTTATAAAGTGAATACCGCGCAAAAATCCTACCGCCGCCGATAATTCCATTAACCGCCCCTGAc > 1:3264310/1‑71 (MQ=255) tATCTTTATAAAGTGAATACCGCGCAAAAATCCTACCGCCGCCGATAATTCCATTAACCGCCCCTGACGAt > 1:755987/1‑71 (MQ=255) aTCTTTATAAAGTGAATACCGCGCAAAAATCCTACCGCCGCCGATAATTCCATTAACCGCCCCTGACGAt > 1:3669164/1‑70 (MQ=255) ataAAGTGAATACCGCGCAAAAATCCTACCGCCGCCGATAATTCCATTAACCGCCCCTGACGATGCTCAgg > 1:2608671/1‑71 (MQ=255) ataAAGTGAATACCGCGCAAAAATCCTACCGCCGCCGATAATTCCATTAACCGCCCCTGACGATGCTCAg < 1:1650549/70‑1 (MQ=255) taAAGTGAATACCGCGCAAAAATCCTACCGCCGCCGATAATTCCATTAACCGCCCCTGACGAAGCTCAggg > 1:79410/1‑71 (MQ=255) aaaGTGAATACCGCGCAAAAATCCTACCGCCGCCGATAATTCCATTAACCGCCCCTGACGATGCTCAgg < 1:198211/69‑1 (MQ=255) gTGAATACCGCGCAAAAATCCTACCGCCGCCGATAATTCCATTAACCGCCCCTGACGATGCTCAGGGGCa > 1:716220/1‑70 (MQ=255) gTGAATACCGCGCAAAAATCCTACCGCCGCCGATAATTCCATTAACAGCCCCTGACGATGCTCAGGGGCa > 1:2689630/1‑70 (MQ=255) ccGCGCAAAAATCCTACCGCCGCCGATAATTCCATTAACCGCCCCTGACGATGCTCAGGGGCAAAAATGtt < 1:3550370/71‑1 (MQ=255) ccGCGCAAAAATCCTACCGCCGCCGATAATTCCATTAACCGCCCCTGACGATGCTCAGGGGCAAAAATGtt < 1:3537334/71‑1 (MQ=255) ccGCGCAAAAATCCTACCGCCGCCGATAATTCCATTAACCGCCCCTGACGATGCTCAGGGGCAAAAATGt > 1:1514628/1‑70 (MQ=255) gcgcAAAAATCCTACCGCCGCCGATAATTCCATTAACCGCCCCTGACGATGCTCAGGGGCAAAAATg > 1:2954338/1‑67 (MQ=255) cAAAAATCCTACCGCCGCCGATAATTCCATTAACCGCCCCTGACGATGCTCAgg < 1:2069320/54‑1 (MQ=255) cAAAAATCCTACCGCCGCCGATAATTCCATTAACCGCCCCTGACGATGCTCAGGGGCAAAAATGTTATcc > 1:166698/1‑70 (MQ=255) cAAAAATCCTACCGCCGCCGATAATTCCATTAACCGCCCCTGACGATGCTCAGGGGCAAAAATGTTATCca > 1:3684206/1‑71 (MQ=255) aaaaaTCCTACCGCCGCCGATAATTCCATTAACCGCCCCTGACGATGCTc < 1:3212168/50‑1 (MQ=255) aaaaaTCCTACCGCCGCCGATAATTCCATTAACCGCCCCTGACGATGCTCAGGGGCAAAAATGTTATCcac < 1:3499800/71‑1 (MQ=255) aaaaaTCCTACCGCCGCCGATAATTCCATTAACCGCCCCTGACGATGCTCAGGGGCAAAAATGTTATCcac < 1:379384/71‑1 (MQ=255) aaaaTCCTACCGCCGCCGATAATTCCATTAACCGCCCCTGACGATGCTCAGGGGCAAAAATGTTATCcaca > 1:3397046/1‑71 (MQ=255) aaaaTCCTACCGCCGCCGATAATTCCATTAACCGCCCCTGACGATGCTCAGGGGCAAAAATGTTATCcaca > 1:3669773/1‑71 (MQ=255) aaaTCCTACCGCCGCCGATAATTCCATTAACCGCCCCTGAGCATCGTCAGGGGc > 1:1105546/1‑54 (MQ=25) aaaTCCTACCGCCGCCGATAATTCCATTAACCGCCCCTGACGATGCTCAGGGGCAAAAATGTTAt > 1:2908087/1‑65 (MQ=255) aaaTCCTACCGCCGCCGATAATTCCATTAACCGCCCCTGACGATGCTCAGGGGCAAAAATGTTATCCACAt > 1:1524789/1‑71 (MQ=255) aaTCCTACCGCCGCCGATAATTCCATTAACCGCCCCTGACGATGCt < 1:1977479/46‑1 (MQ=255) aTCCTACCGCCGCCGATAATTCCATTAACCGCCCCTGACGATGCTCAGGGGCAAAAATGTTAt < 1:3439759/63‑1 (MQ=255) aTCCTACCGCCGCCGATAATTCCATTAACCGCCCCTGACGATGCTCAGGGGCAAAAATGTTAt < 1:3101784/63‑1 (MQ=255) ccgccgccgATAATTCCATTAACCGCCCCTGACGATGCTCAGGGGCAAAAATGTTATCCACATCACAAtt < 1:2137735/70‑1 (MQ=255) gccgccgATAATTCCATTAACCGCCCCTGACGATGCTCAGGGGCAAAAATGTTATCCACATCACAATTTCg > 1:2041322/1‑71 (MQ=255) gccgccgATAATTCCATTAACCGCCCCTGACGATGCTCAGGGGCAAAAATGTTATCCACATCACAATTTCg > 1:1323271/1‑71 (MQ=255) gccgATAATTCCATTAACCGCCCCTGACGATGCTCAGGGGCAAAAATGt < 1:2815631/49‑1 (MQ=255) ccgATAATTCCATTAACCGCCCCTGACGATGCTCAGGGGCAAAAATGTTATCCACATCACAATTTCGtt > 1:932271/1‑69 (MQ=255) gATAATTCCATTAACCGCCCCTGACGATGCTCAGGGGCAAAAATGTTATCCACATCACAAt < 1:1193620/61‑1 (MQ=255) gATAATTCCATTAACCGCCCCTGACGATGCTCAGGGGCAAAAATGTTATCCACATCACAATTTCGTTTTg > 1:2180745/1‑70 (MQ=255) aaTTCCATTAACCGCCCCTGACGATGCTCAGGGGCAAAAATGTTATCCACATCACAATTTCGTTTTGCaaa > 1:180885/1‑71 (MQ=255) aTTCCATTAACCGCCCCTGACGATGCTCAGGGGCAAAAATGTTATCCACATCACAATTTCGTTTTGCAAAt < 1:3325121/71‑1 (MQ=255) ttCCATTAACCGCCCCTGACGATGCTCAGGGGCAAAAATGTTATCCACATCACAATTTCGTTTTGCAAAtt < 1:3603069/71‑1 (MQ=255) ccATTAACCGCCCCTGACGATGCTCAGGGGCAAAAATGTTATCCACATCACAATTTCGTTTTGCAAATTgg > 1:2878197/1‑71 (MQ=255) ccATTAACCGCCCCTGACGATGCTAAGGGGCAAAAATGTTATCCACATCACAATTTCGTTTTGCAAAtt > 1:2459583/1‑69 (MQ=255) cATTAACCGCCCCTGACGATGCTCAGGGGCAAAAATGTTATCCACATCACAATTTCGTTTTGCAAATTgg < 1:873450/70‑1 (MQ=255) aTTAACCGCCCCTGACGATGCTCAGGGGCAAAAATGTTATCCACATCACAATTTCGTTTTGCAAATTgg > 1:1323161/1‑69 (MQ=255) aaCCGCCCCTGACGATGCTCAGGGGCAAAAATGTTATCCACATCACAATTTCGTTTTGCAAATTg > 1:1850217/1‑65 (MQ=255) aCCGCCCCTGACGATGCTCAGGGGCAAAAATGTTATCCACATCACAATTTCGTTTTGCAAATTGGGAAt < 1:368783/69‑1 (MQ=255) aCCGCCCCTGACGATGCTCAGGGGCAAAAATGTTATCCACATCACAATTTCGTTTTGCAAATTGGGAATGt > 1:566427/1‑71 (MQ=255) ttgCCCCTGAGCATCGTCAGGGGCGAAAATGTTATCCACATCACAATTTCGTTTTGCAAATTGGGAATGt > 1:3432808/3‑70 (MQ=25) ccGCCCCTGACGATGCTCAGGGGCAAAAATGTTATCCACATCACAATTTCGtttt > 1:78106/1‑55 (MQ=255) ccGCCCCTGACGATGCTCAGGGGCAAAAATGTTATCCACATCACAATTTCGTTTTGCAAATTGGGAATGtt > 1:3405186/1‑71 (MQ=255) gCCCCTGACGATGCTCAGGGGCAAAAATGTTATCCACATCACAATTTCGTTTTGCAAATTGGGAATGTTTg > 1:1629810/1‑71 (MQ=255) ccccTGAGCATCGTCAGGGGCAAAAATGTTATCCACATCACAATTTCGTTTTGCa < 1:1998212/55‑1 (MQ=25) ccccTGAGCATCGTCAGGGGCAAAAATGTTATCCACATCACAATTTCGTTTTGCa < 1:1854758/55‑1 (MQ=25) ccccTGACGATGCTCAGGGGCAAAAATGTTATCCACATCACAATTTCGTTTTGCAAATTGGGAATGttt > 1:2100862/1‑69 (MQ=255) ccccTGACGATGCTCAGGGGCAAAAATGTTATCCACATCACAATTTCGTTTTGCAAATTGGGAATGttt > 1:496011/1‑69 (MQ=255) ccccTGACGATGCTCAGGGGCAAAAATGTTATCCACATCACAATTTCGTTTTGCAAATTGGGAATGTTTGc < 1:2233124/71‑1 (MQ=255) cccTGACGATGCTCAGGGGCAAAAATGTTATCCACATCACAATTTCGTTTTGCAAATTGGGAATGTTTGCa < 1:2762229/71‑1 (MQ=255) cTGACGATGCTCAGGGGCAAAAATGTTATCCACATcac < 1:2529867/38‑1 (MQ=255) tGACGATGCTCAGGGGCAAAAATGTTATCCACATCACaa > 1:2754217/1‑39 (MQ=255) tGACGATGCTCAGGGGCAAAAATGTTATCCACATCACAATTTCGTTTTGCAAATTGGGAATGTTTGCAat > 1:73716/1‑70 (MQ=255) gACGATGCTCAGGGGCAAAAATGTTATCCACATCACAATTTCGtt > 1:3429986/1‑45 (MQ=255) gACGATGCTCAGGGGCAAAAATGTTATCCACATCACAATTTCGtt > 1:2617612/1‑45 (MQ=255) gACGATGCTCAGGGGCAAAAATGTTATCCACATCACAATTTCGtt > 1:1785478/1‑45 (MQ=255) gACGATGCTCAGGGGCAAAAATGTTATCCACATCACAATTTCGtt > 1:1341687/1‑45 (MQ=255) gACGATGCTCAGGGGCAAAAATGTTATCCACATCACAATTTCGTTTTGCAAATTGGGAATGt < 1:3478453/62‑1 (MQ=255) gACGATGCTCAGGGGCAAAAATGTTATCCACATCACAATTTCGTTTTGCAAATTGGGAATGt < 1:2555651/62‑1 (MQ=255) gACGATGCTCAGGGGCAAAAATGTTATCCACATCACAATTTCGTTTTGCAAATTGGGAATGt < 1:2426085/62‑1 (MQ=255) gACGATGCTCAGGGGCAAAAATGTTATCCACATCACAATTTCGTTTTGCAAATTGGGAATGt < 1:745155/62‑1 (MQ=255) gACGATGCTCAGGGGCAAAAATGTTATCCACATCACAATTTCGTTTTGCAAATTGGGAATGt < 1:1852509/62‑1 (MQ=255) gACGATGCTCAGGGGCAAAAATGTTATCCACATCACAATTTCGTTTTGCAAATTGGGAATGt < 1:1186979/62‑1 (MQ=255) aCGATGCTCAGGGGCAAAAATGTTATCCACATCACAATTTCGTTTTGCAAATTGGGAATGTTTGCAattat > 1:1897723/1‑71 (MQ=255) cGATGCTCAGGGGCAAAAATGTTATCCACATCACAATTTCGTTTTGCAAATTGGGAATGTTTGCAattatt < 1:3601811/71‑1 (MQ=255) | CGTTATCTTTATAAAGTGAATACCGCGCAAAAATCCTACCGCCGCCGATAATTCCATTAACCGCCCCTGACGATGCTCAGGGGCAAAAATGTTATCCACATCACAATTTCGTTTTGCAAATTGGGAATGTTTGCAATTATT > Exported/1992456‑1992596 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |