| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | Exported | 1,992,527 | G→C | 5.9% | intergenic (+21/‑181) | mltC → / → nupG | membrane‑bound lytic murein transglycosylase C/nucleoside transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | Exported | 1,992,527 | 0 | G | C | 5.9% | 214.5 / 3.1 | 68 | intergenic (+21/‑181) | mltC/nupG | membrane‑bound lytic murein transglycosylase C/nucleoside transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (36/28); new base C (2/2); total (38/30) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.01e-01 | |||||||||||
TATCTTTATAAAGTGAATACCGCGCAAAAATCCTACCGCCGCCGATAATTCCATTAACCGCCCCTGACGATGCTCAGGGGCAAAAATGTTATCCACATCACAATTTCGTTTTGCAAATTGGGAATGTTTGCAATTATTT > Exported/1992459‑1992597 | tATCTTTATAAAGTGAATACCGCGCAAAAATCCTACCGCCGCCGATAATTCCATTAACCGCCCCTGACGAt > 1:755987/1‑71 (MQ=255) aTCTTTATAAAGTGAATACCGCGCAAAAATCCTACCGCCGCCGATAATTCCATTAACCGCCCCTGACGAt > 1:3669164/1‑70 (MQ=255) ataAAGTGAATACCGCGCAAAAATCCTACCGCCGCCGATAATTCCATTAACCGCCCCTGACGATGCTCAgg > 1:2608671/1‑71 (MQ=255) ataAAGTGAATACCGCGCAAAAATCCTACCGCCGCCGATAATTCCATTAACCGCCCCTGACGATGCTCAg < 1:1650549/70‑1 (MQ=255) taAAGTGAATACCGCGCAAAAATCCTACCGCCGCCGATAATTCCATTAACCGCCCCTGACGAAGCTCAggg > 1:79410/1‑71 (MQ=255) aaaGTGAATACCGCGCAAAAATCCTACCGCCGCCGATAATTCCATTAACCGCCCCTGACGATGCTCAgg < 1:198211/69‑1 (MQ=255) gTGAATACCGCGCAAAAATCCTACCGCCGCCGATAATTCCATTAACCGCCCCTGACGATGCTCAGGGGCa > 1:716220/1‑70 (MQ=255) gTGAATACCGCGCAAAAATCCTACCGCCGCCGATAATTCCATTAACAGCCCCTGACGATGCTCAGGGGCa > 1:2689630/1‑70 (MQ=255) 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(MQ=255) ccccTGACGATGCTCAGGGGCAAAAATGTTATCCACATCACAATTTCGTTTTGCAAATTGGGAATGttt > 1:496011/1‑69 (MQ=255) ccccTGACGATGCTCAGGGGCAAAAATGTTATCCACATCACAATTTCGTTTTGCAAATTGGGAATGTTTGc < 1:2233124/71‑1 (MQ=255) cccTGACGATGCTCAGGGGCAAAAATGTTATCCACATCACAATTTCGTTTTGCAAATTGGGAATGTTTGCa < 1:2762229/71‑1 (MQ=255) cTGACGATGCTCAGGGGCAAAAATGTTATCCACATcac < 1:2529867/38‑1 (MQ=255) tGACGATGCTCAGGGGCAAAAATGTTATCCACATCACaa > 1:2754217/1‑39 (MQ=255) tGACGATGCTCAGGGGCAAAAATGTTATCCACATCACAATTTCGTTTTGCAAATTGGGAATGTTTGCAat > 1:73716/1‑70 (MQ=255) gACGATGCTCAGGGGCAAAAATGTTATCCACATCACAATTTCGtt > 1:3429986/1‑45 (MQ=255) gACGATGCTCAGGGGCAAAAATGTTATCCACATCACAATTTCGtt > 1:2617612/1‑45 (MQ=255) gACGATGCTCAGGGGCAAAAATGTTATCCACATCACAATTTCGtt > 1:1785478/1‑45 (MQ=255) gACGATGCTCAGGGGCAAAAATGTTATCCACATCACAATTTCGtt > 1:1341687/1‑45 (MQ=255) gACGATGCTCAGGGGCAAAAATGTTATCCACATCACAATTTCGTTTTGCAAATTGGGAATGt < 1:3478453/62‑1 (MQ=255) gACGATGCTCAGGGGCAAAAATGTTATCCACATCACAATTTCGTTTTGCAAATTGGGAATGt < 1:2555651/62‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |