| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | Exported | 1,992,530 | G→C | 5.9% | intergenic (+24/‑178) | mltC → / → nupG | membrane‑bound lytic murein transglycosylase C/nucleoside transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | Exported | 1,992,530 | 0 | G | C | 5.9% | 217.3 / 3.1 | 68 | intergenic (+24/‑178) | mltC/nupG | membrane‑bound lytic murein transglycosylase C/nucleoside transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (36/28); new base C (2/2); total (38/30) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.62e-01 | |||||||||||
ATAAAGTGAATACCGCGCAAAAATCCTACCGCCGCCGATAATTCCATTAACCGCCCCTGACGATGCTCAGGGGCAAAAATGTTATCCACATCACAATTTCGTTTTGCAAATTGGGAATGTTTGCAATTATTTGC > Exported/1992466‑1992599 | ataAAGTGAATACCGCGCAAAAATCCTACCGCCGCCGATAATTCCATTAACCGCCCCTGACGATGCTCAgg > 1:2608671/1‑71 (MQ=255)ataAAGTGAATACCGCGCAAAAATCCTACCGCCGCCGATAATTCCATTAACCGCCCCTGACGATGCTCAg < 1:1650549/70‑1 (MQ=255) taAAGTGAATACCGCGCAAAAATCCTACCGCCGCCGATAATTCCATTAACCGCCCCTGACGAAGCTCAggg > 1:79410/1‑71 (MQ=255) aaaGTGAATACCGCGCAAAAATCCTACCGCCGCCGATAATTCCATTAACCGCCCCTGACGATGCTCAgg < 1:198211/69‑1 (MQ=255) gTGAATACCGCGCAAAAATCCTACCGCCGCCGATAATTCCATTAACCGCCCCTGACGATGCTCAGGGGCa > 1:716220/1‑70 (MQ=255) gTGAATACCGCGCAAAAATCCTACCGCCGCCGATAATTCCATTAACAGCCCCTGACGATGCTCAGGGGCa > 1:2689630/1‑70 (MQ=255) ccGCGCAAAAATCCTACCGCCGCCGATAATTCCATTAACCGCCCCTGACGATGCTCAGGGGCAAAAATGtt < 1:3550370/71‑1 (MQ=255) ccGCGCAAAAATCCTACCGCCGCCGATAATTCCATTAACCGCCCCTGACGATGCTCAGGGGCAAAAATGtt < 1:3537334/71‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |