| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | Exported | 2,197,407 | C→T | 8.4% | intergenic (+15/‑75) | degQ → / → degS | serine endoprotease, periplasmic/serine endoprotease, periplasmic |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | Exported | 2,197,407 | 0 | C | T | 8.4% | 330.8 / 14.7 | 107 | intergenic (+15/‑75) | degQ/degS | serine endoprotease, periplasmic/serine endoprotease, periplasmic |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (51/47); new base T (3/6); total (54/53) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.20e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 107 total aligned reads displayed.
CATCGCCCTGCAAATTGTACGCGGCAATGAAAGCATCTATCTGCTGATGCGTTAATGTCGTAAACCGGGCATCAGGCTTACGTGTGATGTCCGGTTAACTCGTGGTATGCTGCTGCCGTTCCCTTTTTTAATGACGC > Exported/2197338‑2197474 | catcGCCCTGCAAATTGTACGCGGCAATGAAAGCATCTATCTGCTGATGCGTTAATGTCGTAAACCGGGCa > 1:837116/1‑71 (MQ=255)catcGCCCTGCAAATTGTACGCGGCAATGAAAGCATCTATCTGCTGATGCGTTAATGTCGTAAACCGGGCa > 1:3633349/1‑71 (MQ=255) cGCCCTGCAAATTGTACGCGGCAATGAAAGCATCTATCTGCTGATGCGTTAATGTCGTAAACCGGGCAt > 1:336065/1‑69 (MQ=255) gCCCTGCAAATTGTACGCGGCAATGAAAGCATCTATCTGCTGATGCGTTAATGTCGTAAACCGGGCATCAg < 1:2620565/71‑1 (MQ=255) cTGCAAATTGTACGCGGCAATGAAAGCATCTATCTGCTGATGCGTTAATGTCGTAAACCGGGCATCAGGCt > 1:7704/1‑71 (MQ=255) cTGCAAATTGTACGCGGCAATGAAAGCATCTATCTGCTGATGCGTTAATGTCGTAAACCGGGCATCAGGCt > 1:289366/1‑71 (MQ=255) cTGCAAATTGTACGCGGCAATGAAAGCATCTATCTGCTGATGCGTTAATGTCGTAAACCGGGCATCAGGCt > 1:3173067/1‑71 (MQ=255) cTGCAAATTGTACGCGGCAATGAAAGCATCTATCTGCTGATGCGTTAATGTCGTAAACCGGGCATCAGGCt < 1:1621938/71‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |