| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | Exported | 2,199,727 | T→A | 6.4% | intergenic (‑177/‑258) | mdh ← / → argR | malate dehydrogenase, NAD(P)‑binding/DNA‑binding transcriptional dual regulator, L‑arginine‑binding |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | Exported | 2,199,727 | 0 | T | A | 6.4% | 276.3 / 8.5 | 94 | intergenic (‑177/‑258) | mdh/argR | malate dehydrogenase, NAD(P)‑binding/DNA‑binding transcriptional dual regulator, L‑arginine‑binding |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (42/46); new base A (3/3); total (45/49) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.64e-01 | |||||||||||
ACGCAAGTTTAGCGTTTATGCATTTAATTGCCGTAATCAGGAACCTAACTTACGTAATTAACAGTCGCTTATGCATTAGCGCAACATTCCAACAGGTGGTGACAATATACCCTACCGTTCAGCCAAAACAACATCAA > Exported/2199658‑2199794 | aCGCAAGTTTAGCGTTTATGCATTTAATTGCCGTAATCAGGAACCTAACTTACGTAATTAACAGTCGCtt < 1:3189081/70‑1 (MQ=255)aCGCAAGTTTAGCGTTTATGCATTTAATTGCCGTAATCAGGAACCTAACTTACGTAATTAACAGTCGCtt < 1:1847295/70‑1 (MQ=255)aCGCAAGTTTAGCGTTTATGCATTTAATTGCCGTAATCAGGAACCTAACTTACGTAATTAACAGTCGCTTa > 1:16092/1‑71 (MQ=255)aCGCAAGTTTAGCGTTTATGCATTTAATTGCCGTAATCAGGAACCTAACTTACGTAATTAACAGTCGCTTa > 1:1140448/1‑71 (MQ=255)aCGCAAGTTTAGCGTTTATGCATTTAATTGCCGTAATCAGGAACCTAACTTACGTAATTAACAGTCGCTTa > 1:3724949/1‑71 (MQ=255)aCGCAAGTTTAGCGTTTATGCATTTAATTGCCGTAATCAGGAACCTAACTTACGTAATTAACAGTCGCTTa > 1:1232234/1‑71 (MQ=255)aCGCAAGTTTAGCGTTTATGCATTTAATTGCCGTAATCAGGAACCTAACTTACGTAATTAACAGTCGCTTa > 1:3628116/1‑71 (MQ=255) cGCAAGTTTAGCGTTTATGCATTTAATTGCCGTAATCAGGAACCTAACTTACGTAATTAACAGTCGCTTAt < 1:191179/71‑1 (MQ=255) gCAAGTTTAGCGTTTATGCATTTAATTGCCGTAATCAGGAACCTAACTTACGTAATTAACAGTCGCTTATg > 1:1018789/1‑71 (MQ=255) gTTTAGCGTTTATGCATTTAATTGCCGTAATCAGGAACCTAACTTACGTAATTAACAGTCGCTTATGCAtt < 1:55180/71‑1 (MQ=255) tttAGCGTTTATGCATTTAATTGCCGTAATCAGGAACCTAACTTACGTAATTAACAGTCGCTTATGCATTa < 1:172553/71‑1 (MQ=255) tAGCGTTTATGCATTTAATTGCCGTAATCAGGAACCTAACTTACGTAATTAACAGTCGCTTATGCATTAgc > 1:3631314/1‑71 (MQ=255) tAGCGTTTATGCATTTAATTGCCGTAATCAGGAACCTAACTTACGTAATTAACAGTCGCTTATGCATTAgc > 1:580866/1‑71 (MQ=255) tAGCGTTTATGCATTTAATTGCCGTAATCAGGAACCTAACTTACGTAATTAACAGTCGCTAATGCATAAgc > 1:2716179/1‑71 (MQ=255) tAGCGTTTATGCATTTAATTGCCGTAATCAGGAACCTAACTTACGTAATTAACAGTCGCTAATGCATAAgc > 1:1323517/1‑71 (MQ=255) aGCGTTTATGCATTTAATTGCCGTAATCAGGAACCTAACTTACGTAATTAACAGTCGCTTATGCATTAgc < 1:1351925/70‑1 (MQ=255) aGCGTTTATGCATTTAATTGCCGTAATCAGGAACCTAACTTACGTAATTAACAGTCGCTTATGCATTAgc < 1:382100/70‑1 (MQ=255) gCGTTTATGCATTTAATTGCCGTAATCAGGAACCTAACTTACGTAATTAACAGTCGCTTATGCATTAgc < 1:659355/69‑1 (MQ=255) tttATGCATTTAATTGCCGTAATCAGGAACCTAACTTACGTAATTAACAGTCGCTTATGCATTAGCGCaa < 1:341596/70‑1 (MQ=255) tGCATTTAATTGCCGTAATCAGGAACCTAACTTACGTAATTAACAGTCGCTTATGCATTAGCGCAACAtt < 1:1466748/70‑1 (MQ=255) tGCATTTAATTGCCGTAATCAGGAACCTAACTTACGTAATTAACAGTCGCTTATGCATTAGCGCAACAtt < 1:1481319/70‑1 (MQ=255) aTTTAATTGCCGTAATCAGGAACCTAACTTACGTAATTAACAGTCGCTTATGCATTAGCGCAACATTCCa > 1:170790/1‑70 (MQ=255) tttAATTGCCGTAATCAGGAACCTAACTTACGTAATTAACAGTCGCTTATg < 1:2920215/51‑1 (MQ=255) tttAATTGCCGTAATCAGGAACCTAACTTACGTAATTAACAGTCGCTTATGc < 1:3271912/52‑1 (MQ=255) tttAATTGCCGTAATCAGGAACCTAACTTACGTAATTAACAGTCGCTTATGc < 1:3391769/52‑1 (MQ=255) tttAATTGCCGTAATCAGGAACCTAACTTACGTAATTAACAGTCGCTTATGCATTAGCGCAACATTCCaa > 1:2198980/1‑70 (MQ=255) tttAATTGCCGTAATCAGGAACCTAACTTACGTAATTAACAGTCGCTTATGCATTAGCGCAACATTCCAAc < 1:3312069/71‑1 (MQ=255) ttAATTGCCGTAATCAGGAACCTAACTTACGTAATTAACAGTCGCTTATGCa < 1:3194679/52‑1 (MQ=255) ttAATTGCCGTAATCAGGAACCTAACTTACGTAATTAACAGTCGCTTATGCa < 1:644291/52‑1 (MQ=255) ttAATTGCCGTAATCAGGAACCTAACTTACGTAATTAACAGTCGCTTATGCa < 1:1288916/52‑1 (MQ=255) ttAATTGCCGTAATCAGGAACCTAACTTACGTAATTAACAGTCGCTTATGCa < 1:568937/52‑1 (MQ=255) tAATTGCCGTAATCAGGAACCTAACTTACGTAATTAACAGTCGCTTa > 1:3080264/1‑47 (MQ=255) tAATTGCCGTAATCAGGAACCTAACTTACGTAATTAACAGTCGCTTATGCATTAg > 1:52845/1‑55 (MQ=255) aaTTGCCGTAATCAGGAACCTAACTTACGTAATTAACAGTCGCTAAt < 1:484652/47‑1 (MQ=255) aaTTGCCGTAATCAGGAACCTAACTTACGTAATTAACAGTCGCTAAt < 1:3249210/47‑1 (MQ=255) aaTTGCCGTAATCAGGAACCTAACTTACGTAATTAACAGTCGCTAAt < 1:2471992/47‑1 (MQ=255) aTTGCCGTAATCAGGAACCTAACTTACGTAATTAGCAGTCGCTTATGCATTAGCGCAACATTCCAACAgg < 1:1152356/70‑1 (MQ=255) ttGCCGTAATCAGGAACCTAACTTACGTAATTAACAGTCGCTTATGCATTAGCGCAACATTCCAACAggt < 1:86520/70‑1 (MQ=255) ttGCCGTAATCAGGAACCTAACTTACGTAATTAACAGTCGCTAATGc > 1:2808058/1‑47 (MQ=255) tGCCGTAATCAGGAACCTAACTTACGTAATTAACAGTCGCTTATGCATTAGCGCAACATTCCAACAggtgg > 1:596657/1‑71 (MQ=255) gCCGTAATCAGGAACCTAACTTACGTAATTAACAGTCGCTTATGCATTa > 1:3430967/1‑49 (MQ=255) cGTAATCAGGAACCTAACTTACGTAATTAACAGTCGCTTATGCATTAGCGCAACATTCCAACAGGTGGTGa < 1:2013568/71‑1 (MQ=255) gTAATCAGGAACCTAACTTACGTAATTAACAGTCGCTTATGCATTAGCGCAACATTCCAACAGGTGGTGAc < 1:2361967/71‑1 (MQ=255) tAATCAGGAACCTAACTTACGTAATTAACAGTCGCTTa > 1:1240720/1‑38 (MQ=255) tAATCAGGAACCTAACTTACGTAATTAACAGTCGCTTATGCATTAGCGCAACATTCCAACAGGTGGTGAc > 1:2865878/1‑70 (MQ=255) tAATCAGGAACCTAACTTACGTAATTAACAGTCGCTTATGCATTAGCGCAACATTCCAACAGGTGGTGAc > 1:38040/1‑70 (MQ=255) aaTCAGGAACCTAACTTACGTAATTAACAGTCGCTTATGCATTAGCGCAACATTCCAAc > 1:1273148/1‑59 (MQ=255) aTCAGGAACCTAACTTACGTAATTAACAGTCGCTTATGCATTAGCGCAACATTCCAACAGGTGGTGAc < 1:2902869/68‑1 (MQ=255) aTCAGGAACCTAACTTACGTAATTAACAGTCGCTTATGCATTAGCGCAACATTCCAACAGGTGGTGACaa < 1:2075210/70‑1 (MQ=255) tCAGGAACCTAACTTACGTAATTAACAGTCGCTTa > 1:1305698/1‑35 (MQ=255) tCAGGAACCTAACTTACGTAATTAACAGTCGCTTa > 1:2428950/1‑35 (MQ=255) tCAGGAACCTAACTTACGTAATTAACAGTCGCTTa > 1:1740719/1‑35 (MQ=255) ggAACCTAACTTACGTAATTAACAGTCGCTTATGCATTa < 1:92341/39‑1 (MQ=255) ggAACCTAACTTACGTAATTAACAGTCGCTTATGCATTa < 1:2680355/39‑1 (MQ=255) ggAACCTAACTTACGTAATTAACAGTCGCTTATGCATTa < 1:3357818/39‑1 (MQ=255) ggAACCTAACTTACGTAATTAACAGTCGCTTATGCATTAGCGCAACATTCCAACAGGTGGTGACAAtata > 1:3129252/1‑70 (MQ=255) ggAACCTAACTTACGTAATTAACAGTCGCTTATGCATTAGCGCAACATTCCAACAGGTGGTGACAATATAc > 1:3175832/1‑71 (MQ=255) ggAACCTAACTTACGTAATTAACAGTCGCTTATGCATTAGCGCAACATTCCAACAGGTGGTGACAATATAc > 1:750443/1‑71 (MQ=255) ggAACCTAACTTACGTAATTAACAGTCGCTTATGCATTAGCGCAACATTCCAACAGGTGGTGACAATATAc > 1:787438/1‑71 (MQ=255) gAACCTAATTTACGTAATTAACAGTCGCTTATGCATTAGCGCAACATTCCAACAGGTGGTGAc < 1:2222740/63‑1 (MQ=255) gAACCTAACTTACGTAATTAACAGTCGCTTATGCATTAGCGCAACATTCCAACAGGTGGTGACAATATAcc > 1:198898/1‑71 (MQ=255) aaCCTAACTTACGTAATTAACAGTCGCTTATGCATTAGCGCAACATTCCAACAGGTGGTGACAATATAccc < 1:2344695/71‑1 (MQ=255) aaCCTAACTTACGTAATTAACAGTCGCTTATGCATTAGCGCAACATTCCAACAGGTGGTGACAATATAccc < 1:2388464/71‑1 (MQ=255) aCCTAACTTACGTAATTAACAGTCGCTTATGCATTAGCGCAACATTCCAACAggtggt > 1:517934/1‑58 (MQ=255) aCCTAACTTACGTAATTAACAGTCGCTTATGCATTAGCGCAACATTCCAACAggtggt > 1:136814/1‑58 (MQ=255) ccTAACTTACGTAATTAACAGTCGCTTATGCATTAGCGCAACATTCCAACAGGTGGTGACa < 1:2834904/61‑1 (MQ=255) ccTAACTTACGTAATTAACAGTCGCTTATGCATTAGCGCAACATTCCAACAGGTGGTGACa < 1:123065/61‑1 (MQ=255) ccTAACTTACGTAATTAACAGTCGCTTATGCATTAGCGCAACATTCCAACAGGTGGTGACa < 1:682745/61‑1 (MQ=255) ccTAACTTACGTAATTAACAGTCGCTTATGCATTAGCGCAACATTCCAACAGGTGGTGACa < 1:2057011/61‑1 (MQ=255) ccTAACTTACGTAATTAACAGTCGCTTATGCATTAGCGCAACATTCCAACAGGTGGTGACAATATACCCTa > 1:2972210/1‑71 (MQ=255) cTAACTTACGTAATTAACAGTCGCTTATGCATTAGGGCAACATTCCAACAGGTGGTGACAata > 1:1281465/1‑63 (MQ=255) cTAACTTACGTAATTAACAGTCGCTTATGCATTAGCGCAACATTCCAACAGgtggtg > 1:2656932/1‑57 (MQ=255) cTAACTTACGTAATTAACAGTCGCTTATGCATTAGCGCAACATTCCAACAGGTGGTGACAATATACCCTAc > 1:3304149/1‑71 (MQ=255) aaCTTACGTAATTAACAGTCGCTTATGCATTAGCGCaa > 1:3595917/1‑38 (MQ=255) aaCTTACGTAATTAACAGTCGCTTATGCATTAGCGCAACAt > 1:2573820/1‑41 (MQ=255) aaCTTACGTAATTAACAGTCGCTTATGCATTAGCGCAACATTCCAACAGGTGGTGACAATATACCCTACCg > 1:1524654/1‑71 (MQ=255) aCTTACGTAATTAACAGTCGCTTATGCATTAGCGCAACATTCCAACAGGTGGTGACAATATACCCTACCGt > 1:1044440/1‑71 (MQ=255) aCTTACGTAATTAACAGTCGCTTATGCATTAGCGCAACATTCCAACAGGTGGTGACAATATACCCTACCGt < 1:2569763/71‑1 (MQ=255) aCTTACGTAATTAACAGTCGCTTATGCATTAGCGCAACATTCCAACAGGTGGTGACAATATACCCTACCGt > 1:2713890/1‑71 (MQ=255) aCGTAATTAACAGTCGCTTATGCATTAGCGCAACATTCCAACAGGTGGTGACAATATACCCTACCGTTc < 1:40023/69‑1 (MQ=255) aCGTAATTAACAGTCGCTTATGCATTAGCGCAACATTCCAACAGGTGGTGACAATATACCCTACCGTTc < 1:1617863/69‑1 (MQ=255) aCGTAATTAACAGTCGCTTATGCATTAGCGCAACATTCCAACAGGTGGTGACAATATACCCTACCGTTCa < 1:1496175/70‑1 (MQ=255) aCGTAATTAACAGTCGCTTATGCATTAGCGCAACATTCCAACAGGTGGTGACAATATACCCTACCGTTCAg > 1:929975/1‑71 (MQ=255) cGTAATTAACAGTCGCTTATGCATTAGCGCAACATTCCAACAGGTGGTGACAATATACCCTACCGTTCAGc < 1:1036544/71‑1 (MQ=255) cGTAATTAACAGTCGCTTATGCATTAGCGCAACATTCCAACAGGTGGTGACAATATACCCTACCGTTCAGc < 1:375898/71‑1 (MQ=255) aaTTAACAGTCGCTTATGCATTAGCGCAACATTCCAACAGGTGGTGACAATATACCCTACCGTTCAGCCa > 1:2789869/1‑70 (MQ=255) aTTAACAGTCGCTTATGCATTAGCGCAACATTCCAACAGGTGGTGACAATATACCCTAcc > 1:2919870/1‑60 (MQ=255) aTTAACAGTCGCTTATGCATTAGCGCAACATTCCAACAGGTGGTGACAATATACCCTAc < 1:2762594/59‑1 (MQ=255) aTTAACAGTCGCTTATGCATTAGCGCAACATTCCAACAGGTGGTGACAATATACCCTAc < 1:248306/59‑1 (MQ=255) aTTAACAGTCGCTTATGCATTAGCGCAACATTCCAACAGGTGGTGACAATATACCCTAc < 1:748898/59‑1 (MQ=255) aTTAACAGTCGCTTATGCATTAGCGCAACATTCCAACAGGTGGTGACAATATACCCTAc < 1:2102959/59‑1 (MQ=255) aTTAACAGTCGCTTATGCATTAGCGCAACATTCCAACAGGTGGTGACAATATACCCTAc < 1:1148964/59‑1 (MQ=255) aTTAACAGTCGCTTATGCATTAGCGCAACATTCCAACAGGTGGTGACAATATACCCTACCGTTCAGCCaa > 1:1952353/1‑70 (MQ=255) cAGTCGCTTATGCATTAGCGCAACATTCCAACAGGTGGTGACa < 1:3149171/43‑1 (MQ=255) tCGCTTATGCATTAGCGCAACATTCCAACAGGTGGTGACAATATACCCTACCGTTCAGCCAAAACAACAt < 1:1918558/70‑1 (MQ=255) gCTTATGCATTAGCGCAACATTCCAACAGGTGGTGACAATATACCCTACCGTTCAGCCAAAACAACATCaa > 1:548808/1‑71 (MQ=255) ttATGCATTAGCGCAACATTCCAACAGGTGGTGACaa < 1:429112/37‑1 (MQ=255) ttATGCATTAGCGCAACATTCCAACAGGTGGTGACaa < 1:1784725/37‑1 (MQ=255) | ACGCAAGTTTAGCGTTTATGCATTTAATTGCCGTAATCAGGAACCTAACTTACGTAATTAACAGTCGCTTATGCATTAGCGCAACATTCCAACAGGTGGTGACAATATACCCTACCGTTCAGCCAAAACAACATCAA > Exported/2199658‑2199794 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |