| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | Exported | 2,460,538 | A→T | 11.1% | intergenic (+156/‑223) | mioC → / → gidA | FMN‑binding protein MioC/glucose‑inhibited cell‑division protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | Exported | 2,460,538 | 0 | A | T | 11.1% | 230.2 / 17.7 | 81 | intergenic (+156/‑223) | mioC/gidA | FMN‑binding protein MioC/glucose‑inhibited cell‑division protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (24/48); new base T (3/6); total (27/54) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.60e-01 | |||||||||||
TTTGAGTTGTGTATAACCCCTCATTCTGATCCCAGCTTATACGGTCCAGGATCACCGATCATTCACAGTTAATGATCCTTTCCAGGTTGTTGATCTTAAAAGCCGGATCCTTGTTATCCACAGGGCAGTGCGATCCT > Exported/2460472‑2460608 | tttGAGTTGTGTATAACCCCTCATTCTGATCCCAGCTTATACGGTCCAGGATCACCGATCATTCACAGtt < 1:2105709/70‑1 (MQ=255)tttGAGTTGTGTATAACCCCTCATTCTGATCCCAGCTTATACGGTCCAGGATCACCGATCATTCACAGtt > 1:171261/1‑70 (MQ=255) ttGTGTATAACCCCTCATTCTGATCCCAGCTTATACGGTCCAGGATCACCGATCATTAACTGTGAATGATc < 1:367646/71‑1 (MQ=39) ttGTGTATAACCCCTCATTCTGATCCCAGCTTATACGGTCCAGGATCACCGATCATTAACTGTGAATGATc < 1:3549979/71‑1 (MQ=39) gtgtATAACCCCTCATTCTGATCCCAGCTTATACGGTCCAGGATCACCGATCATTCACAGTTAATGATCCt > 1:377912/1‑71 (MQ=255) tgtATAACCCCTCATTCTGATCCCAGCTTATACGGTCCAGGATCACCGATCATTCACAGTTAATGATCCt < 1:2137029/70‑1 (MQ=255) tataACCCCTCATTCTGATCCCAGCTTATACGGTCCAGGATCACCGATCATTCACAGTTAATGATCCTTTc < 1:677538/71‑1 (MQ=255) tataACCCCTCATTCTGATCCCAGCTTATACGGTCCAGGATCACCGATCATTCACAGTTAATGATCCTTTc < 1:1860000/71‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |