| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | Exported | 2,463,313 | G→A | 50.0% | V200V (GTG→GTA) | gidB → | methyltransferase, glucose‑inhibited cell‑division protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | Exported | 2,463,313 | 0 | G | A | 50.0% | ‑1.3 / 75.1 | 54 | V200V (GTG→GTA) | gidB | methyltransferase, glucose‑inhibited cell‑division protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (12/15); new base A (15/12); total (27/27) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.87e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
AGAATATCAGGTCGAATCAGTGGTTAAACTTCAGGTTCCAGCCCTGGATGGCGAACGTCATCTGGTGGTGATTAAAGCAAATAAAATTTAATTTTTATCAAAAAAATCATAAAAAATTGACCGGTTAGA > Exported/2463247‑2463375 | agaaTATCAGGTCGAATCAGTGGTTAAACTTCAGGTTCCAGCCCTGGATGGCGAACGTCATCTGGTGGTGa > 1:2291015/1‑71 (MQ=255)agaaTATCAGGTCGAATCAGTGGTTAAACTTCAGGTTCCAGCCCTGGATGGCGAACGTCATCTGGTGGTGa > 1:1355788/1‑71 (MQ=255)agaaTATCAGGTCGAATCAGTGGTTAAACTTCAGGTTCCAGCCCTGGATGGCGAACGTCATCTGGTGGTGa > 1:1590476/1‑71 (MQ=255) atCAGGTCGAATCAGTGGTTAAACTTCAGGTTCCAGCCCTGGATGGCGAACGTCATCTGGTGGTGATTa > 1:3182684/1‑69 (MQ=255) cAGGTCGAATCAGTGGTTAAACTTCAGGTTCCAGCCCTGGATGGCGAACGTCATCTGGTGGTGATTAAAg > 1:752748/1‑70 (MQ=255) aGGTCGAATCAGTGGTTAAACTTCAGGTTCCAGCCCTGGATGGCGAACGTCATCTGGTGGTGATTAAAg > 1:3684396/1‑69 (MQ=255) aGGTCGAATCAGTGGTTAAACTTCAGGTTCCAGCCCTGGATGGCGAACGTCATCTGGTAGTGATTAAAGCa < 1:2216369/71‑1 (MQ=255) gTCGAATCAGTGGTTAAACTTCAGGTTCCAGCCCTGGATGGCGAACGTCATCTGGTAGTGATTAAAGCaaa > 1:2286110/1‑71 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |