| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | Exported | 2,543,241 | T→A | 6.1% | intergenic (+5/+27) | rfaK → / ← rfaL | lipopolysaccharide core biosynthesis/O‑antigen ligase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | Exported | 2,543,241 | 0 | T | A | 6.1% | 189.2 / 2.4 | 65 | intergenic (+5/+27) | rfaK/rfaL | lipopolysaccharide core biosynthesis/O‑antigen ligase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (24/37); new base A (2/2); total (26/39) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
AAAGATATCGATACTGAAACTTTAACTAATTCAGTAAAGAGATTAAGTTGTATAGATAAGAAGTGAGTTTTAACTCACTTCTTAAACTTGTTTATTCTTAATTAATTGTATTGTTACGATTATTAATGACGAGTAAGAG > Exported/2543171‑2543309 | aaaGATATCGATACTGAAACTTTAACTAATTCAGTAAAGAGATTAAGTTGTATAGATAAGAAGTGAGtttt < 1:2016277/71‑1 (MQ=255)aaaGATATCGATACTGAAACTTTAACTAATTCAGTAAAGAGATTAAGTTGTATAGATAAGAAGTGAGtttt < 1:2936205/71‑1 (MQ=255)aaaGATATCGATACTGAAACTTTAACTAATTCAGTAAAGAGATTAAGTTGTATAGATAAGAAGTGAGtttt < 1:1715068/71‑1 (MQ=255)aaaGATATCGATACTGAAACTTTAACTAATTCAGTAAAGAGATTAAGTTGTATAGATAAGAAGTGAGtttt < 1:2705803/71‑1 (MQ=255)aaaGATATCGATACTGAAACTTTAACTAATTCAGTAAAGAGATTAAGTTGTATAGATAAGAAGTGAGtttt < 1:2165408/71‑1 (MQ=255) aaGATATCGATACTGAAACTTTAACTAATTCAGTAAAGAGATTAAGTTGTATAGATAAGAAGTGAGTTTTa < 1:3004622/71‑1 (MQ=255) aaGATATCGATACTGAAACTTTAACTAATTCAGTAAAGAGATTAAGTTGTATAGATAAGAAGTGAGTTTTa < 1:2619004/71‑1 (MQ=255) aGATATCGATACTGAAACTTTAACTAATTCAGTAAAGAGATTAAGTTGTATAGATAAGAAGTGAGTTTTaa < 1:153892/71‑1 (MQ=255) gATATCGATACTGAAACTTTAACTAATTCAGTAAAGAGATTAAGTTGTATAGATAAGAAGTGAGTTTTaa < 1:627961/70‑1 (MQ=255) gATATCGATACTGAAACTTTAACTAATTCAGTAAAGAGATTAAGTTGTATAGATAAGAAGTGAGTTTTAAc > 1:1469225/1‑71 (MQ=255) atatCGATACTGAAACTTTAACTAATTCAGTAAAGAGATTAAGTTGTATAGATAAGAAGTGAGTTTTAACt < 1:775453/71‑1 (MQ=255) tCGATACTGAAACTTTAACTAATTCAGTAAAGAGATTAAGTTGTATAGATAAGAAGTGAGTTTTAACTCAc < 1:2115716/71‑1 (MQ=255) cGATACTGAAACTTTAACTAATTCAGTAAAGAGATTAAGTTGTATAGATAAGAAGTGAGTTTTAACTCAct > 1:491850/1‑71 (MQ=255) cTGAAACTTTAACTAATTCAGTAAAGAGATTAAGTTGTATAGATAAGAAGTGAGTTTTAACTCACTTCTTa < 1:1908505/71‑1 (MQ=255) cTGAAACTTTAACTAATTCAGTAAAGAGATTAAGTTGTATAGATAAGAAGTGAGTTAAAACTCACTTCTTa < 1:2900934/71‑1 (MQ=255) tGAAACTTTAACTAATTCAGTAAAGAGATTAAGTTGTATAGATAAGAAGTGAGTTTTAACt < 1:2082732/61‑1 (MQ=255) tGAAACTTTAACTAATTCAGTAAAGAGATTAAGTTGTATAGATAAGAAGTGAGTTTTAACt < 1:1814445/61‑1 (MQ=255) gAAACTTTAACTAATTCAGTAAAGAGATTAAGTTGTATAGATAAGAAGTGAGtttt > 1:2659946/1‑56 (MQ=255) aaaCTTTAACTAATTCAGTAAAGAGATTAAGTTGTATAGATAAGAAGTGAGTTTTaa > 1:3660750/1‑57 (MQ=255) aaaCTTTAACTAATTCAGTAAAGAGATTAAGTTGTATAGATAAGAAGTGAGTTTTaa > 1:2483111/1‑57 (MQ=255) aaaCTTTAACTAATTCAGTAAAGAGATTAAGTTGTATAGATAAGAAGTGAGTTTTAACTCACTTCTTaa < 1:3448526/69‑1 (MQ=255) aaCTTTAACTAATTCAGTAAAGAGATTAAGTTGTATAGATAAGAAGTGAGTTTTAACTCACTTCTTAAACt > 1:1112797/1‑71 (MQ=255) aaCTTTAACTAATTCAGTAAAGAGATTAAGTTGTATAGATAAGAAGTGAGTTTTAACTCACTTCTTAAACt < 1:750122/71‑1 (MQ=255) aCTTTAACTAATTCAGTAAAGAGATTAAGTTGTATAGATAAGAAGTGAGTTTTAACTCACTTCTTAAAc > 1:3681401/1‑69 (MQ=255) cTTTAACTAATTCAGTAAAGAGATTAAGTTGTATAGATAAGAAGTGAGTTTTAACTCACTTCTTAAACTTg < 1:1758311/71‑1 (MQ=255) cTTTAACTAATTCAGTAAAGAGATTAAGTTGTATAGATAAGAAGTGAGTTTTAACTCACTTCTTAAACTTg > 1:62989/1‑71 (MQ=255) ttAACTAATTCAGTAAAGAGATTAAGTTGTATAGATAAGAAGTGAGtttt < 1:1253648/50‑1 (MQ=255) tAACTAATTCAGTAAAGAGATTAAGTTGTATAGATAAGAAGTGAGTTTTAACTCACTTCTTAAACTTGtt > 1:26009/1‑70 (MQ=255) aaCTAATTCAGTAAAGAGATTAAGTTGTATAGATAAGAAGTGAGtttt > 1:1790875/1‑48 (MQ=255) aaCTAATTCAGTAAAGAGATTAAGTTGTATAGATAAGAAGTGAGTTTTAACTCAc < 1:1967912/55‑1 (MQ=255) aCTAATTCAGTAAAGAGATTAAGTTGTATAGATAAGAAGTGAGTTTTAACTCACTTCTTAAACTTGTTTAt > 1:590742/1‑71 (MQ=255) aCTAATTCAGTAAAGAGATTAAGTTGTATAGATAAGAAGTGAGTTTTAACTCACTTCTTAAACTTGTTTAt < 1:2557105/71‑1 (MQ=255) aCTAATTCAGTAAAGAGATTAAGTTGTATAGATAAGAAGTGAGTTTAAACTCACTTCTTAAACTTGTTTa < 1:3553078/70‑1 (MQ=255) cTAATTCAGTAAAGAGATTAAGTTGTATAGATAAGAAGTGAGTTTTAACTCActt > 1:3627417/1‑55 (MQ=255) cTAATTCAGTAAAGAGATTAAGTTGTATAGATAAGAAGTGAGTTTTAACTCActt > 1:2828507/1‑55 (MQ=255) cTAATTCAGTAAAGAGATTAAGTTGTATAGATAAGAAGTGAGTTTTAACTCActt > 1:1758005/1‑55 (MQ=255) tAATTCAGTAAAGAGATTAAGTTGTATAGATAAGAAGTGAGTTTTaa < 1:1195909/47‑1 (MQ=255) tAATTCAGTAAAGAGATTAAGTTGTATAGATAAGAAGTGAGTTTTAACt < 1:3454640/49‑1 (MQ=255) aTTCAGTAAAGAGATTAAGTTGTATAGATAAGAAGTGAGTTTTAACTCActt > 1:2453761/1‑52 (MQ=255) aTTCAGTAAAGAGATTAAGTTGTATAGATAAGAAGTGAGTTTTAACTCActt > 1:2407458/1‑52 (MQ=255) aTTCAGTAAAGAGATTAAGTTGTATAGATAAGAAGTGAGTTTTAACTCACTTCTTAAACTTGTTTATTCtt < 1:3493000/71‑1 (MQ=255) ttCAGTAAAGAGATTAAGTTGTATAGATAAGAAGTGAGtttt < 1:2454536/42‑1 (MQ=255) ttCAGTAAAGAGATTAAGTTGTATAGATAAGAAGTGAGTTTTAACTCACTTCTTAAACTTGTTTATTCtta < 1:2970839/71‑1 (MQ=255) cAGTAAAGAGATTAAGTTGTATAGATAAGAAGTGAGTTTTAACTCACTTCTTAAACTTGTTTATTCttaa < 1:1628070/70‑1 (MQ=255) cAGTAAAGAGATTAAGTTGTATAGATAAGAAGTGAGTTTTAACTCACTTCTTAAACTTGTTTATTCttaa < 1:2034907/70‑1 (MQ=255) tAAAGAGATTAAGTTGTATAGATAAGAAGTGAGTTTTAACTCACTTCTTAAACTTGTTTATTCttaattaa < 1:2568578/71‑1 (MQ=255) tAAAGAGATTAAGTTGTATAGATAAGAAGTGAGTTTTAACTCACTTCTTAAACTTGTTTATTCttaattaa < 1:379004/71‑1 (MQ=255) aaaGAGATTAAGTTGTATAGATAAGAAGTGAGTTTTAACTCACTTCTTa > 1:439834/1‑49 (MQ=255) aaGAGATTAAGTTGTATAGATAAGAAGTGAGTTTTAACTCACTTCTTAAACTTGTTTATTCTTaattaatt > 1:3378595/1‑71 (MQ=255) agagATTAAGTTGTATAGATAAGAAGTGAGTTTTAACTCACTTCTTAAACTTg < 1:3071165/53‑1 (MQ=255) agaTTAAGTTGTATAGATAAGAAGTGAGTTTTAACTCACTTCTTAAACTTGTTTATTCTTAATTAattgta < 1:1242785/71‑1 (MQ=255) agaTTAAGTTGTATAGATAAGAAGTGAGTTTTAACTCACTTCTTAAACTTGTTTATTCTTAATTAattgta < 1:3693456/71‑1 (MQ=255) gaTTAAGTTGTATAGATAAGAAGTGAGTTTTAACTCACTTCTTAAACTTGTTTATTCTTAATTAattgtat > 1:1513933/1‑71 (MQ=255) ttAAGTTGTATAGATAAGAAGTGAGTTTTAACTCACTTCTTAAACTTGTTTATTCTTAATTAattgtatt < 1:1146001/70‑1 (MQ=255) aaGTTGTATAGATAAGAAGTGAGTTTTAACTCACTTCTTAAACTTGTTTATTCTTAATTAattgtattgt > 1:3112833/1‑70 (MQ=255) aaGTTGTATAGATAAGAAGTGAGTTTTAACTCACTTCTTAAACTTGTTTATTCTTAATTAattgtattgt > 1:3116988/1‑70 (MQ=255) gTATAGATAAGAAGTGAGTTTTAACTCACTTCTTAAACTTGTTTATTCTTAATTAATTGTATTGTTACGat > 1:3600420/1‑71 (MQ=255) tataGATAAGAAGTGAGTTTTAACTCACTTCTTAAACTTGTTTATTCttaattaa < 1:828719/55‑1 (MQ=255) tataGATAAGAAGTGAGTTTTAACTCACTTCTTAAACTTGTTTATTCTTAATTAATTGTATTGTTACGat < 1:1667904/70‑1 (MQ=255) tataGATAAGAAGTGAGTTTTAACTCACTTCTTAAACTTGTTTATTCTTAATTAATTGTATTGTTACGat < 1:3230096/70‑1 (MQ=255) ataGATAAGAAGTGAGTTTTAACTCACTTCTTAAACtt > 1:2180722/1‑38 (MQ=255) gATAAGAAGTGAGTTTTAACTCACTTCTTAAACTTGTTTATTCTTAATTAATTGTATTGTTACGattatt > 1:2649555/1‑70 (MQ=255) gATAAGAAGTGAGTTTTAACTCACTTCTTAAACTTGTTTATTCTTAATTAATTGTATTGTTACGAttatta < 1:3447737/71‑1 (MQ=255) aTAAGAAGTGAGTTTTAACTCACTTCTTAAACTTGTTTATTCTTAATTAATTGTATTGTTACGATTATTaa > 1:944466/1‑71 (MQ=255) tAAGAAGTGAGTTTTAACTCACTTCTTAAACTTGTTTATTCTTAATTAATTGTATTGTTACGATTATTAAt < 1:648950/71‑1 (MQ=255) agaagTGAGTTTTAACTCACTTCTTAAACTTGTTTATTCTTAATTAATTGTATTGTTACGATTATTAATGa < 1:3068111/71‑1 (MQ=255) agTGAGTTTTAACTCACTTCTTAAACTTGTTTATTCTTAATTAATTGTATTGTTACGATTATTAATGACGa < 1:2056237/71‑1 (MQ=255) agTGAGTTAAAACTCACTTCTTAAACTTGTTTATTCTTAATTAATTGTATTGTTAc > 1:822245/1‑56 (MQ=37) gTGAGTTAAAACTCACTTCTTAAACTTGTTTATTCTTAATTAATTGTATTGtt > 1:2938684/1‑53 (MQ=37) tGAGTTTTAACTCACTTCTTAAACTTGTTTATTCtta < 1:2427007/37‑1 (MQ=255) tGAGTTTTAACTCACTTCTTAAACTTGTTTATTCTTAATTAATTGTATTGTTACGATTATTAATGACGAGt < 1:3220828/71‑1 (MQ=255) gAGTTTTAACTCACTTCTTAAACTTGTTTATTCTTAATTAATTGTATTGTTACGATTATTAATGACGAGt > 1:2562442/1‑70 (MQ=255) gTTTTAACTCACTTCTTAAACTTGTTTATTCTTAATTAATTGTATTGTTACGATTATTAATGACGAGTAag < 1:1050129/71‑1 (MQ=255) gTTTTAACTCACTTCTTAAACTTGTTTATTCTTAATTAATTGTATTGTTACGATTATTAATGACGAGTAag < 1:667185/71‑1 (MQ=255) ttttAACTCACTTCTTAAACTTGTTTATTCTTAATTAattgtattgt < 1:2419523/47‑1 (MQ=255) ttttAACTCACTTCTTAAACTTGTTTATTCTTAATTAattgtattgt < 1:326801/47‑1 (MQ=255) ttttAACTCACTTCTTAAACTTGTTTATTCTTAATTAattgtattgt < 1:224789/47‑1 (MQ=255) ttttAACTCACTTCTTAAACTTGTTTATTCTTAATTAattgtattgt < 1:1460696/47‑1 (MQ=255) ttttAACTCACTTCTTAAACTTGTTTATTCTTAATTAattgtattgt < 1:1247883/47‑1 (MQ=255) ttttAACTCACTTCTTAAACTTGTTTATTCTTAATTAATTGTATTGTTACGATTATTAATGACGAGTaa < 1:841944/69‑1 (MQ=255) ttttAACTCACTTCTTAAACTTGTTTATTCTTAATTAATTGTATTGTTACGATTATTAATGACGAGTaa < 1:3439467/69‑1 (MQ=255) ttttAACTCACTTCTTAAACTTGTTTATTCTTAATTAATTGTATTGTTACGATTATTAATGACGAGTaa > 1:2329028/1‑69 (MQ=255) ttttAACTCACTTCTTAAACTTGTTTATTCTTAATTAATTGTATTGTTACGATTATTAATGACGAGTaa < 1:1394368/69‑1 (MQ=255) ttttAACTCACTTCTTAAACTTGTTTATTCTTAATTAATTGTATTGTTACAATTATTaa < 1:575740/59‑1 (MQ=255) ttAACTCACTTCTTAAACTTGTTTATTCTTAATTAATTGTATTGTTACGat > 1:2354485/1‑51 (MQ=255) ttAACTCACTTCTTAAACTTGTTTATTCTTAATTAATTGTATTGTTACGat > 1:463760/1‑51 (MQ=255) ttAACTCACTTCTTAAACTTGTTTATTCTTAATTAATTGTATTGTTACGa > 1:598566/1‑50 (MQ=255) ttAACTCACTTCTTAAACTTGTTTATTCTTAATTAATTGTATTGTTACGATTATTAATGAGGAGTAagag > 1:3350761/1‑70 (MQ=255) ttAACTCACTTCTTAAACTTGTTTATTCTTAATTAATTGTATTGTTACGATTATTAATGACGAGTAagag > 1:706816/1‑70 (MQ=255) ttAACTCACTTCTTAAACTTGTTTATTCTTAATTAATTGTATTGTTACGATTATTAATGACGAGTAagag < 1:2127271/70‑1 (MQ=255) ttAACTCACTTCTTAAACTTGTTTATTCTTAATTAATTGTATTGTTACGATTATTAATGACGAGTAagag > 1:3569668/1‑70 (MQ=255) ttAACTCACTTCTTAAACTTGTTTATTCTTAATTAATTGTATTGTTACGATTATTAATGACGAGTAagag > 1:940112/1‑70 (MQ=255) ttAACTAACTTCTTAAACTTGTTTATTCTTAATTAATTGTATTGTTACGat > 1:481543/1‑51 (MQ=255) tAACTCACTTCTTAAACTTGTTTATTCTTAATTAATTGTATTGTTACGATTATTAATGACGAGTAagag < 1:1931127/69‑1 (MQ=255) | AAAGATATCGATACTGAAACTTTAACTAATTCAGTAAAGAGATTAAGTTGTATAGATAAGAAGTGAGTTTTAACTCACTTCTTAAACTTGTTTATTCTTAATTAATTGTATTGTTACGATTATTAATGACGAGTAAGAG > Exported/2543171‑2543309 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |