| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | Exported | 234,700 | T→A | 10.2% | intergenic (+9/‑174) | yaiI → / → aroL | conserved hypothetical protein/shikimate kinase II |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | Exported | 234,700 | 0 | T | A | 10.2% | 161.9 / 7.9 | 58 | intergenic (+9/‑174) | yaiI/aroL | conserved hypothetical protein/shikimate kinase II |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (22/30); new base A (2/4); total (24/34) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CCAGGCCTTTGCCGCGGAGCTGGAGAAGTGGTGGCTGGAAGTGCAACGTAGTCGTGGCTAAATGTAATTTATTATTTACACTTCATTCTTGAATATTTATTGGTATAGTAAGGGGTGTATTGAGATTTTCACTTT > Exported/234631‑234765 | ccAGGCCTTTGCCGCGGAGCTTGAGAAGTGGTGGCTGGAAGTGCAACGTAGTCGTGGCTAAATGTAATtta > 1:3173273/1‑71 (MQ=255)ccAGGCCTTTGCCGCGGAGCTGGAGAAGTGGTGGCTGGAAGTGCAACGTAGTCGTGGCTAAATGTAATtta < 1:470403/71‑1 (MQ=255) cAGGCCTTTGCCGCGGAGCTGGAGAAGTGGTGGCTGGAAGTGCAACGTAGTCGTGGCTAAATGTAATttat < 1:3273663/71‑1 (MQ=255) ccTTTGCCGCGGAGCTGGAGAAGTGGTGGCTGGAAGTGCAACGTAGTCGTGGCTAAATGTAATTTattatt < 1:2410543/71‑1 (MQ=255) tGCCGCGGAGCTGGAGAAGTGGTGGCTGGAAGTGCAACGTAGTCGTGGCTAAATGTAATTTATTATTTac < 1:3115352/70‑1 (MQ=255) tGCCGCGGAGCTGGAGAAGTGGTGGCTGGAAGTGCAACGTAGTCGTGGCTAAATGTAATTTATTATTTa > 1:1422804/1‑69 (MQ=255) gCCGCGGAGCTGGAGAAGTGGTGGCTGGAAGTGCAACGTAGTCGTGGCTAAATGTAATTTATTATTTacac > 1:1006271/1‑71 (MQ=255) ccGCGGAGCTGGAGAAGTGGTGGCTGGAAGTGCAACGTAGTCGTGGCTAAATGTAAATAATAAATTacatt < 1:364988/71‑3 (MQ=38) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |