| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | Exported | 2,572,989 | T→C | 7.5% | intergenic (+1757/‑22) | yibH → / → ysaB | hypothetical protein/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | Exported | 2,572,989 | 0 | T | C | 7.5% | 149.7 / 3.4 | 53 | intergenic (+1757/‑22) | yibH/ysaB | hypothetical protein/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (16/33); new base C (2/2); total (18/35) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.98e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.97e-01 | |||||||||||
CAGCTTATAGAGGCTTAAGGAGATTCGTAAGATATCAGCCACTATACCGATATAAATAATAAGACTCACTTGCAAACCAGACGGTAATTTAATGATGATGAACGCTTTCTTTCCGGCAATGGCGCTTATGGTGCTAG > Exported/2572920‑2573056 | cAGCTTATAGAGGCTTAAGGAGATTCGTAAGATATCAGCCACTATACCGATATAAATAATAAGACTCACtt > 1:497022/1‑71 (MQ=255) taGAGGCTTAAGGAGATTCGTAAGATATCAGCCACTATACCGATATAAATAATAAGACTCACTTGCAAAc < 1:3280511/70‑1 (MQ=255) agagGCTTAAGGAGATTCGTAAGATATCAGCCACTATACCGATATAAATAATAAGACTCACTTGCAAAc > 1:1297163/1‑69 (MQ=255) ggCTTAAGGAAATTCGTAAGATGTCAGCCACTATACCGATATAAATAATAAGACTCACCTGCAAACCAGAc > 1:3006214/1‑71 (MQ=255) cTTAAGGAGATTCGTAAGATATCAGCCACTATACCGATATAAATAATAAGACTCACTTGCAAACCAGACgg < 1:2647293/71‑1 (MQ=255) gagaTTCGTAAGATATCAGCCACTATACCGATATAAATAATAAGACTCACTTGCAAACCAGACGGTAAtt > 1:493408/1‑70 (MQ=255) gagaTTCGTAAGATATCAGCCACTATACCGATATAAATAATAAGACTCACTTGCAAACCAGACGGTAAtt > 1:2010998/1‑70 (MQ=255) agaTTCGTAAGATATCAGCCACTATACCGATATAAATAATAAGACTCACTTGCAAAc < 1:3300571/57‑1 (MQ=255) agaTTCGTAAGATATCAGCCACTATACCGATATAAATAATAAGACTCACTTGCAAACCAGACGGTAATTTa < 1:3157943/71‑1 (MQ=255) gaTTCGTAAGATATCAGCCACTATACCGATATAAATAATAAGACTCACTTGCAAACCAGa < 1:3619598/60‑1 (MQ=255) gaTTCGTAAGATATCAGCCACTATACCGATATAAATAATAAGACTCACTTGCAAACCAGa < 1:2893990/60‑1 (MQ=255) tCGTAAGATATCAGCCACTATACCGATATAAATAATAAGACTCACTTGCAAACCAGACGGTAATTTAatga > 1:2972118/1‑71 (MQ=255) gTAAGATATCAGCCACTATACCGATATAAATAATAAGACTCACTTGCAAACCAGACGGTAATTTAatgatg < 1:619818/71‑1 (MQ=255) atCAGCCACTATACCGATATAAATAATAAGACTCACTTGCAAAcc > 1:3292384/1‑45 (MQ=255) cAGCCACTATACCGATATAAATAATAAGACTCACTTGCAAAcc > 1:3438555/1‑43 (MQ=255) aGCCACTATACCGATATAAATAATAAGACTCACTTGCAAACCAGACGGTAATTTAATGATGATGAACGct < 1:3494122/70‑1 (MQ=255) aGCCACTATACCGATATAAATAATAAGACTCACTTGCAAACCAGACGGTAATTTAATGATGATGAACGct < 1:2876749/70‑1 (MQ=255) aGCCACTATACCGATATAAATAATAAGACTCACTTGCAAACCAGACGGTAATTTAATGATGATGAACGct < 1:1330900/70‑1 (MQ=255) gCCACTATACCGATATAAATAATAAGACTCACTTGCAAACCAGACGGTAATTTAATGATGATGAACGcttt < 1:3489300/71‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) aataaGACTCACTTGCAAACCAGACGGTAATTTAATGATGATGAACGCTTTCTTTCCGGc < 1:667705/60‑1 (MQ=255) ataaGACTCACTTGCAAACCAGACGGTAATTTAATGATGATGAACGCTTTCTTTCCGGCAATGGCGCTTa < 1:2540605/70‑1 (MQ=255) taaGACTCACTTGCAAACCAGACGGTAATTTAATGATGATGAAc < 1:1331837/44‑1 (MQ=255) taaGACTCACTTGCAAACCAGACGGTAATTTAATGATGATGAACGCTTTCTTTCCGGCAATGGCGCTTa < 1:2497575/69‑1 (MQ=255) taaGACTCACTTGCAAACCAGACGGTAATTTAATGATGATGAACGCTTTCTTTCCGGCAATGGCGCTTATg < 1:3523933/71‑1 (MQ=255) taaGACTCACTTGCAAACCAGACGGTAATTTAATGATGATGAACGCTTTCTTTCCGGCAATGGCGCTTATg < 1:3603025/71‑1 (MQ=255) taaGACTCACTTGCAAACCAGACGGTAATTTAATGATGATGAACGCTTTCTTTCCGGCAATGGCGCTTATg > 1:3577324/1‑71 (MQ=255) taaGACTCACCTGCAAACCAGACGGTAATTTAATGATGATGAACGCTTTCTTTCCGGCAATGGCGCTTATg > 1:2314387/1‑71 (MQ=255) gACTCACTTGCAAACCAGACGGTAATTTAATGATGATGAACGCTTTCTTTCCGGCAATGGCGCTTATGGTg > 1:109426/1‑71 (MQ=255) tCACCTGCAAACCAGACGGTAATTTAATGATGATGAACGCTTTCTTTCCGGCAATGGCGCt < 1:2604881/61‑1 (MQ=255) aCTTGCAAACCAGACGGTAATTTAATGATGATGAACGctt > 1:3498164/1‑40 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |