| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | Exported | 2,797,173 | C→G | 10.1% | G186G (GGC→GGG) | dinF → | DNA‑damage‑inducible SOS response protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | Exported | 2,797,173 | 0 | C | G | 10.1% | 196.5 / 11.3 | 69 | G186G (GGC→GGG) | dinF | DNA‑damage‑inducible SOS response protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (34/28); new base G (3/4); total (37/32) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.96e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.24e-01 | |||||||||||
TGGTATTACTCGGTTGGTTACTCGGCGTGCAATATGCCCGTGCGCCAGTAATTTTGTTAGTGGTCGGCAATATCCTCAACATTGTGCTGGATGTCTGGCTGGTGATGGGGCTGCATATGAACGTGCAGGGCGCGGCGC > Exported/2797106‑2797243 | tGGTATTACTCGGTTGGTTACTCGGCGTGCAATATGCCCGTGCGCCAGTAATTTTGTTAGTGGTCGGCa < 1:2550892/69‑1 (MQ=255) gTATTACTCGGTTGGTTACTCGGCGTGCAATATGCCCGTGCGCCAGTAATTTTGTTAGTGGTCGGCa < 1:1814986/67‑1 (MQ=255) gTATTACTCGGTTGGTTACTCGGCGTGCAATATGCCCGTGCGCCAGTAATTTTGTTAGTGGTCGGCAatat > 1:2680312/1‑71 (MQ=255) tATTACTCGGTTGGTTACTCGGCGTGCAATATGCCCGTGCGCCAGTAATTTTGTTAGTGGTCGGCAATATc < 1:1903956/71‑1 (MQ=255) aTTACTCGGTTGGTTACTCGGCGTGCAATATGCCCGTGCGCCAGTAATTTTGTTAGTGGTCGGCAATATcc > 1:1382062/1‑71 (MQ=255) ttACTCGGTTGGTTACTCGGCGTGCAATATGCCCGTGCGCCAGTAATTTTGTTAGTGGTCGGCAATATcc < 1:1211044/70‑1 (MQ=255) aCTCGGTTGGTTACTCGGCGTGCAATATGCCCGTGCGCCAGTAATTTTGTTAGTGGTCGGCaa > 1:213291/1‑63 (MQ=255) tCGGTTGGTTACTCGGCGTGCAATATGCCCGTGCGCCAGTAATTTTGTTAGTGGTCGGc < 1:700751/59‑1 (MQ=255) ttggttACTCGGCGTGCAATATGCCCGTGCGCCAGTAATTTTGTTAGTGGTCGGCAATATCCTCAACATtg > 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |