| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | Exported | 2,895,458 | G→A | 62.0% | A164A (GCG→GCA) | yjfF → | predicted sugar transporter subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | Exported | 2,895,458 | 0 | G | A | 62.0% | 37.0 / 53.6 | 50 | A164A (GCG→GCA) | yjfF | predicted sugar transporter subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (6/13); new base A (16/15); total (22/28) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.42e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
ACCATCCCATTTATGACACGCTCTCAAGCCTTGCGTGGAAAATCCCTGGCGGCGGTCGCTTAAGTGCGATGGGACTGCTGATGTTGGCGGTGGTGGTTATCGGCATATTCCTCGCGCATCGTACCCGTTTTGG > Exported/2895391‑2895523 | aCCATCCCATTTATGACACGCTCTCAAGCCTTGCGTGGAAAATCCCTGGCGGCGGTCGCTTAAGTGCg > 1:2930751/1‑68 (MQ=255)aCCATCCCATTTATGACACGCTCTCAAGCCTTGCGTGGAAAATCCCTGGCGGCGGTCGCTTAAGTGCg > 1:1839555/1‑68 (MQ=255)aCCATCCCATTTATGACACGCTCTCAAGCCTTGCGTGGAAAATCCCTGGCGGCGGTCGCTTAAGTGCg > 1:1793566/1‑68 (MQ=255) cccATTTATGACACGCTCTCAAGCCTTGCGTGGAAAATCCCTGGCGGCGGTCGCTTAAGTGCAATGGGAct > 1:878082/1‑71 (MQ=255) ccATTTATGACACGCTCTCAAGCCTTGCGTGGAAAATCCCTGGCGGCGGTCGCTTAAGTGCGATGGGActg > 1:1822284/1‑71 (MQ=255) tttATGACACGCTCTCAAGCCTTGCGTGGAAAATCCCTGGCGGCGGTCGCTTAAGTGCAATGGGActgct > 1:175161/1‑70 (MQ=255) cacGCTCTCAAGCCTTGCGTGGAAAATCCCTGGCGGCGGTCGCTTAAGTGCGATGGGActgct < 1:3296506/63‑1 (MQ=255) cacGCTCTCAAGCCTTGCGTGGAAAATCCCTGGCGGCGGTCGCTTAAGTGCGATGGGActgct < 1:3733957/63‑1 (MQ=255) cacGCTCTCAAGCCTTGCGTGGAAAATCCCTGGCGGCGGTCGCTTAAGTGCAATGGGACTGCTGATGTTg > 1:527165/1‑70 (MQ=255) cacGCTCTCAAGCCTTGCGTGGAAAATCCCTGGCGGCGGTCGCTTAAGTGCAATGGGACTGCTGATGTTg > 1:1695943/1‑70 (MQ=255) cGCTCTCAAGCCTTGCGTGGAAAATCCCTGGCGGCGGTCGCTTAAGTGCAATGGGACTGCTGATGTTGGCg < 1:2946626/71‑1 (MQ=255) cGCTCTCAAGCCTTGCGTGGAAAATCCCTGGCGGCGGTCGCTTAAGTGCAATGGGACTGCTGATGTTGGCg < 1:2742580/71‑1 (MQ=255) cGCTCTCAAGCCTTGCGTGGAAAATCCCTGGCGGCGGTCGCTTAAGTGCAATGGGACTGCTGATGTTGGCg < 1:764837/71‑1 (MQ=255) ctcAAGCCTTGCGTGGAAAATCCCTGGCGGCGGTCGCTTAAGTGCAATGGGACTGCTGa < 1:2192372/59‑1 (MQ=255) tcAAGCCTTGCGTGGAAAATCCCTGGCGGCGGTCGCTTAAGTGCGATGGGACTGCTGATGt < 1:3058883/61‑1 (MQ=255) tcAAGCCTTGCGTGGAAAATCCCTGGCGGCGGTCGCTTAAGTGCAATGGGACTGCTGATGTTGGCggtggt > 1:878246/1‑71 (MQ=255) tcAAGCCTTGCGTGGAAAATCCCTGGCGGCGGTCGCTTAAGTGCAATGGGACTGCTGATGTTGGCggtggt > 1:576359/1‑71 (MQ=255) tcAAGCCTTGCGTGGAAAATCCCTGGCGGCGGTCGCTTAAGTGCAATGGGACTGCTGATGTTGGCggtgga > 1:3639953/1‑70 (MQ=255) aaGCCTTGCGTGGAAAATCCCTGGCGGCGGTCGCTTAAGTGCGATGGGACTGCTGATGTTGGCggtggttg > 1:1506334/1‑69 (MQ=255) aaGCCTTGCGTGGAAAATCCCTGGCGGCGGTCGCTTAAGTGCAATGGGACTGCTGATGTTGGCggtgg < 1:2020793/68‑1 (MQ=255) aGCCTTGCGTGGAAAATCCCTGGCGGCGGTCGCTTAAGTGCAATGGGACTGCTGATGTTGGc > 1:462401/1‑62 (MQ=255) aGCCTTGCGTGGAAAATCCCTGGCGGCGGTCGCTTAAGTGCAATGGGACTGCTGATGTTGGc > 1:2019677/1‑62 (MQ=255) aGCCTTGCGTGGAAAATCCCTGGCGGCGGTCGCTTAAGTGCAATGGGACTGCTGATGTTGGCggtggtggt > 1:700244/1‑71 (MQ=255) tGCGTGGAAAATCCCTGGCGGCGGTCGCTTAAGTGCAATGGGACTGCTGATGTTGGCggttg < 1:2404344/62‑3 (MQ=255) cGTGGAAAATCCCTGGCGGCGGTCGCTTAAGTGCAATGGGACTGCTGATGTTGGCGGTGGTGGTTATCgg < 1:917978/70‑1 (MQ=255) aaaTCCCTGGCGGCGGTCGCTTAAGTGCGATGGGACTGCTGATGTTGGCGGTGGTGGTTATCGGCATATTc < 1:3157220/71‑1 (MQ=255) tGGCGGCGGTCGCTTAAGTGCGATGGGACTGCTGATGTTGGCGGTGGTGGTTATCGGCATATTCCTcgcg > 1:846969/1‑70 (MQ=255) tGGCGGCGGTCGCTTAAGTGCGATGGGACTGCTGATGTTGGCGGTGGTGGTTATCGGCATATTCCTcgcg > 1:989968/1‑70 (MQ=255) ggcggcGGTCGCTTAAGTGCGATGGGACTGCTGATGTTGGCggt > 1:711878/1‑44 (MQ=255) gcggcgGTCGCTTAAGTGCGATGTGACTGCTGATGTTGGCGGTGGTGGTTATCGGCATATTCCTCGCGCa < 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gTGCGATGGGACTGCTGATGTTGGCGGTGGTGGTTATCGGCATATTCCTCGCGCATCGTACCCGTTTTgg > 1:2991634/1‑70 (MQ=255) cGATGGGACTGCTGATGTTGGCGGTGGTGGTTATCGGCATATTCCTCGCGCAt < 1:1238958/53‑1 (MQ=255) gATGGGACTGCTGATGTTGGCGGTGGTGGTTATCGGc < 1:399974/37‑1 (MQ=255) gATGGGACTGCTGATGTTGGCGGTGGTGGTTATCGGc < 1:2925366/37‑1 (MQ=255) | ACCATCCCATTTATGACACGCTCTCAAGCCTTGCGTGGAAAATCCCTGGCGGCGGTCGCTTAAGTGCGATGGGACTGCTGATGTTGGCGGTGGTGGTTATCGGCATATTCCTCGCGCATCGTACCCGTTTTGG > Exported/2895391‑2895523 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |