| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | Exported | 2,970,436 | C→T | 5.2% | *215* (TGA→TAA) | ytjB ← | conserved hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | Exported | 2,970,436 | 0 | C | T | 5.2% | 254.6 / 2.9 | 77 | *215* (TGA→TAA) | ytjB | conserved hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (35/38); new base T (2/2); total (37/40) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.13e-01 | |||||||||||
GGGTCGTAAGAGTCAGAGATGAGCAGGCGTAATGTGGACATAACGATTTCCTTTCTTGTAGTAATGGGTCACTCTTTTTTCTCGCTTTCTTCCTCTTCCGGCACCGGTTTGCTGGCGGTTAACAGGAAGGGCGATTGCT > Exported/2970367‑2970505 | gggTCGTAAGAGTCAGAGATGAGCAGGCGTAATGTGGACATAACGATTTCCTTTCTTGTAGTAATGGGTCa > 1:3543162/1‑71 (MQ=255) gTCGTAAGAGTCAGAGATGAGCAGGCGTAATGTGGACATAACGATTTCCTTTCTTGTAGTAATGGGTCAct < 1:523620/71‑1 (MQ=255) gTAAGAGTCAGAGATGAGCAGGCGTAATGTGGACATAACGATTTCCTTTCTTGTAGTAATGGGTCACTCtt > 1:3379224/1‑71 (MQ=255) gTAAGAGTCAGAGATGAGCAGGCGTAATGTGGACATAACGATTTCCTTTCTTGTAGTAATGGGTCACTCtt > 1:3389937/1‑71 (MQ=255) gTAAGAGTCAGAGATGAGCAGGCGTAATGTGGACATAACGATTTCCTTTCTTGTAGTAATGGGTCACTCtt < 1:1270281/71‑1 (MQ=255) tAAGAGTCAGAGATGAGCAGGCGTAATGTGGACATAACGATTTCCTTTCTTGTAGTAATGGGTCACTCttt < 1:2872381/71‑1 (MQ=255) agagTCAGAGATGAGCAGGCGTAATGTGGACATAACGATTTCCTTTCTTGTAGTAATGGGTCACTCttttt > 1:3246364/1‑71 (MQ=255) agagTCAGAGATGAGCAGGCGTAATGTGGACATAACGATTTCCTTTCTTGTAGTAATGGGTCACTCttttt < 1:432592/71‑1 (MQ=255) agagTCAGAGATGAGCAGGCGTAATGTGGACATAACGATTTCCTTTCTTGTAGTAATGGGTCACTCtttt < 1:2111179/70‑1 (MQ=255) agagTCAGAGATGAGCAGGCGTAATGTGGACATAACGATTTCCTTTCTTGTAGTAATGGGTCACTCtttt < 1:369806/70‑1 (MQ=255) agagTCAGAGATGAGCAGGCGTAATGTGGACATAACGATTTCCTTTCTTGTAGAAATGGGTCACTCttttt > 1:3693587/1‑71 (MQ=255) gagTCAGAGATGAGCAGGCGTAATGTGGACATAACGATTTCCTTTCTTGTAGTAATGGGTCACTCtttttt < 1:3376870/71‑1 (MQ=255) gagTCAGAGATGAGCAGGCGTAATGTGGACATAACGATTTCCTTTCTTGTAGTAATGGGTCACTCtttttt < 1:2173011/71‑1 (MQ=255) agTCAGAGATGAGCAGGCGTAATGTGGACATAACGATTTCCTTTCTTGTAGTAATGGGTCACTCTTTTTtc < 1:2353343/71‑1 (MQ=255) tCAGAGATGAGCAGGCGTAATGTGGACATAACGATTTCCTTTCTTGTAGTAATGGGTCACTCTTTTTtctc > 1:718214/1‑71 (MQ=255) cAGAGATGAGCAGGCGTAATGTGGACATAACGATTTCCTTTCTTGTAGTAATGGGTCACTCTTTTTTCTCg > 1:1785217/1‑71 (MQ=255) gCAGGCGTAATGTGGACATAACGATTTCCTTTCTTGTAGTAATGGGTCACTCTTTTTTCTCGCTttcttc < 1:2905368/70‑1 (MQ=255) gCAGGCGTAATGTGGACATAACGATTTCCTTTCTTGTAGTAATGGGTCACTCTTTTTTCTCGCTTtcttcc > 1:1113983/1‑71 (MQ=255) gCAGGCGTAATGTGGACATAACGATTTCCTTTCTTGTAGTAATGGGTCACTCTTTTTTCTCGCTTtcttcc > 1:2156747/1‑71 (MQ=255) aGGCGTAATGTGGACATAACGATTTCCTTTCTTGTAGTAATGGGTTACTCTTTTTTCTCGCTTtcttcctc > 1:18539/1‑71 (MQ=255) aGGCGTAATGTGGACATAACGATTTCCTTTCTTGTAGTAATGGGTCACTCttttt < 1:1431815/55‑1 (MQ=255) aGGCGTAATGTGGACATAACGATTTCCTTTCTTGTAGTAATGGGTCACTCttttt < 1:1056992/55‑1 (MQ=255) gCGTAATGTGGACATAACGATTTCCTTTCTTGTAGTAATGGGTCACTCTTTTTTCTCGCTTtcttcctctt > 1:2242470/1‑71 (MQ=255) gCGTAATGTGGACATAACGATTTCCTTTCTTGTAGTAATGGGTCACTCTTTTTTCTCGCTTtcttcctctt > 1:2101099/1‑71 (MQ=255) cGTTATGTCCACATTACGATTTCCTTTCTTGTAGTAATGGGTCActct > 1:1283030/1‑48 (MQ=25) gTAATGTGGACATAACGATTTCCTTTCTTGTAGTAATGGGTCACTCtttt < 1:1874504/50‑1 (MQ=255) gTAATGTGGACATAACGATTTCCTTTCTTGTAGTAATGGGTCACTCtttt < 1:3677738/50‑1 (MQ=255) gTAATGTGGACATAACGATTTCCTTTCTTGTAGTAATGGGTCACTCTTTTTTCTCGCTTtcttcctcttcc < 1:1500661/71‑1 (MQ=255) gTAATGTGGACATAACGATTTCCTTTCTTGTAGTAATGGGTCACTCTTTTTTCTCGCTTtcttcctcttcc < 1:3546648/71‑1 (MQ=255) gTAATGTGGACATAACGATCTCCTTTCTTGTAGTAATGGGTCACTCTTTTTTCTCGCTTtcttcctcttcc < 1:1084611/71‑1 (MQ=255) aTGTGGACATAACGATTTCCTTTCTTGTAGTAATGGGTCa > 1:833348/1‑40 (MQ=255) aTGTGGACATAACGATTTCCTTTCTTGTAGTAATGGGTCa > 1:451570/1‑40 (MQ=255) aTGTGGACATAACGATTTCCTTTCTTGTAGTAATGGGTCa > 1:1742688/1‑40 (MQ=255) aTGTGGACATAACGATTTCCTTTCTTGTAGTAATGGGTCACTCTTTTTTCTCGCTTTCTTCCTCTTCCgg < 1:1562322/70‑1 (MQ=255) tgtgGACATAACGATTTCCTTTCTTGTAGTAATGGGTCACTCtttt < 1:1273267/46‑1 (MQ=255) tgtgGACATAACGATTTCCTTTCTTGTAGTAATGGGTCACTCtttt < 1:2551457/46‑1 (MQ=255) ggACATAACGATTTCCTTTCTTGTAGTAATGGGTCACTCTTTTTTCTCGCTTTCTTCCTCTTCCGGCACCg > 1:2603381/1‑71 (MQ=255) gACATAACGATTTCCTTTCTTGTAGTAATGGGTTACTCTTTTTTCTCGCTTTCTTCCTCTTCCGGCACCg < 1:2276969/70‑1 (MQ=255) gACATAACGATTTCCTTTCTTGTAGTAATGGGTTACTCTTTTTTCTCGCTTTCTTCCTCTTCCGGCACCg < 1:1275819/70‑1 (MQ=255) aCATAACGATTTCCTTTCTTGTAGTAATGGGTCACTCTTTTTTCTCGCTTTCTTCCTCTTCCGGCACCGGt > 1:2031376/1‑71 (MQ=255) cATAACGATTTCCTTTCTTGTAGTAATGGGTCACTCTTTTTTCTCGCTTTCTTCCTCTTCCGGCACCGGtt > 1:2077889/1‑71 (MQ=255) cATAACGATTTCCTTTCTTGTAGTAATGGGTCACTCGTTTTtc < 1:7697/43‑1 (MQ=255) aTAACGATTTCCTTTCTTGTAGTAATGGGTCACTCTTTTTTCTCGCTTTCTTCCTCTTCCGGCACCGGttt > 1:3466343/1‑71 (MQ=255) aTAACGATTTCCTTTCTTGTAGTAATGGGTCACTCTTTTTTCTCGCTTTCTTCCTCTTCCGGCACCGGttt > 1:938925/1‑71 (MQ=255) aaCGATTTCCTTTCTTGTAGTAATGGGTCACTCTTTTTTCTCGCTTtcttcctct > 1:2692687/1‑55 (MQ=255) aCGATTTCCTTTCTTGTAGTAATGGGTCACTCTTTTTTCTCGCTTTCTTCCTCTTCCgg > 1:835932/1‑59 (MQ=255) aCGATTTCCTTTCTTGTAGTAATGGGTCACTCTTTTTTCTCGCTTTCTTCCTCTTCCgg > 1:606271/1‑59 (MQ=255) aCGATTTCCTTTCTTGTAGTAATGGGTCACTCTTTTTTCTCGCTTTCTTCCTCTTCCGGCACCGGTTTg < 1:3395137/69‑1 (MQ=255) cGATTTCCTTTCTTGTAGTAATGGGTCACTCTTTTTTCTCGCTTTCTTCCTCTTCCGGCACCGGTTTGCTg < 1:17598/71‑1 (MQ=255) gATTTCCTTTCTTGTAGTAATGGGTCACTCTTTTTTCTCGCTttct < 1:3131190/46‑1 (MQ=255) aTTTCCTTTCTTGTAGTAATGGGTCACTCTTTTTTCTCGCTTTCTTCCTCTTCCGGCACCGGTTTGCTGGc < 1:1948020/71‑1 (MQ=255) tttCCTTTCTTGTAGTAATGGGTCACTCTTTTTTCTCGCTTTCTTCCTCTTCCGGCACCGGTTTGCTgg > 1:248449/1‑69 (MQ=255) ttCCTTTCTTGTAGTAATGGGTCACTCTTTTTTCTCGCtt > 1:3409091/1‑40 (MQ=255) ttCCTTTCTTGTAGTAATGGGTCACTCTTTTTTCTCGCtt > 1:1029020/1‑40 (MQ=255) ttCCTTTCTTGTAGTAATGGGTCACTCTTTTTTCTCGCtt > 1:3061958/1‑40 (MQ=255) ttCCTTTCTTGTAGTAATGGGTCACTCTTTTTTCTCGCtt > 1:1641694/1‑40 (MQ=255) cTTTCTTGTAGTAATGGGTCACTCTTTTTTCTCGCTTTCTTCCTCTTCCGGCACCGGTTTGCTGGCGGTTa < 1:3042172/71‑1 (MQ=255) cTTTCTTGTAGTAATGGGTCACTCTTTTTTCTCGCTTTCTTCCTCTTCCGGCACCGGTTTGCTGGCGGTTa < 1:215353/71‑1 (MQ=255) ttCTTGTAGTAATGGGTCACTCTTTTTTCTCGCTttct > 1:1015101/1‑38 (MQ=255) ttCTTGTAGTAATGGGTCACTCTTTTTTCTCGCTTTCTTCCTCTTCCGGCACCGGTTTGCTGGCGGTTaa > 1:614100/1‑70 (MQ=255) ttCTTGTAGTAATGGGTCACTCTTTTTTCTCGCTTTCTTCCTCTTACGGCACCGGTTTGCTGGCGGTTaa > 1:1415023/1‑70 (MQ=255) tCTTGTAGTAATGGGTCACTCTTTTTTCTCGCTTTCTTCCTCTTCCGGCACCGGTTTGCTg < 1:2939323/61‑1 (MQ=255) tCTTGTAGTAATGGGTCACTCTTTTTTCTCGCTTTCTTCCTCTTCCGGCACCGGTTTGCTGGCGGTTaa < 1:2293234/69‑1 (MQ=255) cTTGTAGTAATGGGTCACTCTTTTTTCTCGCTTTCTTCCTCTTCCGGCACCGGTTTGCTGGCGGTTAACa < 1:1978810/70‑1 (MQ=255) tGTAGTAATGGGTTACTCTTTTTTCTCGCTTTCTTCCTCTTCCGGCACCGGTTTGCTGGCGGTTAACAgg > 1:403746/1‑70 (MQ=255) gtagtaATGGGTCACTCTTTTTTCTCGCTTTCTTCCTCTTCCGGCACCGGTTTGCTGGCGGTTAACAgg > 1:1433659/1‑69 (MQ=255) tagtaATGGGTCACTCTTTTTTCTCGCTTTCTTCCTCTTCCGGCACCGGTTTGCTGGCGGTTAACAGGAAg < 1:320535/71‑1 (MQ=255) tagtaATGGGTCACTCTTTTTTCTCGCTTTCTTCCTCTTCCGGCACCGGTTTGCTGGCGGTTAACAGGAAg < 1:2123921/71‑1 (MQ=255) gtaATGGGTCACTCTTTTTTCTCGCTTTCTTCCTCTTCCGGCACCGGTTTGCTGGCGGTTaa < 1:3196268/62‑1 (MQ=255) taATGGGTCACTCTTTTTTCTCGCTTTCTTCCTCTTCCGGCACCGGTTTGCTGGCGGTTAACAGGAAGGGc > 1:497239/1‑71 (MQ=255) aTGGGTCACTCTTTTTTCTCGCTTTCTTCCTCTTCCGGCACCGGTTTGCTGGCGGTTAACAGGAAGGGCg < 1:939157/70‑1 (MQ=255) aTGGGTCACTCTTTTTTCTCGCTTTCTTCCTCTTCCGGCACCGGTTTGCTGGCGGTTAACAGGAAGGGCg < 1:1212450/70‑1 (MQ=255) aTGGGTCACTCTTTTTTCTCGCTTTCTTCCTCTTCCGGCACCGGTTTGCTGGCGGTTAACAGGAAGGGCGa > 1:176739/1‑71 (MQ=255) tGGGTCACTCTTTTTTCTCGCTTTCTTCCTCTTCCGGCACCGGTTTGCTGGCGGTTAACAGGAAGGGCGAt < 1:3239101/71‑1 (MQ=255) tCACTCTTTTTTCTCGCTTTCTTCCTCTTCCGGCACCGGTTTGCTGGCGGTTAAc > 1:3269823/1‑55 (MQ=255) tCACTCTTTTTTCTCGCTTTCTTCCTCTTCCGGCACCGGTTTGCTGGCGGTTAACAGGAAGGGCGATtgct < 1:2959337/71‑1 (MQ=255) tCACTCTTTTTTCTCGCTTTCTTCCTCTTCCGGCACCGGTTTGCTGGCGGTTAACAGGAAGGGCGATtgct < 1:2596806/71‑1 (MQ=255) | GGGTCGTAAGAGTCAGAGATGAGCAGGCGTAATGTGGACATAACGATTTCCTTTCTTGTAGTAATGGGTCACTCTTTTTTCTCGCTTTCTTCCTCTTCCGGCACCGGTTTGCTGGCGGTTAACAGGAAGGGCGATTGCT > Exported/2970367‑2970505 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |