| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | Exported | 638,168 | T→A | 6.0% | D141E (GAT→GAA) | ycbB → | predicted carboxypeptidase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | Exported | 638,168 | 0 | T | A | 6.0% | 242.3 / 6.1 | 83 | D141E (GAT→GAA) | ycbB | predicted carboxypeptidase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (43/35); new base A (2/3); total (45/38) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.56e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.06e-01 | |||||||||||
ACAGCTGGCAGAGGTGGCGATTGCCGGTTTCCAGCCGCAGTTTAATAAATGGGTAGAGTTACTGACCGATCCTGGTGTTAACGGGATGGCACGCGACGTGGTGCTCTCTGATGCGATGATGGGCTATCTCCATTTCATTG > Exported/638099‑638238 | aCAGCTGGCAGAGGTGGCGATTGCCGGTTTCCAGCCGCAGTTTAATAAATGGGTAGAGTTACTGACCGATc > 1:3191807/1‑71 (MQ=255) cAGCTGGCAGAGGTGGCGATTGCCGGTTTCCAGCCGCAGTTTAATAAATGGGTAGAGTTACTGACCGATcc < 1:1026154/71‑1 (MQ=255) cTGGCAGAGGTGGCGATTGCCGGTTTCCAGCCGCAGTTTAATAAATGGGTAGAGTTACTGACCGATCCTgg > 1:75916/1‑71 (MQ=255) gCAGAGGTGGCGATTGCCGGTTTCCAGCCGCAGTTTAATAAATGGGTAGAGTTACTGACCGATCCTGgtgt > 1:26921/1‑71 (MQ=255) cAGAGGTGGCGATTGCCGGTTTCCAGCCGCAGTTTAATAAATGGGTAGAGTTACTGACCGATCCTGGTGtt < 1:3621181/71‑1 (MQ=255) agagGTGGCGATTGCCGGTTTCCAGCCGCAGTTTAATAAATGGGTAGAGTTACTGACCGATCCTGGTGtt > 1:1118174/1‑70 (MQ=255) agagGTGGCGATTGCCGGTTTCCAGCCGCAGTTTAATAAATGGGTAGAGTTACTGACCGATCCTGGTGtt > 1:687747/1‑70 (MQ=255) agagGTGGCGATTGCCGGTTTCCAGCCGCAGTTTAATAAATGGGTAGAGTTACTGACCGATCCTGGTGTTa < 1:2110291/71‑1 (MQ=255) agagGTGGCGATTGCCGGTTTCCAGCCGCAGTTTAATAAATGGGTAGAGTTACTGACCGATCCTGGTGTTa < 1:2114550/71‑1 (MQ=255) agGTGGCGATTGCCGGTTTCCAGCCGCAGTTTAATAAATGGGTAGAGTTACTGACCGATCCTGGTGTTAAc > 1:731058/1‑71 (MQ=255) agGTGGCGATTGCCGGTTTCCAGCCGCAGTTTAATAAATGGGTAGAGTTACTGACCGAACCTGGTGTTAAc < 1:2926793/71‑1 (MQ=255) ggTGGCGATTGCCGGTTTCCAGCCTCAGTTTAATAAATGGGTAGAGTTACTGACCGATCCTGGTGTTAACg < 1:3178462/71‑1 (MQ=255) tGGCGATTGCCGGTTTCCAGCCGCAGTTTAATAAATGGGTAGAGTTACTGACCGATCCTGGTGTTAACggg < 1:1043267/71‑1 (MQ=255) tGGCGATTGCCGGTTTCCAGCCGCAGTTTAATAAATGGGTAGAGTTACTGACCGATCCTGGTGTTAACggg < 1:1047503/71‑1 (MQ=255) gATTGCCGGTTTCCAGCCGCAGTTTAATAAATGGGTAGAGTTACTGACCGATCCTGGTGGTAACGGGATgg > 1:2981477/1‑71 (MQ=255) aTTGCCGGTTTCCAGCCGCAGTTTAATAAATGGGTAGAGTTACTGACCGATCCTGGTGTTAACGGGATgg > 1:2733007/1‑70 (MQ=255) ttGCCGGTTTCCAGCTGCAGTTTAATAAATGGGTAGAGTTACTGACCGATCCTGGTGTTAAc < 1:3696303/62‑1 (MQ=255) tGCCGGTTTCCAGCCGCAGTTTAATAAATGGGTAGAGTTACTGACCGATCCTGGTGTTAACGGGa > 1:3168847/1‑65 (MQ=255) 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1:521488/1‑71 (MQ=255) tACTGACCGATCCTGGTGTTAACGGGATGGCACGCGACGTGGTGCTCTCTGATGCGATGATGGGCTAtctc > 1:1529245/1‑71 (MQ=255) aCTGACCGATCCTGGTGTTAACGGGATGGCACGCGAc > 1:3735539/1‑37 (MQ=255) aCTGACCGATCCTGGTGTTAACGGGATGGCACGCGACGTGGTGCTCTCTGATGCGATGATGGGCTAtctc > 1:2857700/1‑70 (MQ=255) aCTGACCGATCCTGGTGTTAACGGGATGGCACGCGACGTGGTGCTCTCTGATGCGATGATGGGCTAtct > 1:1468093/1‑69 (MQ=255) cGATCCTGGTGTTAACGGGATGGCAGGCGACGTGGTGCTCTCTGATGCGATGATGGGCTATCTCCATTTCa > 1:171557/1‑71 (MQ=255) cGATCCTGGTGTTAACGGGATGGCACGCGACGTGGTGCTCTCTGATGCGATGATGGGCTATCTCCATTTCa > 1:688889/1‑71 (MQ=255) cGATCCTGGTGTTAACGGGATGGCACGCGACGTGGTGCTCTCTGATGCGATGATGGGCTATCTCCATTTCa > 1:2204862/1‑71 (MQ=255) aTCCTGGTGTTAACGGGATGGCACGCGACGTGGTGCTCTCTGATGCgat < 1:1086082/49‑1 (MQ=255) aTCCTGGTGTTAACGGGATGGCACGCGACGTGGTGCTCTCTGATGCgat < 1:3275434/49‑1 (MQ=255) aTCCTGGTGTTAACGGGATGGCACGCGACGTGGTGCTCTCTGATGCgat < 1:3047324/49‑1 (MQ=255) aTCCTGGTGTTAACGGGATGGCACGCGACGTGGTGCTCTCTGATGCGATGATGGGCTATCTCCATTTCAtt > 1:646071/1‑71 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |