Predicted mutation
evidence	seq id	position	mutation	freq	annotation	gene	description
RA	Exported	807,688	C→A	8.0%	G160V (GGC→GTC)	ycgV ←	predicted adhesin

Read alignment evidence...
	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	Exported	807,688	0	C	A	8.0%	329.2 / 9.0	99	G160V (GGC→GTC)	ycgV	predicted adhesin
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base C (35/56);  new base A (3/5);  total (38/61)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.37e-01

CTATACCGTTCGAGTTTTCAATGGTGAATTGAGTGGCTGTTAGTGTTGAGCTATGCCCAATAATGATGCCGTCATCGTTACTCTTAATGGTGCTGCCTGTGCCTAAGTCAGCATGGGTATAGTCACCAATTAAGTTA  >  Exported/807620‑807756                                                                     |                                                                     cTATACCGTTCGAGTTTTCAATGGTGAATTGAGTGGCTGTTAGTGTTGAGCTATGCCCAATAATGATGCCg                                                                    >  1:1016523/1‑71 (MQ=255) cTATACCGTTCGAGTTTTCAATGGTGAATTGAGTGGCTGTTAGTGTTGAGCTATGCCCAATAATGATGCCg                                                                    >  1:873827/1‑71 (MQ=255)  tataCCGTTCGAGTTTTCAATGGTGAATTGAGTGGCTGTTAGTGTTGAGCTATGCCCAATAATGATGCCGt                                                                   >  1:403149/1‑71 (MQ=255)  tataCCGTTCGAGTTTTCAATGGTGAATTGAGTGGCTGTTAGTGTTGAGCTATGCCCAATAATGATGCCGt                                                                   >  1:260902/1‑71 (MQ=255)      ccGTTCGAGTTTTCAATGGTGAATTGAGTGGCTGTTAGTGTTGAGCTATGCCCAATAATGATGCCGTCATc                                                               <  1:3507751/71‑1 (MQ=255)       cGTTCGAGTTTTCAATGGTGAATTGAGTGGCTGTTAGTGTTGAGCTATGCCCAATAATGATGCCGTCATCg                                                              <  1:2479003/71‑1 (MQ=255)       cGTTCGAGTTTTCAATGGTGAATTGAGTGGCTGTTAGTGTTGAGCTATGCCCAATAATGATGCCGTCATCg                                                              <  1:226696/71‑1 (MQ=255)         ttCGAGTTTTCAATGGTGAATTGAGTGGCTGTTAGTGTTGAGCTATGCCCAATAATGATGCCGTCATCGt                                                             >  1:139003/1‑70 (MQ=255)           cGAGTTTTCAATGGTGAATTGAGTGGCTGTTAGTGTTGAGCTATGCCCAATAATGATGCCGTCATCGTTAc                                                          >  1:3724009/1‑71 (MQ=255)           cGAGTTTTCAATGGTGAATTGAGTGGCTGTTAGTGTTGAGCTATGCCCAATAATGATGCCGTCATCGTTAc                                                          >  1:3471294/1‑71 (MQ=255)            gAGTTTTCAATGGTGAATTGAGTGGCTGTTAGTGTTGAGCTATGCCCAATAATGATGCCGTCATCGTTa                                                           <  1:3637044/69‑1 (MQ=255)            gAGTTTTCAATGGTGAATTGAGTGGCTGTTAGTGTTGAGCTATGCCCAATAATGATGCCGTCATCGTTAct                                                         >  1:470600/1‑71 (MQ=255)            gAGTTTTCAATGGTGAATTGAGTGGCTGTTAGTGTTGAGCTATGCCCAATAATGATGCCGTCATCGTTAct                                                         >  1:2627455/1‑71 (MQ=255)             aGTTTTCAATGGTGAATTGAGTGGCTGTTAGTGTTGAGCTATGCCCAATAATGATGCCGTCATCGTTActc                                                        >  1:1566993/1‑71 (MQ=255)                 ttCAATGGTGAATTGAGTGGCTGTTAGTGTTGAGCTATGCCCAATAATGATGCCGTCATCGTTACTCTTa                                                     <  1:860418/70‑1 (MQ=255)                      tGGTGAATTGAGTGGCTGTTAGTGTTGAGCTATGCCCAATAATGATGCCg                                                                    >  1:3051739/1‑50 (MQ=255)                      tGGTGAATTGAGTGGCTGTTAGTGTTGAGCTATGCCCAATAATGATGCCGTCATCGTTActct                                                       >  1:2925676/1‑63 (MQ=255)                        gTGAATTGAGTGGCTGTTAGTGTTGAGCTATGCCCAATAATGATGCCGTCATCGTTACTCTTAATGGtgct                                             <  1:2927685/71‑1 (MQ=255)                           aaTTGAGTGGCTGTTAGTGTTGAGCTATGCCCAATAATGATGc                                                                      >  1:731160/1‑43 (MQ=255)                           aaTTGAGTGGCTGTTAGTGTTGAGCTATGCCCAATAATGATGCCGTCATCGTTACTCTTAATGGtgctgc                                           <  1:1581840/70‑1 (MQ=255)                           aaTTGAGTGGCTGTTAGTGTTGAGCTATGCCCAATAATGATGCCGTCATCGTTACTCTTAATGGTGCTGcc                                          >  1:2843910/1‑71 (MQ=255)                           aaTTGAGTGGCTGTTAGTGTTGAGCTATGCCCAATAATGATGCCGTCATCGTTACTCTTAATGGTGCTGcc                                          >  1:809672/1‑71 (MQ=255)                           aaTTGAGTGGCTGTTAGTGTTGAGCTATGCCCAATAATGATGCCGTCATCGTTACTCTTAATGGTGCTGcc                                          >  1:3165705/1‑71 (MQ=255)                           aaTTGAGTGGCTGTTAGTGTTGAGCTATGCCCAATAATGATGCCGTCATCGTTACTCTTAATGGTGCTGcc                                          >  1:2402953/1‑71 (MQ=255)                            aTTGAGTGGCTGTTAGTGTTGAGCTATGCCCAATAATGATGCCGTCATCGTTACTCTTAATGGTGCTGCCt                                         >  1:1409049/1‑71 (MQ=255)                             ttGAGTGGCTGTTAGTGTTGAGCTATGCCCAATAATGATGCCGTCATCGTTACTCTTAATg                                                  <  1:1754821/61‑1 (MQ=255)                             ttGAGTGGCTGTTAGTGTTGAGCTATGCCCAATAATGATGCCGTCATCGTTACTCTTAATg                                                  <  1:2424182/61‑1 (MQ=255)                             ttGAGTGGCTGTTAGTGTTGAGCTATGCCCAATAATGATGCCGTCATCGTTACTCTTAATg                                                  <  1:3446776/61‑1 (MQ=255)                             ttGAGTGGCTGTTAGTGTTGAGCTATGCCCAATAATGATGCCGTCATCGTTACTCTTAATGGTGCTGCCtg                                        >  1:3497968/1‑71 (MQ=255)                             ttGAGTGGCTGTTAGTGTTGAGCTATGCCCAATAATGATGCCGTCATCGTTACTCTTAATGGTGCTGCCtg                                        <  1:2480997/71‑1 (MQ=255)                             ttGAGTGGCTGTTAGTGTTGAGCTATGCCCAATAATGATGCCGTCATCGTTACTCTTAATGGTGCTGCCtg                                        >  1:1982227/1‑71 (MQ=255)                               gAGTGGCTGTTAGTGTTGAGCTATGCCCAATAATGATGCCGTCATCGTTACTCTTAATGGt                                                >  1:42787/1‑61 (MQ=255)                                aGTGGCTGTTAGTGTTGAGCTATGCCCAATAATGATGCCGTCATCGTTACTCTTAATGGTGCTGCCtgtg                                      <  1:935409/70‑1 (MQ=255)                                  tGGCTGTTAGTGTTGAGCTATGCCCAATAATGATGCCGTCATCGTTACTCTTAATGGTGCTGCCTGTGcc                                    >  1:1654418/1‑70 (MQ=255)                                    gCTGTTAGTGTTGAGCTATGCCCAATAATGATGCCGTCATCGTTACTCTTAATGGTGCTGCCTGTGc                                     <  1:2610134/67‑1 (MQ=255)                                    gCTGTTAGTGTTGAGCTATGCCCAATAATGATGCCGTCATCGTTACTCTTAATGGTGCTGCCTGTGc                                     <  1:2975246/67‑1 (MQ=255)                                      tGTTAGTGTTGAGCTATGCCCAATAATGATGCCGTc                                                                  <  1:3621142/36‑1 (MQ=255)                                      tGTTAGTGTTGAGCTATGCCCAATAATGATGCCGTCATCGTTACTCTTAATGGTGCTGCCTGTGCCTAAGt                               >  1:3155486/1‑71 (MQ=255)                                       gTTAGTGTTGAGCTATGCCCAATAATGATGCCGTCATCGTTACTCTTAATGGTGCTGCCTGTGCCTAAGt                               >  1:3278673/1‑70 (MQ=255)                                       gTTAGTGTTGAGCTATGCCCAATAATGATGCCGTCATCGTTACTCTTAATGGTGCTGCCTGTGCCTAAGt                               >  1:1319387/1‑70 (MQ=255)                                        ttAGTGTTGAGCTATGCCCAATAATGATGCCGTCATCGTTACTCTTAATGGTGCTGCCTGTGCCTAAGt                               <  1:327500/69‑1 (MQ=255)                                        ttAGTGTTGAGCTATGCCCAATAATGATGCCGTCATCGTTACTCTTAATGGTGCTGCCTGTGCCTAAGt                               <  1:3063415/69‑1 (MQ=255)                                        ttAGTGTTGAGCTATGCCCAATAATGATGCCGTCATCGTTACTCTTAATGGTGCTGCCTGTGCCTAAGt                               <  1:1828049/69‑1 (MQ=255)                                        ttAGTGTTGAGCTATGCCCAATAATGATGCCGTCATCGTTACTCTTAATGGTGCTGCCTGTGCCTAAGTc                              <  1:971040/70‑1 (MQ=255)                                        ttAGTGTTGAGCTATGCCCAATAATGATGCCGTCATCGTTACTCTTAATGGTGCTGCCTGTGCCTAAGTCa                             <  1:1108911/71‑1 (MQ=255)                                           gtgtTGAGCTATGCCCAATAATGATGCCGTCATCGTTACTCTTAATGGTGCTGCCTGTGCCTAAGTCAGCa                          <  1:3323775/71‑1 (MQ=255)                                           gtgtTGAGCTATGCCCAATAATGATGCCGTCATCGTTACTCTTAATGGTGCTGCCTGTGCCTAAGTCAGCa                          <  1:603373/71‑1 (MQ=255)                                            tgtTGAGCTATGCCCAATAATGATGCCGTCATCGTTACTCTTAATGGTGCTGCCTGTGCCTAAGTCAGCa                          <  1:3244933/70‑1 (MQ=255)                                            tgtTGAGCTATGCCCAATAATGATGCCGTCATCGTTACTCTTAATGGTGCTGCCTGTGCCTAAGTCAGCa                          <  1:3592305/70‑1 (MQ=255)                                            tgtTGAGCTATGCCCAATAATGATGCCGTCATCGTTACTCTTAATGGTGCTGCCTGTGCCTAAGTCAGCa                          <  1:2147108/70‑1 (MQ=255)                                            tgtTGAGCTATGCCCAATAATGATGCCGTCATCGTTACTCTTAATGGTGCTGCCTGTGCCTAAGTCAGCa                          <  1:1960464/70‑1 (MQ=255)                                            tgtTGAGCTATGCCCAATAATGATGCCGTCATCGTTACTCTTAATGGTGCTGCCTGTGCCTAAGTCAGCa                          <  1:2740890/70‑1 (MQ=255)                                            tgtTGAGCTATGCCCAATAATGATGCCGTCATCGTTACTCTTAATGGTGCTGCCTGTGCCTAAGTCAGCAt                         <  1:395258/71‑1 (MQ=255)                                            tgtTGAGCTATGCCCAATAATGATGCCGTCATCGTTACTCTTAATGGTGCTGCCTGTGCCTAAGTCAGCAt                         <  1:1273963/71‑1 (MQ=255)                                                 aGCTATGCCCAATAATGATGCCGTCATCGTTACTCTTAATGGTGCTGCCTGTGCCTAAGTCAGCATGGGta                    >  1:363124/1‑71 (MQ=255)                                                 aGCTATGCCCAATAATGATGCCGTCATCGTTACTCTTAATGGTGCTGCCTGTGCCTAAGTCAGCATGGGta                    >  1:2376912/1‑71 (MQ=255)                                                     aTGCCCAATAATGATGCCGTCATCGTTACTCTTAATgg                                                 <  1:2318418/38‑1 (MQ=255)                                                     aTGCCCAATAATGATGCCGTCATCGTTACTCTTAATgg                                                 <  1:3028564/38‑1 (MQ=255)                                                     aTGCCCAATAATGATGCCGTCATCGTTACTCTTAATgg                                                 <  1:569319/38‑1 (MQ=255)                                                     aTGCCCAATAATGATGCCGTCATCGTTACTCTTAATGGTGCTGCCtgt                                       <  1:2911744/48‑1 (MQ=255)                                                     aTGCCCAATAATGATGCCGTCATCGTTACTCTTAATGGTGCTGCCtgt                                       <  1:3622234/48‑1 (MQ=255)                                                     aTGCCCAATAATGATGCCGTCATCGTTACTCTTAATGGTGCTGCCtgt                                       <  1:366329/48‑1 (MQ=255)                                                     aTGCCCAATAATGATGCCGTCATCGTTACTCTTAATGGTGCTGCCTGTGCCTaa                                 <  1:520951/54‑1 (MQ=255)                                                     aTGCCCAATAATGATGCCGTCATCGTTACTCTTAATGGTGCTGCCTGTGCCTaa                                 <  1:3208619/54‑1 (MQ=255)                                                      tGCCCAATAATGATGCCGTCATCGTTACTCTTAATGGTGCTGCCTGTGCCTAAGTCAGCATGGGTATAg                 <  1:1160094/69‑1 (MQ=255)                                                      tGCCCAATAATGATGCCGTCATCGTTACTCTTAATGGTGCTGCCTGTGCCTAAGTCAGCATGGGTATAg                 >  1:229893/1‑69 (MQ=255)                                                      tGCCCAATAATGATGCCGTCATCGTTACTCTTAATGGTGCTGCCTGTGCCTAAGTCAGCATGGGTATAGt                <  1:649613/70‑1 (MQ=255)                                                       gCCCAATAATGATGCCGTCATCGTTACTCTTAATGGTGCTGCCTGTGCCTAAGTCAGCATGGGTATAGTCa              >  1:2089145/1‑71 (MQ=255)                                                          cAATAATGATGCCGTCATCGTTACTCTTAATGGTGCTGCCTGTGCCTAAGTCAGCATGGGTATAGTCAcc            >  1:373053/1‑70 (MQ=255)                                                           aataatGATGCCGTCATCGTTACTCTTAATGGTGCTGCCTGTGCCTAAGTCAGCATGGGTATAGTCACCaa          <  1:1886305/71‑1 (MQ=255)                                                           aataatGATGCCGTCATCGTTACTCTTAATGGTGCTGCCTGTGCCTAAGTCAGCATGGGTATAGTCACCaa          >  1:2829219/1‑71 (MQ=255)                                                           aataatGATGCCGTCATCGTTACTCTTAATGGTGCTGCCTGTGCCTAAGTCAGCATGGGTATAGTCACCaa          >  1:1667053/1‑71 (MQ=255)                                                           aataatGATGCCGTCATCGTTACTCTTAATGGTGCTGCCTGTGCCTAAGTCAGCATGGGTATAGTCACCaa          >  1:2418968/1‑71 (MQ=255)                                                           aataatGATGCCGTCATCGTTACTCTTAATGGTGCTGCCTGTGCCTAAGTCAGCATGGGTATAGTCACCaa          >  1:2408698/1‑71 (MQ=255)                                                            ataatGATGCCGTCATCGTTACTCTTAATGGtgctgc                                           <  1:3048417/37‑1 (MQ=255)                                                            ataatGATGCCGTCATCGTTACTCTTAATGGtgctgc                                           <  1:1002204/37‑1 (MQ=255)                                                            ataatGATGCCGTCATCGTTACTCTTAATGGtgctgc                                           <  1:337050/37‑1 (MQ=255)                                                             taatGATGCCGTCATCGTTACTCTTAATGGTGCTGCCTGTGCCTAAGTCAg                            <  1:134954/51‑1 (MQ=255)                                                             taatGATGCCGTCATCGTTACTCTTAATGGTGCTGCCTGTGCCTAAGTCAg                            <  1:2172363/51‑1 (MQ=255)                                                             taatGATGCCGTCATCGTTACTCTTAATGGTGCTGCCTGTGCCTAAGTCAGCATGGGTATAGTCACCAAtt        <  1:256185/71‑1 (MQ=255)                                                             taatGATGCCGTCATCGTTACTCTTAATGGTGCTGCCTGTGCCTAAGTCAGCATGGGTATAGTCACCAAtt        <  1:586005/71‑1 (MQ=255)                                                             taatGATGCCGTCATCGTTACTCTTAATGGTGCTGCCTGTGCCTAAGTCAGCATGGGTATAGTCACCAAtt        <  1:3717245/71‑1 (MQ=255)                                                               atgatgCCGTCATCGTTACTCTTAATGGTGCTGCCTGTGCCTAAGTCAGCATGGGTATAGTCACCAAtt        <  1:1506802/69‑1 (MQ=255)                                                               atgatgCCGTCATCGTTACTCTTAATGGTGCTGCCTGTGCCTAAGTCAGCATGGGTATAGTCACCAATTa       <  1:3559238/70‑1 (MQ=255)                                                               atgatgCCGTCATCGTTACTCTTAATGGTGCTGCCTGTGCCTAAGTCAGCATGGGTATAGTCACCAATTa       <  1:3238801/70‑1 (MQ=255)                                                               acgatgACGGCATCATTACTCTTAATGGTGCTGCCTGTGCCTAAGTc                              <  1:2457699/45‑1 (MQ=25)                                                               acgatgACGGCATCATTACTCTTAATGGTGCTGCCTGTGCCTAAGTc                              <  1:2599803/45‑1 (MQ=25)                                                               acgatgACGGCATCATTACTCTTAATGGTGCTGCCTGTGCCTAAGTc                              <  1:3584317/45‑1 (MQ=25)                                                                 gatgACGGCATCATTACTCTTAATGGTGCTGCCTGTGCCTAAGTc                              <  1:3383892/45‑1 (MQ=37)                                                                 gatgACGGCATCATTACTCTTAATGGTGCTGCCTGTGCCTAAGTCAg                            >  1:1155960/1‑47 (MQ=37)                                                                 gatgACGGCATCATTACTCTTAATGGTGCTGCCTGTGCCTAAGTCAg                            >  1:900363/1‑47 (MQ=37)                                                                 gatgACGGCATCATTACTCTTAATGGTGCTGCCTGTGCCTAAGTCAg                            >  1:1570639/1‑47 (MQ=37)                                                                  atgCCGTCATCGTTACTCTTAATGGTGCTGCCTGTGCCTAAGTCAGCATGGGTATAGTCACCAATTAAGtt   <  1:3675569/71‑1 (MQ=255)                                                                  atgACGGCATCATTACTCTTAATGGTGCTGCCTGTGCCTAAGTCAGCATGGGTATAGTCACCAATTAAGtt   <  1:3360401/71‑1 (MQ=255)                                                                   tgCCGTCATCGTTACTCTTAATGGTGCTGCCTGTGCCTAAGTCAGCATGGGTATAGTCACCAATTAAGtt   >  1:328243/1‑70 (MQ=255)                                                                   tgCCGTCATCGTTACTCTTAATGGTGCTGCCTGTGCCTAAGTCAGCATGGGTATAGTCACCAATTAAGtt   >  1:9699/1‑70 (MQ=255)                                                                   tgCCGTCATCGTTACTCTTAATGGTGCTGCCTGTGCCTAAGTCAGCATGGGTATAGTCACCAATTAAGTTa  <  1:3448815/71‑1 (MQ=255)                                                                   tgCCGTCATCGTTACTCTTAATGGTGCTGCCTGTGCCTAAGTCAGCATGGGTATAGTCACCAATTAAGTTa  <  1:3087634/71‑1 (MQ=255)                                                                   tgCCGTCATCGTTACTCTTAATGGTGCTGCCTGTGCCTAAGTCAGCATGGGTATAGTCACCAATTAAGTTa  <  1:3455327/71‑1 (MQ=255)                                                                   tgCCGTCATCGTTACTCTTAATGGTGCTGCCTGTGCCTAAGTCAGCATGGGTATAGTCACCAATTAAGTTa  <  1:2945570/71‑1 (MQ=255)                                                                     |                                                                     CTATACCGTTCGAGTTTTCAATGGTGAATTGAGTGGCTGTTAGTGTTGAGCTATGCCCAATAATGATGCCGTCATCGTTACTCTTAATGGTGCTGCCTGTGCCTAAGTCAGCATGGGTATAGTCACCAATTAAGTTA  >  Exported/807620‑807756

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑