| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | Exported | 807,696 | G→A | 7.8% | N157N (AAC→AAT) | ycgV ← | predicted adhesin |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | Exported | 807,696 | 0 | G | A | 7.8% | 328.2 / 12.9 | 103 | N157N (AAC→AAT) | ycgV | predicted adhesin |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (36/59); new base A (3/5); total (39/64) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.85e-01 | |||||||||||
Only 100 of 110 total aligned reads displayed.
CGTTCGAGTTTTCAATGGTGAATTGAGTGGCTGTTAGTGTTGAGCTATGCCCAATAATGATGCCGTCATCGTTACTCTTAATGGTGCTGCCTGTGCCTAAGTCAGCATGGGTATAGTCACCAATTAAGTTAATGCCGATGG > Exported/807626‑807766 | cGTTCGAGTTTTCAATGGTGAATTGAGTGGCTGTTAGTGTTGAGCTATGCCCAATAATGATGCCGTCATCg < 1:226696/71‑1 (MQ=255)cGTTCGAGTTTTCAATGGTGAATTGAGTGGCTGTTAGTGTTGAGCTATGCCCAATAATGATGCCGTCATCg < 1:2479003/71‑1 (MQ=255) cGAGTTTTCAATGGTGAATTGAGTGGCTGTTAGTGTTGAGCTATGCCCAATAATGATGCCGTCATCGTTAc > 1:3724009/1‑71 (MQ=255) cGAGTTTTCAATGGTGAATTGAGTGGCTGTTAGTGTTGAGCTATGCCCAATAATGATGCCGTCATCGTTAc > 1:3471294/1‑71 (MQ=255) gAGTTTTCAATGGTGAATTGAGTGGCTGTTAGTGTTGAGCTATGCCCAATAATGATGCCGTCATCGTTa < 1:3637044/69‑1 (MQ=255) gAGTTTTCAATGGTGAATTGAGTGGCTGTTAGTGTTGAGCTATGCCCAATAATGATGCCGTCATCGTTAct > 1:2627455/1‑71 (MQ=255) gAGTTTTCAATGGTGAATTGAGTGGCTGTTAGTGTTGAGCTATGCCCAATAATGATGCCGTCATCGTTAct > 1:470600/1‑71 (MQ=255) aGTTTTCAATGGTGAATTGAGTGGCTGTTAGTGTTGAGCTATGCCCAATAATGATGCCGTCATCGTTActc > 1:1566993/1‑71 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |