| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | Exported | 835,139 | C→T | 9.1% | I1199I (ATC→ATT) | narG → | nitrate reductase 1, alpha subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | Exported | 835,139 | 0 | C | T | 9.1% | 233.4 / 10.9 | 77 | I1199I (ATC→ATT) | narG | nitrate reductase 1, alpha subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (39/31); new base T (5/2); total (44/33) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.92e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.11e-01 | |||||||||||
TACCCAACAGCGTGGTGGTATCCATAACTCGGTCACCCGTATCACGCCGAAACCGACGCATATGATCGGCGGCTATGCCCATCTGGCATACGGCTTTAACTACTATGGCACCGTAGGTTCTAACCGCGATGAGTT > Exported/835073‑835207 | tACCCAACAGCGTGGTGGTATCCATAACTCGGTCACCCGTATCACGCCGAAACCGACGCATATGATcggcg > 1:459749/1‑71 (MQ=255)tACCCAACAGCGTGGTGGTATCCATAACTCGGTCACCCGTATCACGCCGAAACCGACGCATATGATcggcg > 1:1001330/1‑71 (MQ=255) cccAACCGCGTGGTGGTATCCATAACTCGGTCACCCGTATCACGCCGAAACCGACGCATATGATcggcgg < 1:256273/70‑1 (MQ=255) cccAACAGCGTGGTGGTATCCATAACTCGGTCACCCGTATCACGCCGAAACCGACGCATATGATcggcgg > 1:2153434/1‑70 (MQ=255) cccAACAGCGTGGTGGTATCCATAACTCGGTCACCCGTATCACGCCGAAACCGACGCATATGATcggcgg < 1:2410176/70‑1 (MQ=255) ccAACAGCGTGGTGGTATCCATAACTCGGTCACCCGTATCACGCCGAAACCGACGCATATGATCGGCGGCt < 1:2950903/71‑1 (MQ=255) ccAACAGCGTGGTGGTATCCATAACTCGGTCACCCGTATCACGCCGAAACCGACGCATATGATCGGCGGCt < 1:343371/71‑1 (MQ=255) aaCAGCGTGGTGGTATCCATAACTCGGTCACCCGTATCACGCCGAAACCGACGCATATGATCGGCGTCTAt > 1:3616395/1‑71 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |