| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | Exported | 835,148 | T→C | 8.7% | Y1202Y (TAT→TAC) | narG → | nitrate reductase 1, alpha subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | Exported | 835,148 | 0 | T | C | 8.7% | 230.7 / 11.4 | 80 | Y1202Y (TAT→TAC) | narG | nitrate reductase 1, alpha subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (40/33); new base C (5/2); total (45/35) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.59e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
AACAGCGTGGTGGTATCCATAACTCGGTCACCCGTATCACGCCGAAACCGACGCATATGATCGGCGGCTATGCCCATCTGGCATACGGCTTTAACTACTATGGCACCGTAGGTTCTAACCGCGATGAGTTTGTTGTAGTG > Exported/835078‑835217 | aaCAGCGTGGTGGTATCCATAACTCGGTCACCCGTATCACGCCGAAACCGACGCATATGATCGGCGTCTAt > 1:3616395/1‑71 (MQ=255)aaCAGCGTGGTGGTATCCATAACTCGGTCACCCGTATCACGCCGAAACCGACGCATATGATCGGCGGCTAt > 1:2735250/1‑71 (MQ=255) cAGCGTGGTGGTATCCATAACTCGGTCACCCGTATCACGCCGAAACCGACGCATATGATCGGCGGCTATGc < 1:2071713/71‑1 (MQ=255) aGCGTGGTGGTATCCATAACTCGGTCACCCGTATCACGCCGAAACCGACGCATATGATCGGCGGCTATg > 1:271470/1‑69 (MQ=255) tggtggTATCCATAACTCGGTCACCCGTATCACGCCGAAACCGACGCATATGATCGGCGGCTATGCCCATc < 1:3510365/71‑1 (MQ=255) gtggtATCCATAACTCGGTCACCCGTATCACGCCGAAACCGACGCATATGATCGGCGGCTATGCCCATCt < 1:2001988/70‑1 (MQ=255) tgtATCCATAACTCGGTCACCCGTATCACGCCGAAACCGACGCATATGATCGGCGGCTAt < 1:3490522/59‑1 (MQ=255) gtATCCATAACTCGGTCACCCGTATCACGCCGAAACCGACGCATATGATCGGCGGCTATGCCCATCTGGc < 1:2795046/70‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |