| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | Exported | 835,154 | T→G | 8.6% | H1204Q (CAT→CAG) | narG → | nitrate reductase 1, alpha subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | Exported | 835,154 | 0 | T | G | 8.6% | 200.2 / 15.4 | 81 | H1204Q (CAT→CAG) | narG | nitrate reductase 1, alpha subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (41/33); new base G (5/2); total (46/35) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.93e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.92e-01 | |||||||||||
TGGTGGTATCCATAACTCGGTCACCCGTATCACGCCGAAACCGACGCATATGATCGGCGGCTATGCCCATCTGGCATACGGCTTTAACTACTATGGCACCGTAGGTTCTAACCGCGATGAGTTTGTTGTAGTGCGT > Exported/835085‑835220 | tggtggTATCCATAACTCGGTCACCCGTATCACGCCGAAACCGACGCATATGATCGGCGGCTATGCCCATc < 1:3510365/71‑1 (MQ=255) gtggtATCCATAACTCGGTCACCCGTATCACGCCGAAACCGACGCATATGATCGGCGGCTATGCCCATCt < 1:2001988/70‑1 (MQ=255) gtATCCATAACTCGGTCACCCGTATCACGCCGAAACCGACGCATATGATCGGCGGCTATGCCCATCTGGc < 1:2795046/70‑1 (MQ=255) aTCCATAACTCGGTCACCCGTATCACGCCGAAACCGACGCATATGATCGGCGGCTATGCCCATCTGGCATa > 1:2098608/1‑71 (MQ=255) aTCCATAACTCGGTCACCCGTATCACGCCGAAACCGACGCATATGATCGGCGGCTATGCCCATCTGGCATa > 1:3549546/1‑71 (MQ=255) aTCCATAACTCGGTCACCCGTATCACGCCGAAACCGACGCATATGATCGGCGGCTATGCCCATCTGGCATa > 1:1251060/1‑71 (MQ=255) aTCCATAACTCGGTCACCCGTATCACGCCGAAACCGACGCATATGATCGGCGGCTATGCCCATCTGGCATa > 1:429898/1‑71 (MQ=255) tCCATAACTCGGTCACCCGTATCACGCCGAAACCGACGCATATGATCGGCGGCTATGCCCATCTGGCATAc < 1:3102207/71‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |