| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | AP009048 | = 1899549 | 48 (0.850) | 3 (0.060) | 3/92 | NT | 7.0% | coding (904/1365 nt) | sdaA | L‑serine deaminase I |
| ? | AP009048 | = 1899562 | 37 (0.730) | coding (917/1365 nt) | sdaA | L‑serine deaminase I | |||||
TGTGGTAACTGCGCCAACCAACGGTGCCTGCGGTATCGTTCCGGCAGTGCTGGCTTACTATGACCACTTTATTGAATCGGTCAGCCCGGACATCTATACCCGTTACTTTATGGCAGCGGGCGCGATTGGTGCAT > AP009048/1899485‑1899618 | tgtgGTAACTGCGCCAACCAACGGTGCCTGCGGTATCGTTCCGGCAGTGCTGGCTTACTATGACCACTTTa < 1:2423007/71‑1 (MQ=255) tgGTAACTGCGCCAACCAACGGTGCCTGCGGTATCGTTCCGGCAGTGCTGGCTTACTATGACCACTTTa < 1:3199779/69‑1 (MQ=255) gTAACTGCGCCAACCAACGGTGCCTGCGGTATCGTTCCGGCAGTGCTGGCTTACTATGACCACTTTAt > 1:5152178/1‑68 (MQ=255) gTAACTGCGCCAACCAACGGTGCCTGCGGTATCGTTCCGGCAGTGCTGGCTTACTATGACCACTTTATTGa < 1:1429353/71‑1 (MQ=255) gTAACTGCGCCAACCAACGGTGCCTGCGGTATCGTTCCGGCAGTGCTGGCTTACTATGACCACTTTATTGa < 1:4054501/71‑1 (MQ=255) tAACTGCGCCAACCAACGGTGCCTGCGGTATCGTTCCGGCAGTGCTGGCTTACTATGACCACTTTATTGa < 1:1534969/70‑1 (MQ=255) aaCTGCGCCAACCAACGGTGCCTGCGGTATCGTTCCGGCAGTGCTGGCTTACTATGACCACTTTATTGAAt > 1:3774166/1‑71 (MQ=255) aaCTGCGCCAACCAACGGTGCCTGCGGTATCGTTCCGGCAGTGCTGGCTTACTATGACCACTTTATTGAAt > 1:4879461/1‑71 (MQ=255) aaCTGCGCCAACCAACGGTGCCTGCGGTATCGTTCCGGCAGTGCTGGCTTACTATGACCACTTTATTGAAt > 1:4642891/1‑71 (MQ=255) aaCTGCGCCAACCAACGGTGCCTGCGGTATCGTTCCGGCAGTGCTGGCTTACTATGACCACTTTATTGAAt > 1:1725420/1‑71 (MQ=255) tGCGCCAACCAACGGTGCCTGCGGTATCGTTCCGGCAGTGCTGGCTTACTATGACCACTTTATTGAATCgt < 1:672615‑M2/71‑3 (MQ=255) tGCGCCAACCAACGGTGCCTGCGGTATCGTTCCGGCAGTGCTGGCTTACTATGACCACTTTATTGAATCgg < 1:2985857‑M2/71‑3 (MQ=255) tGCGCCAACCAACGGTGCCTGCGGTATCGTTCCGGCAGTGCTGGCTTACTATGACCACTTTATTGAATCgg < 1:3319058‑M2/71‑3 (MQ=255) gcgcCAACCAACGGTGCCTGCGGTATCGTTCCGGCAGTGCTGGCTTACTATGACCACTTTAtt > 1:4079305/1‑63 (MQ=255) caaccaacGGTGCCTGCGGTATCGTTCCGGCAGTGCTGGCTTACTATGACCACTTTATTGAATCg > 1:3633892‑M2/1‑64 (MQ=255) caaccaacGGTGCCTGCGGTATCGTTCCGGCAGTGCTGGCTTACTATGACCACTTTATTGAATCGGTCAGc > 1:3318088/1‑71 (MQ=255) caaccaacGGTGCCTGCGGTATCGTTCCGGCAGTGCTGGCTTACTATGACCACTTTATTGAATCGGTCAGc > 1:3065300/1‑71 (MQ=255) caaccaacGGTGCCTGCGGTATCGTTCCGGCAGTGCTGGCTTACTATGACCACTTTATTGAATCGGTCAGc > 1:5126134/1‑71 (MQ=255) accaacGGTGCCTGCGGTATCGTTCCGGCAGTGCTGGCTTACTATGACCACTTTAt > 1:2888810/1‑56 (MQ=255) accaacGGTGCCTGCGGTATCGTTCCGGCAGTGCTGGCTTACTATGACCACTTTATTGAATCGGTCAGccc > 1:3382065/1‑71 (MQ=255) ccaacGGTGCCTGCGGTATCGTTCCGGCAGTGCTGGCTTACTATGACCACTTTATTGAATCGGTCAGCCCg < 1:931079/71‑1 (MQ=255) caacGGTGCCTGCGGTATCGTTCCGGCAGTGCTGGCTTACTATGACCACTTTATTGAATCGGTCAGCCCgg < 1:1581127/71‑1 (MQ=255) caacGGTGCCTGCGGTATCGTTCCGGCAGTGCTGGCTTACTATGACCACTTTATTGAATCGGTCAGCCCg > 1:3946488/1‑70 (MQ=255) caacGGTGCCTGCGGTATCGTTCCGGCAGTGCTGGCTTACTATGACCACTTTATTGAATCGGTCAGCCCg > 1:47402/1‑70 (MQ=255) aacGGTGCCTGCGGTATCGTTCCGGCAGTGCTGGCTTACTATGACCgattcaataaagtggtcatagt < 1:5005014‑M1/68‑23 (MQ=255) acGGTGCCTGCGGTATCGTTCCGGCAGTGCTGGCTTACTATGACCACTTTATTGAAt > 1:3988631/1‑57 (MQ=255) acGGTGCCTGCGGTATCGTTCCGGCAGTGCTGGCTTACTATGACCACTTTATTGAATCggtc > 1:933552‑M2/1‑58 (MQ=255) cGGTGCCTGCGGTATCGTTCCGGCAGTGCTGGCTTACTATGACCgattcaataaagtggt > 1:2707859‑M1/1‑44 (MQ=255) cGGTGCCTGCGGTATCGTTCCGGCAGTGCTGGCTTACTATGACCACTTTATTGAATCGGTCAGCCCGGACa < 1:2736160/71‑1 (MQ=255) gTGCTTGCGGTATCGTTCCGGCAGTGCTGGCTTACTATGACCACTTTATTGAATCggt > 1:1941408‑M2/1‑55 (MQ=255) gTGCCTGCGGTATCGTTCCGGCAGTGCTGGCTTACTATGACCACTTTa < 1:850000/48‑1 (MQ=255) gCGGTATCGTTCCGGCAGTGCTGGCTTACTATGACCACt > 1:1273872/1‑39 (MQ=255) cGGTATCGTTCCGGCAGTGCTGGCTTACTATGACCACTTTATTGAATCGGTCAGCCCGGACATCt > 1:4713999/1‑65 (MQ=255) ggTATCGTTCCGGCAGTGCTGGCTTACTATGACCACTTTATTGAATCGGTCAGCCCGGACATCTATACCCg > 1:4866443/1‑71 (MQ=255) gTATCGTTCCGGCAGTGCTGGCTTACTATGACCACtt < 1:4508472/37‑1 (MQ=255) tATCGTTCCGGCAGTGCTGGCTTACTATGACCgattcaataaagtggtca > 1:2432515‑M1/1‑32 (MQ=255) tCGTTCCGTCAGTGCTGGCTTACTATGACCACTTTATTGAATCGGTCAGCCCGGACATCTATACCCGTTa < 1:1055454/70‑1 (MQ=255) tCGTTCCGGCAGTGCTGGCTTACTATGACCACTTTAt < 1:1021590/37‑1 (MQ=255) tCGTTCCGGCAGTGCTGGCTTACTATGACCACTTTATTGAATCggtc < 1:1411821‑M2/47‑5 (MQ=255) tCGTTCCGGCAGTGCTGGCTTACTATGACCACTTTATTGAATCGGTCAGCCCGGACATCTATACCCGt > 1:3088057/1‑68 (MQ=255) tCGTTCCGGCAGTGCTGGCTTACTATGACCACTTTATTGAATCGGTCAGCCCGGACATCTATACCCGt > 1:4163861/1‑68 (MQ=255) tCGTTCCGGCAGTGCTGGCTTACTATGACCACTTTATTGAATCGGTCAGCCCGGACATCTATACCCGTTAc > 1:1009530/1‑71 (MQ=255) gTTCCGGCAGTGCTGGCTTACTATGACCACTTTATTGAATCGGTCAGc > 1:204300/1‑48 (MQ=255) gTTCCGGCAGTGCTGGCTTACTATGACCACTTTATTGAATCGGTCAGCCCGGACATCTATACCCGTTAc < 1:4477230/69‑1 (MQ=255) ttCCGGCAGTGCTGGCTTACTATGACCACTTTATTGAATCggt > 1:1263033‑M2/1‑40 (MQ=255) ttCCGGCAGTGCTGGCTTACTATGACCACTTTATTGAATCGGTCAGCCCGGACATCTATACCCGTTACttt < 1:1693452/71‑1 (MQ=255) tCCGGCAGTGCTGGCTTACTATGACCACTTTATTGAATCggt < 1:4645455‑M2/42‑4 (MQ=255) ccGGCAGTGCTGGCTTACTATGACCACTTTATTGAATCGGTCAGCCCGGACATCTATAccc > 1:3347460/1‑61 (MQ=255) cGGCAGTGCTGGCTTACTATGACCACTTTATTGAATCGGTCAGCCCGGACATCTATACCCGTTACTTTAt < 1:3489983/70‑1 (MQ=255) cGGCAGTGCTGGCTTACTATGACCACTTTATTGAATCGGTCAGCCCGGACATCTATACCCGTTACTTTATg > 1:2133102/1‑71 (MQ=255) cAGTGCTGGCTTACTATGACCACTTTATTGAATCGGTCAGCCCGGACATCTATACCCGTTACTTTATgg > 1:2866219/1‑69 (MQ=255) aGTGCTGGCTTACTATGACCACTTTATTGAATCGGTCAGCCCGGACATCtata > 1:363660/1‑53 (MQ=255) gTGCTGGCTTACTATGACCACTTTATTGAATCGGTCAGCCCTGACATCTATACCCGTTACt < 1:4852921/61‑1 (MQ=255) gTGCTGGCTTACTATGACCACTTTATTGAATCGGTCAGCCCGGACATCTATACCCGTTACt < 1:3327804/61‑1 (MQ=255) gTGCTGGCTTACTATGACCACTTTATTGAATCGGTCAGCCCGGACATCTATACCCGTTACTTTATGGCAGc < 1:1440106/71‑1 (MQ=255) cTGGCTTACTATGACCACTTTATTGAATCGGTCAGCCCGGACATCTATACCCGTTACTTTATGGCAGCgg > 1:187158/1‑70 (MQ=255) ggCTTACTATGACCACTTTATTGAATCGGTCAGCCCGGACATCTATACCCGTTACTTTa < 1:4105393/59‑1 (MQ=255) gCTTACTATGACCACTTTATTGAATCGGTCAGCCCGGACATCTATACCCGTTACTTTATGGCAGCGGgcg > 1:4737986/1‑70 (MQ=255) gCTTACTATGACCACTTTATTGAATCGGTAAGCCCGGACATCTATACCCGTTACTTTATGGCAGCGGgcgc > 1:2499662/1‑71 (MQ=255) cTTACTATGACCACTTTATTGAATCGGTCAGCCCGGACAt < 1:1860837/40‑1 (MQ=255) aCTATGACCACTTTATTGAATCggtcatagtaagccagcactgccggaacgataccgcaggcaccgtt < 1:5005014‑M2/68‑47 (MQ=255) cTATGACCACTTTATTGAATCGGTCAGCCCGGACATCTATACCCGTTACTTTATGGCAGCGGGCGCGATTg > 1:4571959/1‑71 (MQ=255) tATGACCACTTTATTGAATCGGTCAGCCCGGACATc < 1:1407064/36‑1 (MQ=255) tGACCACTTTATTGAATCggtcatagtaagccagcactgccggaacgata > 1:2432515‑M2/1‑18 (MQ=255) tGACCACTTTATTGAATCGGTCAGCCCGGACATCTATACCCGTTACTTTATGGCAGCGGGCGCGATTGGTg > 1:4277183/1‑71 (MQ=255) tGACCACTTTATTGAATCGGTCAGCCCGGACATCTATACCCGTTACTTTATGGCAGCGGGCGCGATTGGTg > 1:2657422/1‑71 (MQ=255) gACCgattcaataaagtggtcatagtaagccagcactgccggaacgataccgcaggcaccgt > 1:933552‑M1/1‑4 (MQ=255) gACCgattcaataaagtggtcatagtaagccagcactgccggaacga < 1:1411821‑M1/47‑44 (MQ=255) aCCgattcaataaagtggtcatagtaagccagcactgccggaacgataccgcaagcac > 1:1941408‑M1/1‑3 (MQ=255) aCCgattcaataaagtggtcatagtaagccagcactgccggaa > 1:1263033‑M1/1‑3 (MQ=255) aCCgattcaataaagtggtcatagtaagccagcactgccgga < 1:4645455‑M1/42‑40 (MQ=255) aCCACTTTATTGAATCggtcatagtaagccagcactgccggaacgataccgcaggcaccg > 1:2707859‑M2/1‑16 (MQ=255) aCCACTTTATTGAATCGGTCAGCCCGGACATCTATACCCGTTACTTTATGGCAGCGGGCGCGATTGGTGCa < 1:3525028/71‑1 (MQ=255) ccgattcaataaagtggtcatagtaagccagcactgccggaacgataccgcaggcaccgttggttggcgca < 1:2985857‑M1/71‑70 (MQ=255) ccgattcaataaagtggtcatagtaagccagcactgccggaacgataccgcaggcaccgttggttggcgca < 1:3319058‑M1/71‑70 (MQ=255) acgattcaataaagtggtcatagtaagccagcactgccggaacgataccgcaggcaccgttggttggcgca < 1:672615‑M1/70‑70 (MQ=255) cgattcaataaagtggtcatagtaagccagcactgccggaacgataccgcaggcaccgttggttg > 1:3633892‑M1/1‑1 (MQ=255) | TGTGGTAACTGCGCCAACCAACGGTGCCTGCGGTATCGTTCCGGCAGTGCTGGCTTACTATGACCACTTTATTGAATCGGTCAGCCCGGACATCTATACCCGTTACTTTATGGCAGCGGGCGCGATTGGTGCAT > AP009048/1899485‑1899618 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |