| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | AP009048 | 2018571 = | 6 (0.110) | 39 (0.740) | 27/96 | NT | 87.4% | coding (567/687 nt) | fliH | flagellar biosynthesis protein |
| ? | AP009048 | 2519723 = | NA (NA) | intergenic (+33/‑54) | nupC/insL | nucleoside (except guanosine) transporter/predicted transposase | |||||
Only 100 of 153 total aligned reads displayed.
ACCCGGATGATCTGCAACGTGTGGATGATATGCTCGGCGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGTCTCCGCCGATGAAGGCGATCTCGACGCCAGTGTCG > AP009048/2018501‑2018641 | aCCCGGATGATCTGCAACGTGTGGATGATATGCTCGGCGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCgg < 1:3361082/71‑1 (MQ=255) gtgagagtaattcatcggcacgttaaatcatatcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatgg < 1:2067899‑M1/2‑1 (MQ=255) gtgagagtaattcatcggcacgttaaatcatatcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatg > 1:2294173‑M1/70‑70 (MQ=255) gtgagagtaattcatcggcacgttaaatcatatcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatg > 1:3659716‑M1/70‑70 (MQ=255) tgagagtaattcatcggcacgttaaatcatatcaggcgtaataccactacccttaagttagcgcttatggg > 1:2883110‑M1/69‑71 (MQ=255) tgagagtaattcatcggcacgttaaatcatatcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatggg > 1:205713‑M1/69‑71 (MQ=255) tgagagtaattcatcggcacgttaaatcatatcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatggg > 1:2114288‑M1/69‑71 (MQ=255) tgagagtaattcatcggcacgttaaatcatatcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatggg > 1:2860446‑M1/69‑71 (MQ=255) tgagagtaattcatcggcacgttaaatcatatcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatggg > 1:564063‑M1/69‑71 (MQ=255) ccGGATGATCTGCAACGTGTGGATGATATGCTCGGCGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCgggg > 1:29223/1‑71 (MQ=255) ccGGATGATCTGCAACGTGTGGATGATATGCTCGGCGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCgggg > 1:4225550/1‑71 (MQ=255) ccGGATGATCTGCAACGTGTGGATGATATGCTCGGCGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCgggg > 1:2272522/1‑71 (MQ=255) gagagtaattcatcggcacgttaaatcatatcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatggg < 1:2391462‑M1/3‑1 (MQ=255) cGGATGATCTGCAACGTGTGGATGATATGCTCGGCGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGc < 1:857568/71‑1 (MQ=255) ggATGATCTGCAACGTGTGGATGATATGCTCGGCGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGc > 1:691540/1‑70 (MQ=255) agagtaattcatcggcacgttaaatcatatcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatGGGCg > 1:2664275‑M1/67‑71 (MQ=255) gatgatCTGCAACGTGTGGATGATATGCTCGGCGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCgg < 1:3278306/66‑1 (MQ=255) gatgatCTGCAACGTGTGGATGATATGCTCGGCGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGa < 1:294613/71‑1 (MQ=255) gatgatCTGCAACGTGTGGATGATATGCTCGGCGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGa < 1:4402788/71‑1 (MQ=255) gagtaattcatcggcacgttaaatcatatcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatGGGCg > 1:1074941‑M1/66‑70 (MQ=255) attcatcggcacgttaaatcatatcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatGGGCGATccc > 1:5038646‑M1/61‑70 (MQ=255) attcatcggcacgttaaatcatatcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatGGGCGATCCCa < 1:645271‑M1/11‑1 (MQ=255) cTGCAACGTGTGGATGATATGCTCGGCGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCgg > 1:354965/1‑60 (MQ=255) cTGCAACGTGTGGATGATATGCTCGGCGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCAC > 1:3846457‑M1/1‑71 (MQ=255) gCAACGTGTGGATGATATGCTCGGCGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCa > 1:2221118‑M1/1‑70 (MQ=255) catcggcacgttaaatcatatcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatGGGCGATCCCAccc < 1:402923‑M1/14‑1 (MQ=255) catcggcacgttaaatcatatcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatGGGCGATCCCAccc < 1:2571439‑M1/14‑1 (MQ=255) catcggcacgttaaatcatatcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatGGGCGATCCCAc < 1:1278616‑M1/12‑1 (MQ=255) cAACGTGTGGATGATATGCTCGGCGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCa < 1:2161029/67‑1 (MQ=255) cAACGTGTGGATGATATGCTCGGCGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCat < 1:2369388‑M1/71‑3 (MQ=255) cAACGTGTGGATGATATGCTCGGCGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCa > 1:1107994‑M1/1‑69 (MQ=255) aaCGTGTGGATGATATGCTCGGCGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCat > 1:1861245‑M1/1‑68 (MQ=255) cGTGTGGATGATATGCTCGGCGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCataag > 1:2198646‑M1/1‑66 (MQ=255) cacgttaaatgatatcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCATc > 1:600472‑M1/52‑71 (MQ=255) cgttaaatcatatcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCt > 1:1275776‑M1/50‑71 (MQ=255) gatgatATGCTCGGCGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaa > 1:4699541‑M1/1‑60 (MQ=255) gatgatATGCTCGGCGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgcta < 1:4038054‑M1/70‑11 (MQ=255) tgatATGCTCGGCGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaa > 1:4467477‑M1/1‑58 (MQ=255) aaatcatatcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatGGGCGATCCCAc > 1:4129254‑M1/46‑57 (MQ=255) aatcatatcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTggcgg < 1:2032574‑M1/27‑1 (MQ=255) aatcatatcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTggcgg < 1:1888990‑M1/27‑1 (MQ=255) tcatatcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatGGGc < 1:171501‑M1/4‑1 (MQ=255) atGCTCGGCGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaacttaa < 1:4335574‑M1/70‑17 (MQ=255) tGCTCGGCGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaacttaag < 1:3630181‑M1/70‑18 (MQ=255) tGCTCGGCGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaactta < 1:3412557‑M1/68‑16 (MQ=255) atatcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGTCTg > 1:764607‑M1/41‑70 (MQ=255) tatcaggcgtaataccaaaacccttaagttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTa > 1:3806421‑M1/40‑71 (MQ=255) gCTCGGCGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGa < 1:52349/45‑1 (MQ=255) ggCGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaacttaagggttg < 1:1855789‑M1/70‑23 (MQ=255) ggCGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaacttaagggttg > 1:802010‑M1/1‑48 (MQ=255) ggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGtc > 1:4760446‑M1/35‑71 (MQ=255) gcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGtct > 1:5008622‑M1/34‑71 (MQ=255) gcTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaacttaagggttgaac > 1:211427‑M1/1‑45 (MQ=255) gcTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaacttaagggttgaac < 1:2561084‑M1/70‑26 (MQ=255) aCCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaacttaagggttgaaccatc > 1:4383685‑M1/1‑42 (MQ=255) ccTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaacttaagggttgaaccatct < 1:2445236‑M1/71‑31 (MQ=255) cTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaacttaagggtt < 1:4522935‑M1/61‑22 (MQ=255) cTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaacttaagggtt < 1:1832992‑M1/61‑22 (MQ=255) ccacaacccttaagttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGTCTCCGCCGAt < 1:3377023‑M1/46‑1 (MQ=255) cacaacccttaagttagcgcttatGGGCGATCCCa > 1:1721778‑M1/25‑35 (MQ=255) cacaacccttaagttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTggc > 1:125011‑M1/25‑49 (MQ=255) aaGTTTGCATGGCTGGCGCTTGGGGGGCGATCCCACCataagcgctaacttaagggttgaaccatctgaa < 1:3146518‑M1/70‑34 (MQ=255) aaGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaacttaagggttgaaccatctga < 1:1446542‑M1/69‑33 (MQ=255) aaGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCat < 1:1761339‑M1/39‑3 (MQ=255) acaacccttaagttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGTCTCCGCCGATg < 1:4038283‑M1/47‑1 (MQ=255) acaacccttaagttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGTCTCCGCCGATGa > 1:3792567‑M1/24‑71 (MQ=255) acaacccttaagttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGTCTCCGCCGATGa > 1:4165134‑M1/24‑71 (MQ=255) aGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaacttaagggttgaaccatctgaag < 1:2650276‑M1/70‑35 (MQ=255) aGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaacttaagggttgaaccatctg > 1:523903‑M1/1‑36 (MQ=255) gTTTTCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCataaacgctaacttaagggttgaaccatctg < 1:778842‑M1/66‑32 (MQ=255) gTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGTGGCGATCCCACCataagcgctaactt < 1:1591506‑M1/49‑15 (MQ=255) gTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaacttaagggttgaaccatctgaagaa < 1:4117999‑M1/71‑37 (MQ=255) tttGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaactt < 1:660909‑M1/48‑15 (MQ=255) ccttaagttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGTCTccgcc > 1:1789088‑M1/19‑61 (MQ=255) ttaagttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAATTCTCCGCCGATGAAGGCGAt < 1:564125‑M1/55‑1 (MQ=255) aTGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaacttaagggttgaaccatctgaagaatgcgac > 1:1402696‑M1/1‑29 (MQ=255) aTGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaacttaagggttgaaccatctgaagaatgc < 1:4580751‑M1/68‑40 (MQ=255) tggctggcGCTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaacttaagggttgaaccatctgaagaatgcgacg > 1:1257785‑M1/1‑28 (MQ=255) taagttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGTCTCCGCCGATGAAGGCGAtc < 1:445275‑M1/56‑1 (MQ=255) ggctggcGCTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaacttaagggttgaaccatctgaagaat < 1:1964313‑M1/64‑38 (MQ=255) gctggcGCTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaacttaagggttgaaccatctgaagaatgcgacgcc < 1:2751063‑M1/71‑46 (MQ=255) gcgcTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaacttaagggttgaaccatctgaagaatgcgacgcctcgg > 1:2398199‑M1/1‑22 (MQ=255) ttGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaacttaagggttgaaccatc > 1:42541‑M1/1‑18 (MQ=255) cttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGtc > 1:2036375‑M1/6‑42 (MQ=255) cttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGTCTccgcc > 1:1314359‑M1/6‑48 (MQ=255) cttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGTCTCCGCCGATGAAGGCGATCTCGACGCCAg < 1:937274‑M1/66‑1 (MQ=255) cttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGTCTCCGCCGATGAAGGCGATCTCGACGCCAg < 1:2724480‑M1/66‑1 (MQ=255) ttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGt < 1:5110494‑M1/36‑1 (MQ=255) ttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGTCTCCGCCGATGAAGGCGATCTCGACGCCAgt < 1:2145534‑M1/67‑1 (MQ=255) ttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGTCTCCGCCGATGAAGGCGATCTCGACGCCAgt < 1:1080414‑M1/67‑1 (MQ=255) tGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaacttaagggttgaaccatctgaagaatgcgacgcctcggtgcct > 1:4651237‑M1/1‑17 (MQ=255) tatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGTCTCCGCCGATGAAg < 1:324327‑M1/50‑1 (MQ=255) tatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGTCTCCGCCGATGAAGGCGATCTCGACGCCAgtg < 1:4895140‑M1/68‑1 (MQ=255) tatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGTCTCCGCCGATGAAGGCGATCTCGACGCCAgtg < 1:758226‑M1/68‑1 (MQ=255) cGGGGCGATCCCACCataagcgctaacttaagggttgaaccatctgaagaatgcgacgcctcggtgcctcg < 1:4190399‑M1/71‑57 (MQ=255) cGGGGCGATCCCACCataagcgctaacttaagggttgaaccatctgaagaatgcgacgcctcggtgcctcg < 1:2688912‑M1/71‑57 (MQ=255) atGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTTAAGTCTccgcc > 1:1102806‑M1/3‑45 (MQ=255) atGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGTCTCCGCCGATGAAGGCGATCTCGACGCCAgtg > 1:246595‑M1/3‑70 (MQ=255) gggCGATCCCACCataagcgctaacttaagggttgaaccatctgaagaatgcgacgcctcggtgcatcgtt < 1:899121‑M1/71‑59 (MQ=255) gggCGATCCCACCataagcgctaacttaagggttgaaccatctgaagaatgcgacgcctc < 1:2981732‑M1/60‑48 (MQ=255) | ACCCGGATGATCTGCAACGTGTGGATGATATGCTCGGCGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGTCTCCGCCGATGAAGGCGATCTCGACGCCAGTGTCG > AP009048/2018501‑2018641 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |