| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | AP009048 | 2750759 = | 55 (0.980) | 3 (0.060) | 3/94 | NT | 5.7% | coding (309/1662 nt) | recN | recombination and repair protein |
| ? | AP009048 | 2750777 = | 48 (0.930) | coding (327/1662 nt) | recN | recombination and repair protein | |||||
ACGGGCATGAATGTTTGCTTCGTCGCGTGATCAGCAGCGATGGTCGCTCCCGTGGTTTCATCAACGGTACAGCTGTTCCTCTGTCACAACTGCGCGAACTGGGTCAGTTGCTGATTCAGATCCATGGTCAGCAC > AP009048/2750710‑2750843 | aCGGGCATGAATGTTTGCTTCGTCGCGTGATCAGCAGCGATGGTCGCTCCCGTGGTTTCATCAACGGTa > 1:3336383/1‑69 (MQ=255) cGGGCATGAATGTTTGCTTCGTCGCGTGATCAGCAGCGATGGTCGCTCCCGTGGTTTCATCAACGGTACAg > 1:4482725/1‑71 (MQ=255) ggCATGAATGTTTGCTTCGTCGCGTGAACAGCAGCGATGGTCGCTCCCGTGGTTTCATCAACGGTACAGCt > 1:1100005/1‑71 (MQ=255) agcaactgacccagttcgcgcagttgtgacagaggaacagctgtaCCGTGGTTTCATCAACGGTACa < 1:3060821‑M1/22‑1 (MQ=255) aTGAATGTTTGCTTCGTCGCGTGATCAGCAGCGATGGTCGCTCCCGTGGTTTCATCAACGGTACAGCTGtt > 1:4876059/1‑71 (MQ=255) aactgacccagttcgcgcagttgtgacagaggaacagctgtaCCGTGGTTTCATCAACGGTa < 1:857885‑M1/20‑1 (MQ=255) aaTGTTTGCTTCGTCGCGTGATCAGCAGCGATGGTCGCTCCCGTGGTTTCATCAACGGTACAGCTGTTCct > 1:4111718/1‑71 (MQ=255) aaTGTTTGCTTCGTCGCGTGATCAGCAGCGATGGTCGCTCCCGTGGTTTCATCAACGGTACAGCTGTTCct > 1:4852776/1‑71 (MQ=255) aaTGTTTGCTTCGTCGCGTGATCAGCAGCGATGGTCGCTCCCGTGGTTTCATCAACGGTACAGCTGTTCct < 1:3112225/71‑1 (MQ=255) aTGTTTGCTTCGTCGCGTGATCAGCAGCGATGGTCGCTCCCGTGGTTTCATCAACGGTACAGCTGTTCctc > 1:4272558/1‑71 (MQ=255) aTGTTTGCTTCGTCGCGTGATCAGCAGCGATGGTCGCTCCCGTGGTTTCATCAACGGTACAGCTGTTCctc > 1:4278188/1‑71 (MQ=255) tGTTTGCTTCGTCGCGTGATCAGCAGCGATGGTCGCTCCCGTGGTTTCATCAACGGTACAGCTGTTCctct > 1:4246947/1‑71 (MQ=255) tGTTTGCTTCGTCGCGTGATCAGCAGCGATGGTCGCTCCCGTGGTTTCATCAACGGTACAGCTGTTCctct < 1:4310901/71‑1 (MQ=255) tGTTTGCTTCGTCGCGTGATCAGCAGCGATGGGCGCTCCCGTGGTTTCATCAACGGTACAGCTGTTCctct < 1:1168836/71‑1 (MQ=255) tttGCTTCGTCGCGTGATCAGCAGCGATGGTCGCTCCCGTGGTTTCATCAACGGTACAGCTGTTCCTCTg < 1:3905488/70‑1 (MQ=255) ttGCTTCGTCGCGTGATCAGCAGCGATGGTCGCTCCCGTGGTTTCATCAACGGTACAGCTGTTCCTCTGt > 1:2038032/1‑70 (MQ=255) gCTTCGTCGCGTGATCAGCAGCGATGGTCGCTCCCGTGGTTTCATCAACGGTa > 1:3206090/1‑53 (MQ=255) cTTCGTCGCGTGATCAGCAGCGATGGTCGCTCCCGTGGTTTCATCAACGGTACAGCTGTTCct < 1:3198810/63‑1 (MQ=255) cTTCGTCGCGTGATCAGCAGCGATGGTCGCTCCCGTGGTTTCATCAACGGTACAGCTGTTCCTCTGTcac < 1:3156275/70‑1 (MQ=255) gtcgCGTGATCAGCAGCGATGGTCGCTCCCGTGGTTTCATCAACGGTACAGCTGTTCCTCTGTCACAACt < 1:3679101/70‑1 (MQ=255) gATCAGCAGCGATGGTCGCTCCCGTGGTTTCATCAACGGTAc < 1:3840577/42‑1 (MQ=255) aTCAGCAGCGATGGTCGCTCCCGTGGTTTCATCAACGGTACAGCTGTTCCTCTGTcac < 1:460991/58‑1 (MQ=255) aTCAGCAGCGATGGTCGCTCCCGTGGTTTCATCAACGGTACAGCTGTTCCTCTGTCACAACTGCGCGAACt > 1:1220378/1‑71 (MQ=255) aTCAGCAGCGATGGTCGCTCCCGTGGTTTCATCAACGGTACAGCTGTTCCTCTGTCACAACTGCGCGAACt < 1:2391794/71‑1 (MQ=255) aTCAGCAGCGATGGTCGCTCCCGTGGTTTCATCAACGGTACAGCTGTTCCTCTGTCACAACTGCGCGAACt < 1:4861851/71‑1 (MQ=255) aTCAGCAGCGATGGTCGCTCCCGTGGTTTCATCAACGGTACAGCTGTTCCTCTGTCACAACTGCGCGAACt < 1:5074917/71‑1 (MQ=255) cagcagCGATGGTCGCTCCCGTGGTTTCATCAACGGTACAGCTGTTCCTCTGTcac > 1:512020/1‑56 (MQ=255) cagcagCGATGGTCGCTCCCGTGGTTTCATCAACGGTACAGCTGTTCCTCTGTCACAACTGCGCGAACTgg > 1:3345455/1‑71 (MQ=255) cagcagCGATGGTCGCTCCCGTGGTTTCATCAACGGTACAGCTGTTCCTCTGTCACAACTGCGCGAACTgg > 1:1972163/1‑71 (MQ=255) agcagcGATGGTCGCTCCCGTGGTTTCATCAACGGTACAGCTGTTCCTCTGTCACAACTGCGCGAACTggg < 1:1823471/71‑1 (MQ=255) cagcGATGGTCGCTCCCGTGGTTTCATCAACGGTACAGCTGTTCCTCTGTCACAACTGCGCGAACTggg > 1:598298/1‑69 (MQ=255) agcGATGGTCGCTCCCGTGGTTTCATCAACGGTACAGCTGTTCCTCTGTCACAACTGCGCGAACTGGGt > 1:50957/1‑69 (MQ=255) agcGATGGTCGCTCCCGTGGTTTCATCAACGGTACAGCTGTTCCTCTGTCACAACTGCGCGAACTGGGTCa < 1:2075072/71‑1 (MQ=255) gcGATGGTCGCTCCCGTGGTTTCATCAACGGTACAGCTGTTCCTCTGTCACAACTgc > 1:2040368/1‑57 (MQ=255) cGATGGTCGCTCCCGTGGTTTCATCAACGGTACAGCTGTTCCTCTGTCACAACTGCGCGAACTGGGTCAGt > 1:4744712/1‑71 (MQ=255) tGGTCGCTCCCGTGGTTTCATCAACGGTACAGCTGTTCCTCTGTCACAACTGCGCGAACTggg < 1:189491/63‑1 (MQ=255) gTCGCTCCCGTGGTTTCATCAACGGTACAGCTGtt > 1:66328/1‑35 (MQ=255) cGCTCCCGTGGTTTCATCAACGGTACAGCTGTTCCTCTGTCACAACTGCGCGAACTGGGTCAGTTGCTGAt > 1:2759483/1‑71 (MQ=255) cGCTCCCGTGGTTTCATCAACGGTACAGCTGTTCCTCTGTCACAACTGCGCGAACTGGGTCAGTTGCTGAt > 1:5099972/1‑71 (MQ=255) tgtaccgttgatgaaaccacggTACAGCTGTTCCTCTGTCACAACTGCGCGAACTGGGTCAGTTGCt < 1:3060821‑M2/45‑1 (MQ=255) gCTCCCGTGGTTTCATCAACGGTACAGCTGTTCCTCTGTCACAACTGCGCGAACTGGGTCAGt < 1:3702337/63‑1 (MQ=255) gCTCCCGTGGTTTCATCAACGGTACAGCTGTTCCTCTGTCACAACTGCGCGAACTGGGTCAGTTGCTGAtt < 1:2303221/71‑1 (MQ=255) taccgttgatgaaaccacggTACAGCTGTTCCTCTGTCACAACTGCGCGAACTGGGTCAGtt < 1:857885‑M2/42‑1 (MQ=255) cccGTGGTTTCATCAACGGTACAGCTGTTCCTCTg < 1:2376046/35‑1 (MQ=255) ccgttgatgaaaccacggTACAGCTGTTCCTCTGTCACAACTGCGCGAACTGGGTCAGtt > 1:354318‑M2/19‑60 (MQ=255) CCGTGGTTTCATCAACGGTACAGCTGTTCCTCTGTCACAACTGCGCGAACTGGGTCAGtt > 1:2237561‑M1/1‑60 (MQ=255) CCGTGGTTTCATCAACGGTACAGCTGTTCCTCTGTCACAACTGCGCGAACTGGGTCAGTTGCTGATTCAg > 1:3328449‑M1/1‑70 (MQ=255) GTGGTTTCATCAACGGTACAGCTGTTCCTCTGTCACAACTGCGCGAACTGGGTCAGtt < 1:966451‑M1/58‑1 (MQ=255) GTGGTTTCATCAACGGTACAGCTGTTCCTCTGTCACAACTGCGCGAACTGGGTCAGTTGCTGATTCAGATc > 1:1772090‑M1/1‑71 (MQ=255) TGGTTTCATCAACGGTACAGCTGTTCCTCTGTCACAACTGCGCGAACTGGGTCAGTTGCTGATTCAGATcc > 1:4831073‑M1/1‑71 (MQ=255) gTTTCATCAACTGTACAGATGTTCCTCTGTCACAACTGCGCGAACTGGGGCAGTTGCTGATTCAGATCCa < 1:3899588/70‑1 (MQ=255) gTTTCATCAACGGTACAGCTGTTCCTCTGTCACAACTGCGCGAACTGGGTCAGTTGCTGATTCAGATCCa < 1:4076834/70‑1 (MQ=255) gTTTCATCAACGGTACAGCTGTTCCTCTGTCACAACTGCGCGAACTGGGTCAGTTGCTGATTCAGATCCa < 1:3011288/70‑1 (MQ=255) gTTTCATCAACGGTACAGCTGTTCCTCTGTCACAACTGCGCGAACTGGGTCAGTTGCTGATTCAGATCCAt < 1:4233847/71‑1 (MQ=255) gTTTCATCAACGGTACAGCTGTTCCTCTGTCACAACTGCGCGAACTGGGTCAGTTGCTGATTCAGATCCAt < 1:34538/71‑1 (MQ=255) tttCATCAACGGTACAGCTGTTCCTCTGTCACAACTGCGCGAACTGTGTCAg < 1:4194562/52‑1 (MQ=255) ttCATCAACGGTACAGCTGTTCCTCTGTCACAACTGCGCGAAc > 1:1411736/1‑43 (MQ=255) tcatcaACGGTACAGCTGTTCCTCTGTCACAACTGCGCGAACTGGTTCAGTTGCTGAtt < 1:1860177/59‑1 (MQ=255) tcatcaACGGTACAGCTGTTCCTCTGTCACAACTGCGCGAACTGGGTCAGTTGCTGAtt < 1:3313756/59‑1 (MQ=255) tcatcaACGGTACAGCTGTTCCTCTGTCACAACTGCGCGAACTGGGTCAGTTGCTGATTCAGATCCATgg < 1:598039/70‑1 (MQ=255) tcatcaACGGTACAGCTGTTCCTCTGTCACAACTGCGCGAACTGGGTCAGTTGCTGATTCAGATCCATGGt > 1:4822014/1‑71 (MQ=255) tcatcaACGGTACAGCTGTTCCTCTGTCACAACTGCGCGAACTGGGTCAGTTGCTGATTCAGATCCATGGt > 1:4568291/1‑71 (MQ=255) atcaACGGTACAGCTGTTCCTCTGTCACAACTGCGCGaa > 1:1928665/1‑39 (MQ=255) atcaACGGTACAGCTGTTCCTCTGTCACAACTGCGCGa < 1:533733/38‑1 (MQ=255) caACGGTACAGCTGTTCCTCTGTCACAACTGcgcg > 1:7513/1‑35 (MQ=255) caACGGTACAGCTGTTCCTCTGTCACAACTGcgcg < 1:1544090/35‑1 (MQ=255) caACGGTACAGCTGTTCCTCTGTCACAACTGcgcg < 1:1000464/35‑1 (MQ=255) caACGGTACAGCTGTTCCTCTGTCACAACTGCGCGAACTGGGTCAGTTGCTGATTCAGATCCATGGTCAg > 1:3059807/1‑70 (MQ=255) caACGGTACAGCTGTTCCTCTGTCACAACTGCGCGAACTGGGTCAGTTGCTGATTCAGATCCATGGTCAg > 1:3350625/1‑70 (MQ=255) acggTACAGCTGTTCCTCTGTCACAACTGCGCGAACTGGGTCAGTTGCTGATTCAGATCCATGGTCAGCAc > 1:303994‑M2/5‑71 (MQ=255) | ACGGGCATGAATGTTTGCTTCGTCGCGTGATCAGCAGCGATGGTCGCTCCCGTGGTTTCATCAACGGTACAGCTGTTCCTCTGTCACAACTGCGCGAACTGGGTCAGTTGCTGATTCAGATCCATGGTCAGCAC > AP009048/2750710‑2750843 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |