| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | AP009048 | 3,684,687 | A→G | 100% | pseudogene (372/582 nt) pseudogene (1435/1645 nt) |
ilvG ← ilvG ← |
ECK3760:JW3741:b3768; acetolactate synthase II, large subunit, C‑ter fragment ECK3760:JW3740+JW3741:b4488; large subunit of acetolactate synthase II |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | AP009048 | 3,684,687 | 0 | A | G | 100.0% | 327.3 / NA | 92 | pseudogene (372/582 nt) pseudogene (1435/1645 nt) | ilvG ilvG | ECK3760:JW3741:b3768; acetolactate synthase II, large subunit, C‑ter fragment ECK3760:JW3740+JW3741:b4488; large subunit of acetolactate synthase II |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base G (39/53); total (39/53) | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
TCTTTCCGGGTGATGTGTTGGCCATGGATGCCGAAGGCGCTGGCTAACATGAGGAAATCGGGGTTATCAGTAAGGGTGGTTTCGCTGTATCGTTCCTGAAAAAACAGTTGCTGCCATTGTCGAACCATCCCTAACC > AP009048/3684619‑3684754 | tCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATGCCGAAGGCGCTGGCTAACATGAGGAAATCGGGGTTATCGGt < 1:5189142/71‑1 (MQ=255) tacGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATGCCGAAGGCGCTGGCTAACATGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAgg > 1:1148274/3‑71 (MQ=255) tacGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATGCCGAAGGCGCTGGCTAACATGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAg < 1:3011649/68‑1 (MQ=255) acGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATGCCGAAGGCGCTGGCTAACATTAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAgt < 1:5001626/69‑2 (MQ=255) acGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATGCCGAAGGCGCTGGCTAACATGAGGAAATCGGGGTTATTGGTaa < 1:667178/67‑1 (MQ=255) acGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATGCCGAAGGCGCTGGCTAACATGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAgg < 1:4098502/69‑1 (MQ=255) acGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATGCCGAAGGCGCTGGCTAACATGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAgg < 1:3114022/69‑1 (MQ=255) acGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATGCCGAAGGCGCTGGCTAACATGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAgg < 1:3485229/69‑1 (MQ=255) cGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATGCCGAAGGCGCTGGCTAACATGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGggt > 1:44148/1‑71 (MQ=255) gggTGATGTGTTGGCCAGGGATGCCGAAGGCGCTGGCTAACATGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGggtg < 1:3667139/71‑1 (MQ=255) ggTGATGTGTTGGCCAGGGATGCCGAAGGCGCTGGCTAACATGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGggtgg > 1:4281165/1‑71 (MQ=255) gTGATGTGTTGGCCAGGGATGCCGAAGGCGCTGGCTAACATGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGggtggt < 1:953879/71‑1 (MQ=255) gTGATGTGTTGGCCAGGGATGCCGAAGGCGCTGGCTAACATGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGggtggt < 1:877939/71‑1 (MQ=255) tGATGTGTTGGCCAGGGATGCCGAAGGCGCTGGCTAACATGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGtt < 1:4666547/71‑1 (MQ=255) tGATGTGTTGGCCAGGGATGCCGAAGGCGCTGGCTAACATGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGtt < 1:2067695/71‑1 (MQ=255) aTGTGTTGGCCAGGGATGCCGAAGGCGCTGGCTAACATGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTc < 1:1562593/71‑1 (MQ=255) aTGTGTTGGCCAGGGATGCCGAAGGCGCTGGCTAACATGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTc > 1:1146441/1‑71 (MQ=255) gtgtTGACCAGGGATGCCGAAGGCGCTGGCTAACATGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCg < 1:4355307/70‑1 (MQ=255) tgtTGGCCAGGGATGCCGAAGGCGCTGGCTAACATGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGc > 1:4475442/1‑70 (MQ=255) tgtTGGCCAGGGATGCCGAAGGCGCTGGCTAACATGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGc < 1:2461842/70‑1 (MQ=255) tggtGGCCAGGGATGCCGAAGGCGCTGGCTAACATGAGGAAATCGGGGGTATCGGTAAGGGTGGtt < 1:2391587/63‑1 (MQ=255) ggCCAGGGATGCCGAAGGCGCTGGCTAACATGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTatat > 1:875553/1‑71 (MQ=255) gCCAGGGATGCCGAAGGCGCTGGCTAACATGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATc < 1:3709526/71‑1 (MQ=255) gggATGCCGAAGGCGCTGGCTAACATGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTc > 1:2328798/2‑71 (MQ=255) gggATGCCGAAGGCGCTGGCTAACATGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTc < 1:2732137/70‑1 (MQ=255) gggATGCCGAAGGCGCTGGCTAACATGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTc > 1:4556716/2‑71 (MQ=255) ggATGCCGAAGGCGCTGGCTAACATGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTcc > 1:1384874/1‑71 (MQ=255) ggATGCCGAAGGCGCTGGCTAACATGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTcc > 1:3608903/1‑71 (MQ=255) aTGCCGAAGGCGCTGGCTAACATGAGGAAATCGGGGTTATCGGTaa > 1:2202355/1‑46 (MQ=255) aTGCCGAAGGCGCTGGCTAACATGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTg > 1:4990270/1‑71 (MQ=255) gCCGAAGGCGCTGGCTAACATGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGggtg > 1:2576119/1‑49 (MQ=255) gCCGAAGGCGCTGGCTAACATGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCt < 1:2522062/68‑1 (MQ=255) cGAAGGCGCTGGCTAACATGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCt < 1:1749392/66‑1 (MQ=255) cGAAGGCGCTGGCTAACATGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGgaaa < 1:2279651/71‑1 (MQ=255) cGAAGGCGCTGGCTAACATGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTACTGgaaa < 1:1860257/71‑1 (MQ=255) cGAAGGCGCTGGCTAACATGAGGAAATCGGGCTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGgaa > 1:836278/1‑70 (MQ=255) gAAGGCGCTGGCTAACATGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGgaaaa < 1:21625/71‑1 (MQ=255) gAAGGCGCTGGCTAACATGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGgaaaa < 1:1052195/71‑1 (MQ=255) aaGGCGCTGGCTAACATGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGgaaaaa < 1:1162627/71‑1 (MQ=255) aaGGCGCTGGCTAACATGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGgaaaaa > 1:5174635/1‑71 (MQ=255) aGGCGCTGGCTAACATGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGgaaaaa > 1:1922641/1‑70 (MQ=255) aGGCGCTGGCTAACATGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAAc < 1:4167665/71‑1 (MQ=255) aGGCGCTGGCTAACATGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAAc < 1:2802240/71‑1 (MQ=255) ggCGCTGGCTAACATGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGgaaaaa > 1:3131578/1‑69 (MQ=255) gcgcTGGCTAACATGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGgaaaaa > 1:4612539/1‑68 (MQ=255) cgcTGGCTAACATGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTg > 1:2489905/1‑61 (MQ=255) cgcTGGCTAACATGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGgaaaa > 1:4947620/1‑66 (MQ=255) gcTGGCTAACATGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGggtggt > 1:2521723/1‑42 (MQ=255) gcTGGCTAACATGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGtt < 1:311895/71‑1 (MQ=255) gcTGGCTAACATGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGtt > 1:1170503/1‑71 (MQ=255) cTGGCTAACATGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGgaaaa < 1:832746/64‑1 (MQ=255) cTGGCTAACATGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGtt > 1:3365092/1‑70 (MQ=255) tGGCTAACATGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGtt < 1:4709373/69‑1 (MQ=255) ggCTAACATGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTtgct > 1:2830189/1‑71 (MQ=255) gCTAACATGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACa > 1:3786914/1‑64 (MQ=255) gCTAACATGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGt > 1:970625/1‑66 (MQ=255) gCTAACATGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTtgctg > 1:4608907/1‑71 (MQ=255) gCTAACATGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTtgctg > 1:2557342/1‑71 (MQ=255) gCTAACATGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTtgct < 1:4867127/70‑1 (MQ=255) gCTAACATGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTtgc > 1:1818459/1‑69 (MQ=255) tAACATGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTc < 1:3853883/51‑1 (MQ=255) aaCATGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATc < 1:955963/46‑1 (MQ=255) aaCATGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATc < 1:1657975/46‑1 (MQ=255) aCATGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCt > 1:3933912/1‑51 (MQ=255) aCATGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGcc < 1:3151177/69‑1 (MQ=255) aCATGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCAt > 1:2923889/1‑71 (MQ=255) aCATGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCAt > 1:4027875/1‑71 (MQ=255) aTGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCAtt < 1:198686/70‑1 (MQ=255) aTGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTg > 1:3937457/1‑71 (MQ=255) gAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCta > 1:4651708/1‑36 (MQ=38) aGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTGTc > 1:1487212/1‑70 (MQ=255) aGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTGTCg < 1:3840770/71‑1 (MQ=255) ggAAATCGGGGTTATCGGTAATGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTGTCGa < 1:1692139/71‑1 (MQ=255) ggAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTGTCGa < 1:2374461/71‑1 (MQ=255) gAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTGTCGaa > 1:2014138/1‑71 (MQ=255) aaTCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTGTCTAAcc < 1:4801514/71‑1 (MQ=255) aaTCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTGTCGAAcc < 1:4057691/71‑1 (MQ=255) tCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGt < 1:1543861/36‑1 (MQ=38) tCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTtgctgc < 1:4825151/57‑1 (MQ=255) cGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTGTCGAACCATc > 1:3871455/1‑71 (MQ=255) gggTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTGTCg < 1:562514/62‑1 (MQ=255) ggTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTGTCGAACCATCCCt < 1:3539860/71‑1 (MQ=255) ggTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTGTCGAACCATCCCt < 1:487421/71‑1 (MQ=255) ggTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTGTCGAACCATCCCt < 1:1111621/71‑1 (MQ=255) ttATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGtt < 1:1446463/46‑1 (MQ=255) ttATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTGt > 1:2385814/1‑57 (MQ=255) ttATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTGTCGAACCATCCCt < 1:4024703/69‑1 (MQ=255) ttATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTGTCGAACCATCCCt < 1:231998/69‑1 (MQ=255) ttATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTGTCGAACCATCCCTaa < 1:1540076/71‑1 (MQ=255) aTCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAg < 1:656460/42‑1 (MQ=37) aTCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAg < 1:5052563/42‑1 (MQ=37) aTCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTGTCGAACCATCCCTAAcc > 1:701912/1‑71 (MQ=255) | TCTTTCCGGGTGATGTGTTGGCCATGGATGCCGAAGGCGCTGGCTAACATGAGGAAATCGGGGTTATCAGTAAGGGTGGTTTCGCTGTATCGTTCCTGAAAAAACAGTTGCTGCCATTGTCGAACCATCCCTAACC > AP009048/3684619‑3684754 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |