| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | AP009048 | 3,685,267 | C→T | 100% | pseudogene (855/1645 nt) pseudogene (855/984 nt) |
ilvG ← ilvG ← |
ECK3760:JW3740+JW3741:b4488; large subunit of acetolactate synthase II ECK3760:JW3740:b3767; acetolactate synthase II, large subunit, N‑ter fragment |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | AP009048 | 3,685,267 | 0 | C | T | 100.0% | 236.3 / NA | 79 | pseudogene (855/1645 nt) pseudogene (855/984 nt) | ilvG ilvG | ECK3760:JW3740+JW3741:b4488; large subunit of acetolactate synthase II ECK3760:JW3740:b3767; acetolactate synthase II, large subunit, N‑ter fragment |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base T (33/46); total (33/46) | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
ACATGTGCCTGACGCAGCTTGTTCATTTCTGCCGGGTCGATATCCATATGGATAACACTGGCGTGTGGCGCGAAGGTGTTCAGTTTGCCGGTCACCCGGTCATCAAAACGTGCGCCCACGGCGATCAGCAGGTCA > AP009048/3685199‑3685333 | acaTGTGCCTGACGCAGCTTGTTCATTTCTGCCGGGTCGATATCCATATGGATAACACTGGCGTGTGgtgc < 1:2264636/71‑1 (MQ=255) aTGTGCCTGACGCAGCTTGTTCATTTCTGCCGGGTCGATATCCATATGGATAACACTGGCGTGTGGtgcg > 1:2138987/1‑70 (MQ=255) tgtgCCTGACGCAGCTTGTTCATTTCTGCCGGGTCGATATCCATATGGATAACACTGGCGTGTGGtgcg > 1:4713121/1‑69 (MQ=255) tgtgCCTGACGCAGCTTGTTCATTTCTGCCGGGTCGATATCCATATGGATAACACTGGCGTGTGGtgcg > 1:1288722/1‑69 (MQ=255) tgCCTGACGCAGCTTGTTCATTTCTGCCGGGTCGATATCCATATGGATAACACTGGCGTGTGGTGCGAAg < 1:1893178/70‑1 (MQ=255) cTGACGCAGCTTGTTCATTTCTGCCGGGTCGATATCCATATGGATAACACTGGCGTGTGGTGCGAAGgttt > 1:877344/1‑69 (MQ=255) cTGACGCAGCTTGTTCATTTCTGCCGGGTCGATATCCATATGGATAACACTGGCGTGTGGTGCGAAGgtgt > 1:812511/1‑71 (MQ=255) cTGACGCAGCTTGTTCATTTCTGCCGGGTCGATATCCATATGGATAACACTGGCGTGTGGTGCGAAGgtgt < 1:4747874/71‑1 (MQ=255) aCGCAGCTTGTTCATTTCTGCCGGGTCGATATCCATATGGATAACACTGGCGTGTGGTGCGAAGGTGtt < 1:4952201/69‑1 (MQ=255) aCGCAGCTTGTTCATTTCTGCCGGGTCGATATCCATATGGATAACACTGGCGTGTGGTGCGAAGGTGtt > 1:3476189/1‑69 (MQ=255) aCGCAGCTTGTTCATTTCTGCCGGGTCGATATCCATATGGATAACACTGGCGTGTGGTGCGAAGGTGtt < 1:3463776/69‑1 (MQ=255) aCGCAGCTTGTTCATTTCTGCCGGGTCGATATCCATATGGATAACACTGGCGTGTGGTGCGAAGGTGtt > 1:3259141/1‑69 (MQ=255) aCGCAGCTTGTTCATTTCTGCCGGGTCGATATCCATATGGATAACACTGGCGTGTGGTGCGAAGGTGtt < 1:176890/69‑1 (MQ=255) cGCAGCTTGTTCATTTCTGCCGGGTCGATATCCATATGGATAACACTGGCGTGTGGTGCGAAGGTGTTCAg < 1:313534/71‑1 (MQ=255) gCAGCTTGTTCATTTCTGCCGGGTCGATATCCATATGGATAACACTGGCGTGTGGTGCGAAGGTGTTCAg < 1:3997609/70‑1 (MQ=255) aGCTTGTTCATTTCTGCCGGGTCGATATCCATATGGATAACACTGGCGTGTGGTGCGaa < 1:1018221/59‑1 (MQ=255) aGCTTGTTCATTTCTGCCGGGTCGATATCCATATGGATAACACTGGCGTGTGGTGCGAAGGTGTTCAGttt < 1:3986248/71‑1 (MQ=255) gCTTGTTCATTTCTGCCGGGTCGATATCCATATGGATAACACTGGCGTGTGGtgcg < 1:574560/56‑1 (MQ=255) gCTTGTTCATTTCTGCCGGGTCGATATCCATATGGATAACACTGGCGTGTGGTGCGAAGGTGTTCAGTTTg < 1:845814/71‑1 (MQ=255) tGTTCATTTCTGCCGGGTCGATATCCATATGGATAACACTGGCGTGTGGTGCGAAGGTGTTCa < 1:855847/63‑1 (MQ=255) tGTTCATTTCTGCCGGGTCGATATCCATATGGATAACACTGGCGTGTGGTGCGAAGGTGTTCAGTTTGcc > 1:368889/1‑70 (MQ=255) tGTTCATTTCTGCCGGGTCGATATCCATATGGATAACACTGGCGTGTGGTGCGAAGGTGTTCAGTTTGcc > 1:3537678/1‑70 (MQ=255) gTTCATTTCTGCCGGGTCGATATCCATATGGATAACACTGGCGTGTGGTGCGAAGGTGTTCAGTTTGCCgg > 1:865036/1‑71 (MQ=255) ttCATTTCTGCCGGGTCGATATCCATATGGATAACACTGGCGTGTGGTGCGAAGGTGTTCAGt < 1:382566/63‑1 (MQ=255) ttCATTTCTGCCGGGTCGATATCCATATGGATAACACTGGCGTGTGGTGCGAAGGTGTTCAGTTTGCCGGt < 1:1959081/71‑1 (MQ=255) cATTTCTGCCGGGTCGATATCCATATGGATAACACTGGCGTGTGGTGCGAAGgtg < 1:2385084/55‑1 (MQ=255) cATTTCTGCCGGGTCGATATCCATATGGATAACACTGGCGTGTGGTGCGAAGgtg < 1:1485443/55‑1 (MQ=255) cATTTCTGCCGGGTCGATATCCATATGGATAACACTGGCGTGTGGTGCGAAGGTGTTCAGTTTGCCGGTc < 1:668379/70‑1 (MQ=255) cATTTCTGCCGGGTCGATATCCATATGGATAACACTGGCGTGTGGTGCGAAGGTGTTCAGTTTGCCGGTCa > 1:1803941/1‑71 (MQ=255) aTTTCTGCCGGGTCGATATCCATATGGATAACACTGGCGTGTGGTGCGAAGGTGTTCAGt < 1:2968884/60‑1 (MQ=255) aTTTCTGCCGGGTCGATATCCATATGGATAACACTGGCGTGTGGTGCGAAGGTGTTCAGTTTGCCGGTCAc > 1:5093233/1‑71 (MQ=255) tttCTGCCGGGTCGATATCCATATGGATAACACTGGCGTGTGGTGCGa < 1:4735470/48‑1 (MQ=255) tttCTGCCGGGTCGATATCCATATGGATAACACTGGCGTGTGGTGCGAAGGTGTTCAGt < 1:4918453/59‑1 (MQ=255) tttCTGCCGGGTCGATATCCATATGGATAACACTGGCGTGTGGTGCGAAGGTGTTCAGTTTGCCGGTCAcc < 1:1267516/71‑1 (MQ=255) ttCTGCCGGGTCGATATCCATATGGATAACACTGGCGTGTGGtgcg < 1:4422988/46‑1 (MQ=255) ttCTGCCGGGTCGATATCCATATGGATAACACTGGCGTGTGGTGCGAAGGTGTTCAGTTTGCCGGTCAccc > 1:3296692/1‑71 (MQ=255) ttCTGCCGGGTCGATATCCATATGGATAACACTGGCGTGTGGTGCGAAGGTGTTCAGTTTGCCGGTCAccc > 1:5021034/1‑71 (MQ=255) ttCTGCCGGGTCGATATCCATATGGATAACACTGGCGTGTGGTGCGAAGGTGTTCAGTTTGCCGGTCAccc > 1:808109/1‑71 (MQ=255) cTGCCGGGTCGATATCCATATGGATAACACTGGCGTGTGGTGCGAAGGTGTTCAGTTTGCCGGt > 1:2054065/1‑64 (MQ=255) tGCCGGGTCGATATCCATATGGATAACACTGGCGTGTGGTGCGAAGGTGTTCAGTTTGCCGGTCACCCGGt > 1:3183546/1‑71 (MQ=255) ccGGGTCGATATCCATATGGATAACACTGGCGTGTGGTGCGAAGGTGTTCAGTTTGCCGGTCACCCGGtca > 1:3498800/1‑71 (MQ=255) ccGGGTCGATATCCATATGGATAACACTGGCGTGTGGTGCGAAGGTGTTCAGTTTGCCGGTCACCCGGt < 1:3278836/69‑1 (MQ=255) gtgTCGATATCCATATGGATAACACTGGTGTGTGGTGCGAAGGTGTTCAGTTTGCCGGTCACCCGGtcatc < 1:2828383/69‑1 (MQ=255) gggTCGATATCCATATGGATAACACTGGCGTGTGGTGCGAAGGTGTTCAGTTTGcc > 1:3202400/1‑56 (MQ=255) gggTCGATATCCATATGGATAACACTGGCGTGTGGTGCGAAGGTGTTCAGTTTGCCGGTCACCCGGtcat > 1:1017991/1‑70 (MQ=255) gggTCGATATCCATATGGATAACACTGGCGTGTGGTGCGAAGGTGTTCAGTTTGCCGGTCACCCGGtcat > 1:3721445/1‑70 (MQ=255) tCGATATCCATATGGATAACACTGGCGTGTGGTGCGAAGGTGTTCAGTTTGCCGGTCACCCGGTCATCaaa < 1:720660/71‑1 (MQ=255) tCGATATCCATATGGATAACACTGGCGTGTGGTGCGAAGGTGTTCAGTTTGCCGGTCACCCGGTCATCaaa < 1:401431/71‑1 (MQ=255) cGATATCCATATGGATAACACTGGCGTGTGGTGCGAAGGTGTTCAGTTTGCCGGTCACCCGGTCATCaaaa > 1:4515838/1‑71 (MQ=255) gATATCCATATGGATAACACTGGCGTGTGGTGCGAAGgtg < 1:840795/40‑1 (MQ=255) atatCCATATGGATAACACTGGCGTGTGGTGCGAAGgtg < 1:2446814/39‑1 (MQ=255) atatCCATATGGATAACACTGGCGTGTGGTGCGAAGGTGTTCAGTTTGCCGGTCACCCGGTCATCaaa < 1:1325372/68‑1 (MQ=255) atatCCATATGGATAACACTGGCGTGTGGTGCGAAGGTGTTCAGTTTGCCGGTCACCCGGTCATCAAAACg < 1:4201311/71‑1 (MQ=255) tatCCATATGGATAACACTGGCGTGTGGTGCGAAGGTGTTCAGtt > 1:4963693/1‑45 (MQ=255) tatCCATATGGATAACACTGGCGTGTGGTGCGAAGGTGTTCAGTTTGCCGGTCACCCGGTCATCAAAACGt < 1:4461339/71‑1 (MQ=255) atCCATATGGATAACACTGGCGTGTGGTGCGAAGGTGTTCAGTTTGCCGGTCACCCGGTCATCaa < 1:1047269/65‑1 (MQ=255) ccATATGGATAACACTGGCGTGTGGTGCGAAGgtgt < 1:4049287/36‑1 (MQ=255) cATATGGATAACACTGGCGTGTGGTGCGAAGGTGTTCAGTTTGCCGGTCACCCGGTCATCAAAACGTgcac > 1:484074/1‑69 (MQ=255) cATATGGATAACACTGGCGTGTGGTGCGAAGGTGTTCAGTTTGCCGGTCACCCGGTCATCAAAACGTgca < 1:36177/70‑2 (MQ=255) atatGGATAACACTGGCGTGTGGTGCGAAGGTGTTCAGTTTGCCg > 1:5180397/1‑45 (MQ=255) atatGGATAACACTGGCGTGTGGTGCGAAGGTGTTCAGTTTGCCg > 1:16283/1‑45 (MQ=255) atatGGATAACACTGGCGTGTGGTGCGAAGGTGTTCAGTTTGCCGGTCa < 1:604654/49‑1 (MQ=255) atatGGATAACACTGGCGTGTGGTGCGAAGGTGTTCAGTTTGCCGGTCACCCGGTCATCaa < 1:2897105/61‑1 (MQ=255) tatGGATAACACTGGCGTGTGGTGCGAAGGTGTTCAGTTTGCCGGt < 1:3688407/46‑1 (MQ=255) tatGGATAACACTGGCGTGTGGTGCGAAGGTGTTCAGTTTGCCGGTCACCCGGTCATCAAAACGTGCAcc < 1:3213817/70‑1 (MQ=255) tGGATAACACTGGCGTGTGGTGCGAAGGTGTTCAGTTTGCCGGTCACCCGGTCATCAAAACGTGCACCCAc < 1:3936508/71‑1 (MQ=255) gATAACACTGGCGTGTGGTGCGAAGGTGTTCAGTTTGCCGGTCACCCGGTCATCaa < 1:2504746/56‑1 (MQ=255) gATAACACTGGCGTGTGGTGCGAAGGTGTTCAGTTTGCCGGTCACCCGGTCATCAAAACGt > 1:1260738/1‑61 (MQ=255) gATAACACTGGCGTGTGGTGCGAAGGTGTTCAGTTTGCCGGTCACCCGGTCATCAAAACGTGCACCCACgg > 1:1342044/1‑71 (MQ=255) gATAACACTGGCGTGTGGTGCGAAGGTGTTCAGTTTGCCGGTCACCCGGTCATCAAAACGTGCACCCACgg < 1:758020/71‑1 (MQ=255) gATAACACTGGCGTGTGGTGCGAAGCTGTTCAGTTTGCCGGTCACCCGGTCATCAAAACGt > 1:3671984/1‑61 (MQ=255) tAACACTGGCGTGCGGTGCGAAGGTGTTCAGTTTGCCGGTCACCCGGTCATCAAAACGTGCACCCACGGc > 1:1260536/1‑70 (MQ=38) acacTGGCGTGTGGTGCGAAGGTGTTCAGTTTGCCGGTCACCCGGTCATCAAAACGTGCACCCACGGCGAt > 1:4560832/1‑71 (MQ=255) acacTGGCGTGTGGTGCGAAGGTGTTCAGTTTGCCGGTCACCCGGTCATCAAAACGTGCACCCACGGCGAt < 1:2740506/71‑1 (MQ=255) cacTGGCGTGTGGTGCGAAGGTGTTCAGTTTGCCGGTCAc > 1:2571583/1‑40 (MQ=255) cacTGGCGTGTGGTGCGAAGGTGTTCAGTTTGCCGGTCAc > 1:4607277/1‑40 (MQ=255) tGGCGTGTGGTGCGAAGGTGTTCAGTTTGCCGGTCAccc > 1:495867/1‑39 (MQ=255) gCGTGTGGTGCGAAGGTGTTCAGTTTGCCGGTCACCCGGTCATCAAAACGTGCACCCACGGCGATcagcaa < 1:5163421/71‑2 (MQ=255) gCGTGTGGTGCGAAGGTGTTCAGTTTGCCGGTCACCCGGTCATCAAAACGTGCACCCACGGCGATcagcaa < 1:3374351/71‑2 (MQ=255) gCGTGTGGTGCGAAGGTGTTCAGTTTGCCGGTCACCCGGTCATCAAAACGTGCACCCACGGCGATcagc > 1:4262953/1‑69 (MQ=255) gCGTGTGGTGCGAAGGTGTTCAGTTTGCCGGTCACCCGGTCATCAAAACGTGCACCCACGGCGATca < 1:4016201/67‑1 (MQ=255) gtgtGGTGCGAAGGTGTTCAGTTTGCCGGTCACCCGGTCATCAAAACGTGCACCCACGGCGATCAGCAAGt > 1:1827315/1‑71 (MQ=39) gtgtGGTGCGAAGGTGTTCAGTTTGCCGGTCACCCGGTCATCAAAACGTGCACCCACGGCGATCAGCAAGt < 1:338256/71‑1 (MQ=39) tgGTGCGAAGGTGTTCAGTTTGCCGGTCACCCGGTCATCAAAACGTGCACCCACGGCGATcagcaag < 1:2695586/67‑3 (MQ=38) tgGTGCGAAGGTGTTCAGTTTGCCGGTCACCCGGTCATCAAAACGTGCACCCACGGCGATCAGCAAGTcg < 1:4942132/70‑2 (MQ=38) | ACATGTGCCTGACGCAGCTTGTTCATTTCTGCCGGGTCGATATCCATATGGATAACACTGGCGTGTGGCGCGAAGGTGTTCAGTTTGCCGGTCACCCGGTCATCAAAACGTGCGCCCACGGCGATCAGCAGGTCA > AP009048/3685199‑3685333 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |