| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | Exported | 30,243 | A→G | 5.9% | V583V (GTA→GTG) | carB → | carbamoyl‑phosphate synthase large subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | Exported | 30,243 | 0 | A | G | 5.9% | 195.0 / 4.0 | 68 | V583V (GTA→GTG) | carB | carbamoyl‑phosphate synthase large subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (36/28); new base G (2/2); total (38/30) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.32e-01 | |||||||||||
AAAAAATCATGGTGCTTGGCGGCGGCCCGAACCGTATCGGTCAGGGTATCGAATTCGACTACTGTTGCGTACACGCCTCGCTGGCGCTGCGCGAAGACGGTTACGAAACCATTATGGTTAACTGTAACCCGGAAACCGTC > Exported/30173‑30312 | aaaaaaTCATGGTGCTTGGCGGCGGCCCGAACCGTATCGGTCAGGGTATCGAATTCGACTACTGTTGCGTa < 1:4438032/71‑1 (MQ=255) aaaaaTCATGGTGCTTGGCGGCGGCCCGAACCGTATCGGTCAGGGTATCGAATTCGACTACTGTTGCGTa > 1:4198893/1‑70 (MQ=255) aaaaaTCATGGTGCTTGGCGGCGGCCCGAACCGTATCGGTCAGGGTATCGAATTCGACTACTGTTGCGTa > 1:1184179/1‑70 (MQ=255) aaaaaTCATGGTGCTTGGCGGCGGCCCGAACCGTATCGGTCAGGGTATCGAATTCGACTACTGTTGCGTa > 1:1264822/1‑70 (MQ=255) aaTCATGGTGCTTGGCGGCGGCCCGAACCGTATCGGTCAGGGTATCGAATTCGACTACTGTTGCGTACACg > 1:3762927/1‑71 (MQ=255) aTCATGGTGCTTGGCGGCGGCCCGAACCGTATCGGTCAGGGTATCGAATTCGACTACTGTTGCGTACACGc < 1:2382506/71‑1 (MQ=255) aTCATGGTGCTTGGCGGCGGCCCGAACCGTATCGGTCAGGGTATCGAATTCGACTACTGTTGCGTACACGc > 1:2990413/1‑71 (MQ=255) tCATGGTGCTTGGCGGCGGCCCGAACCGTATCGGTCAGGGTATCGAATTCGACTACTGTTGCGTACACGcc > 1:3271433/1‑71 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |