| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | Exported | 30,250 | T→G | 6.0% | S586A (TCG→GCG) | carB → | carbamoyl‑phosphate synthase large subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | Exported | 30,250 | 0 | T | G | 6.0% | 177.8 / 6.8 | 67 | S586A (TCG→GCG) | carB | carbamoyl‑phosphate synthase large subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (32/31); new base G (2/2); total (34/33) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.61e-01 | |||||||||||
GTGCTTGGCGGCGGCCCGAACCGTATCGGTCAGGGTATCGAATTCGACTACTGTTGCGTACACGCCTCGCTGGCGCTGCGCGAAGACGGTTACGAAACCATTATGGTTAACTGTAACCCGGAAACCGTCTC > Exported/30184‑30314 | gTGCTTGGCGGCGGCCCGAACCGTATCGGTCAGGGTATCGAATTCGACTACTGTTGCGTACACGCCTCGCt > 1:3995681/1‑71 (MQ=255)gTGCTTGGCGGCGGCCCGAACCGTATCGGTCAGGGTATCGAATTCGACTACTGTTGCGTACACGCCTCGCt > 1:4237960/1‑71 (MQ=255) tGCTTGGCGGCGGCCCGAACCGTATCGGTCAGGGTATCGAATTCGACTACTGTTGCGTACACGCCTCGCTg > 1:4259173/1‑71 (MQ=255) ggcggcggcCCGAACCGTATCGGTCAGGGTATCGAATTCGACTACTGTTGCGTACACGCCTCGCTGGCGCt > 1:868754/1‑71 (MQ=255) ggcggaggcCCGAACCGTATCGGTCAGGGTATCGAATTCGACTACTGTTGCGTACACGCCTCGCTGGCGCt > 1:2954031/1‑71 (MQ=255) gcggcggcCCGAACCGTATCGGTCAGGGTATCGATTTCGACTACTGTTGCGTACACGCCTCGCTGGCGCt < 1:1422590/70‑1 (MQ=255) gcggcggcCCGAACCGTATCGGTCAGGGTATCGAATTCGACTACTGTTGCGTACACGCCTCGCTGGCGCt < 1:3487652/70‑1 (MQ=255) gcggcggcCCGAACCGTATCGGTCAGGGTATCGAATTCGACTACTGTTGCGTACACGCCTCGCTGGCGCt < 1:267652/70‑1 (MQ=255) cggcCCGAACCGTATCGGTCAGGGTATCGAATTCGACTACTGTTGCGTACACGCCTCGCTGGCGCTGcgcg < 1:1752269/71‑1 (MQ=255) ccGAACCGTATCGGTCAGGGTATCGAATTCGACTACTGTTGCGTACACGCCTCGCTGGCGCTGCGCGAAGa > 1:1705356/1‑71 (MQ=255) gAACCGTATCGGTCAGGGTATCGAATTCGACTACTGTTGCGTACACGCCTCGCTGGCGCTGCGCGAAGACg > 1:695313/1‑71 (MQ=255) gAACCGTATCGGTCAGGGTATCGAATTCGACTACTGTTGCGTACACGCCTCGCTGGCGCTGCGCGAAGACg > 1:1432947/1‑71 (MQ=255) gAACCGTATCGGTCAGGGTATCGAATTCGACTACTGTTGCGTACACGCCTCGCTGGCGCTGCGCGAAGACg > 1:912404/1‑71 (MQ=255) cGTATCGGTCAGGGTATCGAATTCGACTACTGTTGCGTACACGCCTc < 1:437092/47‑1 (MQ=255) cGTATCGGTCAGGGTATCGAATTCGACTACTGTTGCGTACACGCCTc < 1:2276353/47‑1 (MQ=255) tCGGTCAGGGTATCGAATTCGACTACTGTTGCGTACACGCCTCGc > 1:488347/1‑45 (MQ=255) tCGGTCAGGGTATCGAATTCGACTACTGTTGCGTACACGCCTCGc > 1:2398897/1‑45 (MQ=255) tCGGTCAGGGTATCGAATTCGACTACTGTTGCGTACACGCCTCGc > 1:115133/1‑45 (MQ=255) cAGGGTATCGAATTCGACTACTGTTGCGTACACGCCTCGCTGGCGCTgc > 1:3108508/1‑49 (MQ=255) cAGGGTATCGAATTCGACTACTGTTGCGTACACGCCTCGCTGGCGCTgc > 1:3389120/1‑49 (MQ=255) cAGGGTATCGAATTCGACTACTGTTGCGTACACGCCTCGCTGGCGCTgc > 1:2027926/1‑49 (MQ=255) cAGGGTATCGAATTCGACTACTGTTGCGTACACGCCTCGCTGGCGCTgc > 1:227237/1‑49 (MQ=255) aGGGTATCGAATTCGACTACTGTTGCGTACACGCCTCGCTGGCGCTGCGCGAAGACGGTTACGAAACCAt < 1:2972580/70‑1 (MQ=255) aGGGTATCGAATTCGACTACTGTTGCGTACACGCCTCGCTGGCGCTGCGCGAAGACGGTTACGAAACCAt > 1:2246741/1‑70 (MQ=255) aGGGTATCGAATTCGACTACTGTTGCGTACACGCCTCGCTGGCGCTGCGCGAAGACGGTTACGAAACCAt > 1:4013542/1‑70 (MQ=255) aGGGTATCGAATTCGACTACTGTTGCGTACACGCCTCGCTGGCGCTGCGCGAAGACGGTTACGAAACCAt > 1:16251/1‑70 (MQ=255) gggTATCGAATTCGACTACTGTTGCGTACACGCCTCGCTGGCGCTGCGCGAAGACGGTTACGAAACCAtt < 1:1827662/70‑1 (MQ=255) gggTATCGAATTCGACTACTGTTGCGTACACGCCTCGCTGGCGCTGCGCGAAGACGGTTACGAAACCATTa < 1:1037913/71‑1 (MQ=255) ggcaTCGAGTTCGACTACTGCTGCGTGCACGCGGCGTTGGCGATGCGCGAAGACGGCTACGAGACcatcat < 1:3723251/68‑1 (MQ=255) tCGAATTCGACTACTGTTGCGTACACGCCTCGCTGGCGCTGCGCGaa < 1:3462846/47‑1 (MQ=255) tCGAATTCGACTACTGTTGCGTACACGCCTCGCTGGCGCTGCGCGaa < 1:302778/47‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) ttGCGTACACGCCTCGCTGGCGCTGCGCGAAGACGGTTACGAAACCATTATGGTTAACTGTAACCCGGaa < 1:1694610/70‑1 (MQ=255) ttGCGTACACGCCTCGCTGGCGCTGCGCGAAGACGGTTACGAAACCATTATGGTTAACTGTAACCCGGa < 1:713255/69‑1 (MQ=255) ctGCGTGCACGCCGCCCTCGCCATGCGCGAAGACGGCTACGaaa > 1:1841063/2‑44 (MQ=12) ctGCGTGCACGCCGCCCTCGCCATGCGCGAAGACGGCTACGAAACCATCATGGTCAACTGCAACCCCGaga > 1:3010605/2‑69 (MQ=255) tGCGTACACGCCTCGCTGGCGCTGCGCGAAGACGGTTACGAAACCATTATGGTTAACTGTAACCCGGaa < 1:124875/69‑1 (MQ=255) gCGTACACGCCTCGCTGGCGCTGCGCGAAGACGGTTACGAAACCATTATGGTTAAGTGTAACCCGGAAAc < 1:4293684/70‑1 (MQ=255) gCGTACACGCCTCGCTGGCGCTGCGCGAAGACGGTTACGAAACCATTATGGTTAACTGTAACCCGGAAAc < 1:487222/70‑1 (MQ=255) cGTACACGCCTCGCTGGCGCTGCGCGAAGACGGTTACGAAACCATTATGGTTAACTGTAACCCGGAAAcc < 1:2772537/70‑1 (MQ=255) gTACACGCCTCGCTGGCGCTGCGCGAAGACGGTTACGAAACCATTATGGTTAACTGTAACCCGGAAACCGt < 1:188231/71‑1 (MQ=255) tACACGCCTCGCTGGCGCTGCGCGAAGACGGTTACGAAACCATTATGGTTAACTGTAACCCGGAAACCGtc < 1:1708802/71‑1 (MQ=255) cacGCCTCGCTGGCGCTGCGCGAAGACGGTTACGAAACCATTATGGTTAACTGTAACCCGGAAACCGtctc < 1:609562/71‑1 (MQ=255) cacGCCTCGCTGGCGCTGCGCGAAGACGGTTACGAAACCATTATGGTTAACTGTAACCCGGAAACCGtctc < 1:3288903/71‑1 (MQ=255) cacGCCTCGCTGGCGCTGCGCGAAGACGGTTACGAAACCATTATGGTTAACTGTAACCCGGAAACCGtctc < 1:2164209/71‑1 (MQ=255) gCCTCGCTGGCGCTGCGCGAAGACGGTTACGAAACCATTATGGtt < 1:1760819/45‑1 (MQ=255) tCGCTGGCGCTGCGCGAAGACGGTTACGAAACCAt < 1:1930321/35‑1 (MQ=255) tCGCTGGCGCTGCGCGAAGACGGTTACGAAACCAt < 1:329136/35‑1 (MQ=255) | GTGCTTGGCGGCGGCCCGAACCGTATCGGTCAGGGTATCGAATTCGACTACTGTTGCGTACACGCCTCGCTGGCGCTGCGCGAAGACGGTTACGAAACCATTATGGTTAACTGTAACCCGGAAACCGTCTC > Exported/30184‑30314 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |