| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | Exported | 13,586 | C→A | 6.5% | T475N (ACC→AAC) | dnaK → | chaperone Hsp70, co‑chaperone with DnaJ |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | Exported | 13,586 | 0 | C | A | 6.5% | 536.4 / 11.9 | 153 | T475N (ACC→AAC) | dnaK | chaperone Hsp70, co‑chaperone with DnaJ |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (66/77); new base A (8/2); total (74/79) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.06e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.68e-01 | |||||||||||
Only 100 of 155 total aligned reads displayed.
AAATCTCTGGGTCAGTTCAACCTAGATGGTATCAACCCGGCACCGCGCGGCATGCCGCAGATCGAAGTTACCTTCGATATCGATGCTGACGGTATCCTGCACGTTTCCGCGAAAGATAAAAACAGCGGTAAAGAGCAG > Exported/13516‑13653 | aaaTCTCTGGGTCAGTTCAACCTAGATGGTATCAACCCGGCACCGCGCGGCATGCCGCAGATCGAAGTTAc > 1:1603674/1‑71 (MQ=255) gggTCAGTTCAACCTAGATGGTATCAACCCGGCACCGCGCGGCATGCCGCAGATCGAAGTTACCTTCGata > 1:6261313/1‑71 (MQ=255) gTCAGTTCAACCTAGATGGTATCAACCCGGCACCGCGCGGCATGCCGCAGATCGAAGTTACCTTCGATATc < 1:3321881/71‑1 (MQ=255) aGTTCAACCTAGATGGTATCAACCCGGCACCGCGCGGCATGCCGCAGATCGAAGTTACCTTCGATATCGa < 1:6073067/70‑1 (MQ=255) tCAACCTAGATGGTATCAACCCGGCACCGCGCGGCATGCCGCAGATCGAAGTTACCTTCGATATc > 1:855763/1‑65 (MQ=255) tCAACCTAGATGGTATCAACCCGGCACCGCGCGGCATGCCGCAGATCGAAGTTACCTTCGATATCGATGCt > 1:5241691/1‑71 (MQ=255) tCAACCTAGATGGTATCAACCCGGCACCGCGCGGCAAGCCGCAGATCGAAGTTAcca > 1:1937802/1‑56 (MQ=255) cAACCTAGATGGTATCAACCCGGCACCGCGCGGCATGCCGCAGATCGAAGTTACCTTCGata > 1:447446/1‑62 (MQ=255) cAACCTAGATGGTATCAACCCGGCACCGCGCGGCATGCCGCAGATCGAAGTTACCTTCGATATCGATg > 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |