| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | Exported | 13,594 | A→C | 6.1% | I478L (ATC→CTC) | dnaK → | chaperone Hsp70, co‑chaperone with DnaJ |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | Exported | 13,594 | 0 | A | C | 6.1% | 417.2 / 19.8 | 148 | I478L (ATC→CTC) | dnaK | chaperone Hsp70, co‑chaperone with DnaJ |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (60/79); new base C (7/2); total (67/81) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.92e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.92e-01 | |||||||||||
Only 100 of 158 total aligned reads displayed.
GGGTCAGTTCAACCTAGATGGTATCAACCCGGCACCGCGCGGCATGCCGCAGATCGAAGTTACCTTCGATATCGATGCTGACGGTATCCTGCACGTTTCCGCGAAAGATAAAAACAGCGGTAAAGAGCAGAAGATCACCA > Exported/13524‑13663 | gggTCAGTTCAACCTAGATGGTATCAACCCGGCACCGCGCGGCATGCCGCAGATCGAAGTTACCTTCGata > 1:6261313/1‑71 (MQ=255) gTCAGTTCAACCTAGATGGTATCAACCCGGCACCGCGCGGCATGCCGCAGATCGAAGTTACCTTCGATATc < 1:4324541/71‑1 (MQ=255) gTCAGTTCAACCTAGATGGTATCAACCCGGCACCGCGCGGCATGCCGCAGATCGAAGTTACCTTCGATATc < 1:3321881/71‑1 (MQ=255) tCAGTTCAACCTAGATGGTATCAACCCGGCACCGCGCGGCATGCCGCAGATCGAAGTTACCTTCGATATc > 1:357250/1‑70 (MQ=255) aGTTCAACCTAGATGGTATCAACCCGGCACCGCGCGGCATGCCGCAGATCGAAGTTACCTTCGATATCGa < 1:6073067/70‑1 (MQ=255) aGTTCAACCTAGATGGTATCAACCCGGCACCGCGCGGCATGCCGCAGATCGAAGTTACCTTCGATATCGAt > 1:5015644/1‑71 (MQ=255) gTTCAACCTAGATGGTATCAACCCGGCACCGCGCGGCATGCCGCAGATCGAAGTTACCTTCGATATCGATg < 1:5629640/71‑1 (MQ=255) gTTCAACCTAGATGGTATCAACCCGGCACCGCGCGGCATGCCGCAGATCGAAGTTACCTTCGATATCGATg < 1:3606120/71‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |