| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | Exported | 2,139,801 | T→G | 11.1% | E436A (GAA→GCA) ‡ | infB ← | fused protein chain initiation factor 2, IF2 |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | Exported | 2,139,801 | 0 | T | G | 11.1% | 261.0 / 32.0 | 108 | E436A (GAA→GCA) ‡ | infB | fused protein chain initiation factor 2, IF2 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (55/41); new base G (6/6); total (61/47) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.60e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
Only 100 of 122 total aligned reads displayed.
CGCACCACGAGCACGCATTGAAGTAAACGCGGCGTGCCCCGGGGTGTCCAGGAAGGTGATCATGCCGTTTTCAGTTTCAACGTGGTATGCACCAATGTGCTGGGTAATGCCGCCCGCTTCGCCAGAGGCCACTTTCGTTG > Exported/2139731‑2139870 | cgcACCACGAGCACGCATTGAAGTAAACGCGGCGTGCCCCGGGGTGTCCAGGAAGGTGATCATGCCGtttt < 1:5468651/71‑1 (MQ=255) acGAGCACGCATTGAAGTAAACGCGGCGTGCCCCGGGGTGTCCAGGAAGGTGATCATGCCGTTTTCAGttt > 1:6226096/1‑71 (MQ=255) acGAGCACGCATTGAAGTAAACGCGGCGTGCCCCGGGGTGTCCAGGAAGGTGATCATGCCGTTTTCAGttt > 1:106908/1‑71 (MQ=255) acGAGCACGCATTGAAGTAAACGCGGCGTGCCCCGGGGTGTCCAGGAAGGTGATCATGCCGTTTTAAGttt > 1:723294/1‑71 (MQ=255) cGAGCACGCATTGAAGTAAACGCGGCGTGCCCCGGGGTGTCCAGGAAGGTGATCATGCCGTTTTCAGttt > 1:3377095/1‑70 (MQ=255) cGAGCACGCATTGAAGTAAACGCGGCGTGCCCCGGGGTGTCCAGGAAGGTGATCATGCCGTTTTCAGtt < 1:6590845/69‑1 (MQ=255) cGCATTGAAGTAAACGCGGCGTGCCCCGGGGTGTCCAGGAAGGTGATCATGCCGTTTTCAGTTTCAACGTg < 1:1163246/71‑1 (MQ=255) gCATTGAAGTAAACGCGGCGTGCCCCGGGGTGTCCAGGAAGGTGATCATGCCGTTTTCAGTTTCAACg < 1:6159332/68‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |