| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | Exported | 2,257,303 | T→C | 6.7% | A1280A (GCA→GCG) | rpoB ← | RNA polymerase, beta subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | Exported | 2,257,303 | 0 | T | C | 6.7% | 221.3 / 6.3 | 75 | A1280A (GCA→GCG) | rpoB | RNA polymerase, beta subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (24/46); new base C (2/3); total (26/49) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.70e-01 | |||||||||||
CTTGGTACGACCGTTCACGTCATCAGACTTAACGGTGAGCATTTCCTGCAGGGTGTATGCTGCGCCGTATGCTTCCAGCGCCCACACTTCCATCTCCCCGAAACGCTGACCACCGAACTGTGCCTTACCACCCAGCGGC > Exported/2257234‑2257372 | cTTGGTACGACCGTTCACGTCATCAGACTTAACGGTGAGCATTTCCTGCAGGGTGTATGCTGCGCCGTATg > 1:6155351/1‑71 (MQ=255)cTTGGTACGACCGTTCACGTCATCAGACTTAACGGTGAGCATTTCCTGCAGGGTGTATGCTGCGCCGTATg > 1:6414948/1‑71 (MQ=255)cTTGGTACGACCGTTCACGTCATCAGACTTAACGGTGAGCATTTCCTGCAGGGTGTATGCTGCGCCGTATg > 1:6503226/1‑71 (MQ=255)cTTGGTACGACCGTTCACGTCATCAGACTTAAAGGTGAGCATTTCCTGCAGGGTGTATGCTGCGCCGTAt > 1:2153482/1‑70 (MQ=255) ggTACGACCGTTCACGTCATCAGACTTAACGGTGAGCATTTCCTGCAGGGTGTATGCTGCGCCGTATg < 1:2231398/68‑1 (MQ=255) ggTACGACCGTTCACGTCATCAGACTTAACGGTGAGCATTTCCTGCAGGGTGTATGCTGCGCCGTATGc < 1:5052499/69‑1 (MQ=255) ggTACGACCGTTCACGTCATCAGACTTAACGGTGAGCATTTCCTGCAGGGTGTATGCTGCGCCGTATGCtt > 1:2704638/1‑71 (MQ=255) gTACGGCCGTTCACGTCGTCCGACTTCACAGTCAGCATTTCCTGCAGCACGTACGATGCGCCGTACGCTTc < 1:4567885/71‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |