| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | Exported | 2,469,756 | T→C | 5.1% | Y246Y (TAT→TAC) | atpD → | F1 sector of membrane‑bound ATP synthase, beta subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | Exported | 2,469,756 | 0 | T | C | 5.1% | 553.6 / 14.6 | 176 | Y246Y (TAT→TAC) | atpD | F1 sector of membrane‑bound ATP synthase, beta subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (103/64); new base C (4/5); total (107/69) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.17e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.16e-01 | |||||||||||
Only 100 of 176 total aligned reads displayed.
CGGTCTGACCATGGCTGAGAAATTCCGTGACGAAGGTCGTGACGTTCTGCTGTTCGTTGACAACATCTATCGTTACACCCTGGCCGGTACGGAAGTATCCGCACTGCTGGGCCGTATGCCTTCAGCGGTAGGTTAT > Exported/2469687‑2469822 | cGGTCTGACCATGGCTGAGAAATTCCGTGACGAAGGTCGTGACGTTCTGCTGTTCGTTGACAACATCTATc < 1:4613326/71‑1 (MQ=255)cGGTCTGACCATGGCTGAGAAATTCCGTGACGAAGGTCGTGACGTTCTGCTGTTCGTTGACAACATCTATc < 1:6671574/71‑1 (MQ=255) ggTCTGACCATGGCTGAGAAATTCCGTGACGAAGGTCGTGACGTTCTGCTGTTCGTTGACAACATCTATCg > 1:3124100/1‑71 (MQ=255) gTCTGACCATGGCTGAGAAATTCCGTGACGAAGGTCGTGACGTTCTGCTGTTCGTTGACAACATCTATCGt > 1:2824989/1‑71 (MQ=255) tGACCATGGCCGAGAAGTTCCGTGACGAAGGCCGTGACGTTCTGTTGTTCATCGACAACATCTACCGTTa > 1:4342248/1‑70 (MQ=255) tGACCATGGCCGAGAAGTTCCGTGACGAAGGCCGTGACGTTCTGTTGTTCATCGACAACATCTACCGTTa > 1:1959668/1‑70 (MQ=255) aCCATGGCTGAGAAATTCCGTGACGAAGGTCGTGACGTTCTGCTGTTCGTTGACAACATCTATCGTTa < 1:1008986/68‑1 (MQ=255) aCCATGGCTGAGAAATTCCGTGACGAAGGTCGTGACGTTCTGCTGTTCGTTGACAACATCTATCGTTa > 1:6455426/1‑68 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |