| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | Exported | 2,810,843 | A→T | 15.2% | F635I (TTT→ATT) ‡ | uvrA ← | ATPase and DNA damage recognition protein of nucleotide excision repair excinuclease UvrABC |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | Exported | 2,810,843 | 0 | A | T | 15.2% | 215.3 / 28.4 | 79 | F635I (TTT→ATT) ‡ | uvrA | ATPase and DNA damage recognition protein of nucleotide excision repair excinuclease UvrABC |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (33/34); new base T (5/7); total (38/41) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.58e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.48e-01 | |||||||||||
CAATCGGGAACAGTGTGTCGTTAATCAGCGTCGATTTACCGGAACCTGAAACCCCGGTGATGCAGGTAAACAGACCCACCGGCAGCGTCAGCGTCACGTCCTTCAGGTTGTTGCCGCGTGCGCCTGTCAGCTTCAGCA > Exported/2810774‑2810911 | cAATCGGGAACAGTGTGTCGTTAATCAGCGTCGATTTACCGGAACCTGAAACCCCGGTGATGCAGGTAAAc < 1:4143962/71‑1 (MQ=255)cAATCGGGAACAGTGTGTCGTTAATCAGCGTCGATTTACCGGAACCTGAAACCCCGGTGATGCAGGTAAAc < 1:1128503/71‑1 (MQ=255)cAATCGGGAACAGTGTGTCGTTAATCAGCGTCGATTTACCGGAACCTGAAACCCCGGTGATGCAGGTAAAc < 1:3050925/71‑1 (MQ=255)cAATCGGGAACAGTGTGTCGTTAATCAGCGTCGATTTACCGGAACCTGAAACCCCGGTGATGCAGGTAAAc < 1:6568633/71‑1 (MQ=255) aTCGGGAACAGTGTGTCGTTAATCAGCGTCGATTTACCGGAACCTGAAACCCCGGTGATGCAGGTAAACAg < 1:3420975/71‑1 (MQ=255) aTCGGGAACAGTGTGTCGTTAATCAGCGTCGATTTACCGGAACCTGAAACCCCGGTGATGCAGGTAAACAg < 1:130739/71‑1 (MQ=255) aTCGGGAACAGTGTGTCGTTAATCAGCGTCGATTTACCGGAACCTGAAACCCCGGTGATGCAGGTAAACAg < 1:5266983/71‑1 (MQ=255) gggAACTGTGTGTCGTTAATCAGCGTCGATTTACCGGAACCTGAAACCCCGGTGATGCAGGTAAACAGAcc > 1:6835749/1‑71 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |