| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | Exported | 2,810,858 | G→A | 15.9% | L630L (CTG→TTG) | uvrA ← | ATPase and DNA damage recognition protein of nucleotide excision repair excinuclease UvrABC |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | Exported | 2,810,858 | 0 | G | A | 15.9% | 176.4 / 21.0 | 63 | L630L (CTG→TTG) | uvrA | ATPase and DNA damage recognition protein of nucleotide excision repair excinuclease UvrABC |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (26/27); new base A (3/7); total (29/34) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.19e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GTGTCGTTAATCAGCGTCGATTTACCGGAACCTGAAACCCCGGTGATGCAGGTAAACAGACCCACCGGCAGCGTCAGCGTCACGTCCTTCAGGTTGTTGCCGCGTGCGCCTGTCAGCTTCAGCACTTTTTCCGGATTCGC > Exported/2810788‑2810927 | gtgtCGTTAATCAGCGTCGATTTACCGGAACCTGAAACCCCGGTGATGCAGGTAAACAGACCCACCGGcag > 1:6220871/1‑71 (MQ=255) tgtCGTTAATCAGCGTCGATTTACCGGAACCTGAAACCCCGGTGATGCAGGTAAACAGACCCACCGGcagc < 1:2667669/71‑1 (MQ=255) tgtCGTTAATCAGCGTCGATTTACCGGAACCTGAAACCCCGGTGATGCAGGTAAACAGACCCACCGGcagc > 1:387347/1‑71 (MQ=255) gTTAATCAGCGTCGATTTACCGGAACCTGAAACCCCGGTGATGCAGGTAAACAGACCCACCGGcagcgtc < 1:330425/70‑1 (MQ=255) gTTAATCAGCGTCGATTTACCGGAACCTGAAACCCCGGTGATGCAGGTAAACAGACCCACCGGcagcgtc < 1:3401556/70‑1 (MQ=255) gTTAATCAGCGTCGATTTACCGGAACCTGAAACCCCGGTGATGCAGGTAAACAGACCCACCGGcagcgt > 1:5210157/1‑69 (MQ=255) tgaTCAGCGTCGACTTGCCGGAGCCCGAAACGCCCGTCACGCAGGTCATCAGGCCCACCGGcaaggtcagg > 1:1029036/3‑70 (MQ=255) tgaTCAGCGTCGACTTGCCGGAGCCCGAAACGCCCGTCACGCAGGTCATCAGGCCCACCGGcaaggtcagg > 1:6306367/3‑70 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |